傳說苗族醫藥學起源於母系氏族社會。湖南省湘西土家族苗族自治州花垣縣有個祖傳八代的著名苗醫大師，名叫龍玉六，他在生前根據對小時師父畫像的回憶，複製了一張「喔登嘎像」，他用漢話解釋為「母藥王像」。其畫像是一個古老時代的女人，皮膚有毛，上身裸露，下穿樹葉，垂乳，赤腳，手持醫具，充分表現了為子孫後代祛病保身的慈母之心，也表現了苗族人對本民族醫藥學淵源的追溯之意。用社會發展的眼光來看，苗族的母系氏族早於父系氏族一兩千年。在這漫長的年代裡，由於母親對子女後代的病痛傷損問題思想負擔最重，當然她們就會首先研究醫藥，並會有所發現、發明、發展和更新，這是苗族醫藥學發源的必然規律。
苗醫認為他們的始祖是喔爸嘎(意為公藥王或藥王爺爺)，能飛行於山谷之間「岔芮岔嘎」，口嘗百草等，與「神農嘗百草以制醫藥