漢藏教理院，是太虛大師世界佛學苑的一部分，1932年創辦於有1500年歷史的重慶北碚縉雲山縉雲寺。其辦院宗旨，就是為了溝通漢藏文化，團結漢藏精神，鞏固西陲邊防。所以說在太虛大師安排下，漢藏教理院先天就負有民族團結的責任。
七七事變，淞滬會戰。日寇暴行，引發中華全民族的抗爭。國民政府遷都，重慶成為戰時中國的中心，太虛大師駐錫縉雲山，眾多名家往來講學，政商學界名流絡繹造訪，學僧畢業即奔赴川、黔、滇、湘各地主持佛教事務，這使漢藏教理院也從普通的佛學院，升級成中國的佛教基地，佛教聖地。
國家陷於戰火之中，佛門弟子也該為國效力。太虛大師主持的漢藏教理院，始終把支持抗戰、團結各方力量堅持抗戰放在重要位置，多方號召奮勇護國，積極為獲得最後的勝利貢獻力量。
其實當時的有識之士，無不知道中日之戰必然爆發，數年前便各自進行著防範準備。據《嘉陵江日報》1936年7月21日的報導，縉雲寺漢藏教理院共有學僧八十餘名左右，平時除對宗教、學術修養外，對於愛國活動，常不後人。近日目睹國際風雲日急，設使中國一旦捲入旋渦，戰地救護必感人才缺乏。該院葦舫及密嚴兩主任以及全院學僧，有鑑於此，乃挽請嘉陵江三峽鄉村建設實驗區署派員前往擔任訓練，消息曾誌前報。茲悉日前由地方醫院左立梁院長前往親自講授戰地救護學兩小時，繃帶學一小時。預計兩個月內即可完成，他日八十名學僧均可在戰地從容任救護工作雲。
這就是漢藏教理院的態度。
太虛大師在1937年9月6日上縉雲山後，漢藏教理院更把組織民眾、訓練民眾以奮勇護國的理念落實到行動上，全體學員以國難日急，對於防護和軍訓常識亟應求得，故請實驗區署派楊相成前來進行救護訓練和軍事訓練。12月1日，漢院舉行救護軍訓開訓典禮，太虛院長親自作了《復興佛教僧侶應受軍訓》的訓辭以為動員，指出國府要求所有高中學生都接受軍事訓練，漢院學生也算高中程度，就應當進行軍事訓練。這次訓練的要點有三：一、發揮新佛教特點，消除抗戰中的唯武器論；二、僧眾亦應參加抗日的聯合戰線；三、堅定信心，以求得最後勝利。
漢藏教理院的學僧，積極參加抗日宣傳活動，或趁假期旅行時，到周邊各鄉鎮去進行宣傳，或參與實驗區署組織的宣傳活動，獻金募捐。佛教界組織的祭奠抗戰陣亡將士的法會的護國息災法會，漢藏教理院更是從不後人。
漢藏教理院名譽院長劉湘和院董潘文華先後率部出川抗日，漢藏教理院都發出通電，祝願他們「降伏魔暴，端仗仁德，盪除狂寇。敬候捷音。」
直接參加抗戰的僧人不多，更多的是支持抗戰。漢藏教理院有三位僧人入選志願兵，奔赴前線。他倆下山時，太虛大師打破學僧上下山都只能步行的規矩，特許二人乘滑竿到北碚入伍。其實此時早有學僧釋憬鍾悄悄離開，到了延安考入抗大後才有信寄回。
1938年4月14日，漢院師生60餘人，在法舫法師率領下，開始為期四天的春季旅行，遊覽土沱、靜觀，參觀北川鐵路、復旦大學。
靜觀場可不小，有三四條街。寺廟也有兩座，塔坪寺和靜觀寺，16日適逢靜觀趕場，頭一天學僧們就按法舫的安排，分為四組，每組九人，向鄉民宣講佛法和抗戰建國。
惟賢，正果，寂靜，開一分在了一組，大家推舉由最能寫作的惟賢出面演講。要說這演講也不難，聽了這麼多次，院裡更安排每周都有幾個同學去演講，在北碚街頭也聽過復旦、兼善的學生宣傳抗日，法舫師也規定了演講的內容，所以惟賢既放鬆，也慎重，和正果商量，該怎麼安排演講次序。開一和寂靜找塔坪寺相助要來紙筆，大家一起擬定標語內容，待法舫師同意，再謄寫成大字標語。惟賢也寫出演講稿請法舫審定，這樣忙了一下午。
16日，大家離開住地塔坪寺，來到五里外的靜觀場，與當地士紳交流後，各組人馬分赴幾個路口，開始街頭演講。
此時場上的大宗交易已經完成，鄉民們或聚集閒聊，或零散地交易談價，或在茶館裡喝茶。這場上突然出現幾十個青年和尚，甚是驚奇。不用吆喝就有引人注目的效果了。
正果帶著同學在街頭舉起三幅標語：「佛教是打破神權的！」「佛教是救世的！」「擁護抗戰到底！」寂正和永照則護在惟賢身邊，維持秩序。
待鄉民聚攏來，惟賢開始演講，沉著而流暢，介紹佛教是打破迷信神權的宗教，漢藏教理院是了解藏傳佛教、溝通漢藏文化的佛學院，動員民眾要有國家觀念，努力生產，支持抗戰，要幫助在淪陷區的同胞，援助在前方流血作戰的將士。
演講完，惟賢問身邊的鄉民：「大家聽明白沒有？」有人問到：「你們做和尚的，怎麼也講打講殺的呢？」惟賢說：「佛家有金剛，金剛就是降魔除妖的。現在日本鬼子侵略我們的國家，它就是妖魔鬼怪，我們和尚當然支持降伏它！」有人在咕嚨：「又沒打到我這裡來，關我啥事嘛？」惟賢聽太虛院長講過，很多中國人是缺乏應有的國家觀念的，便大聲說：「戰火雖然燃燒在千里之外，但那裡也是我們的家園，受傷害的，都是我們的同胞兄弟。我們不去支持他們，最終一定會傷害到我們自己！」
這些漢院學僧以熾熱的情感宣講鼓動，吸引了無數鄉民來圍觀傾聽，紛紛讚嘆這真是與以往不一樣的和尚。
1938年7月7日，七七周年紀念日，漢藏教理院全體師生下山，到北碚參加實驗區署組織的前方抗敵陣亡將士暨死難同胞追悼大會。超度儀式上，全體師生先高唱香贊，次念心經、往生咒，最後唱偈祈禱。會後的獻金活動，大家又帶頭獻金，並動員市民有錢出錢，有力出力，資助前方將士。此後，每當七七紀念日，漢藏教理院都會設靈致祭，祈禱勝利。
1941年重慶六·五隧道大慘案，因日寇持續的轟炸，導致數千人死在防空洞中。漢藏教理院師生得聞其慘狀，在寺中為亡靈設壇念佛回向。
1939年底，太虛大師啟程率團出訪東南亞，卻有緬甸訪華團到訪縉雲山。法尊法師接待他們時說：「……日本帝國主義，實可謂佛教唯一之敵人。今日之中國，為民族之獨立生存計，為東亞永久和平計，不得已起而應戰，我佛教徒為保衛純真之佛教計，亦贊助政府抗戰，予日本偽佛教以打擊。……」
緬甸記者訪問團1941年1月6日再次抵達漢藏教理院，在與緬甸記者的交流中，太虛及師生代表法尊和融海均表示了不屈不撓，堅持抗戰的決心。
漢院師生，也時常撰寫把佛教與抗戰結合起來的文章發表，像法舫的《嗚呼日本的佛教徒！》，同傑的《在抗戰中應該怎樣紀念佛誕》，覺悟的《信仰佛教與救國》等等。
在抗戰期間，漢藏教理院既有太虛、法尊、法舫、葦舫、塵空、印順、本光等知名僧人，也有熊東明、陳健民、李子寬、虞愚、張純一等居士授課，還外請了喜饒嘉措、悅西格西、東本格西等西藏學者，甚至請了中央林業實驗所和氣象研究所的專家，來講授實用的科學知識。而那些絡繹不絕上山參禪拜訪的各界名流，院方也會盛情邀請他們為學僧演講，溝通交流。
二十年間，有數屆普通科和專修科的學僧畢業，或分赴各地寺廟，或在山中繼續求學，或遠赴拉薩求道。比如有永燈、滿度、隆果、碧松、聖聰、善化、寂禪等十數進藏留學，法舫法師帶著白慧、達居赴印度留學。後來，碧松獲得藏傳佛教最高學位拉然巴格西，稱洛桑珍珠仁波切。而正果法師，惟賢法師，竺霞法師，開一法師，園真法師，均是解放後國內著名的高僧。
漢藏教理院內本有編譯處，編輯藏文讀本、藏文文法等書，後因各印刷所沒有藏文字模，無法付印，又設立刻經處，長期刻印本院叢書及所需之課本，先後編印和出版了書刊60餘種，遠銷青海、西康、麗江等地。
漢藏教理院逐步接管了周邊的溫泉寺，紹隆寺，白雲寺，石華寺，明通寺，轉龍寺，禪岩寺，金劍寺，塔坪寺，整頓僧侶。在佛教事業發展的同時，漢藏教理院也積極配合地方建設事業，辟農場，開炭窯，解決經費不足的困難。
漢院的生活是艱苦的。由於各方撥款並不能及時到位，即便太虛大師嚴格規定只能食用菜蔬，也常常是入不敷出。戰亂導致物資匱乏，物價飛漲，漢院師生還籌集資金開荒種菜，以免下山去買高價菜。馮玉祥將軍小住縉雲山時，見到師生們的艱辛也頗為感慨。
就這樣，漢藏教理院還擠出錢來辦學，開辦多處民眾夜校，並於1943年利用金劍山寺創辦了大雄中學，為山區鄉民送去學習文化的機會。
作為一個佛學院，漢藏教理院既致力於培養僧材，振興中國佛教，尤其注重於佛教中國化，提倡人生佛教，也強調中華民族要團結起來，一致抗日，堅持抗戰，並付諸實踐，以實際行動支持抗戰。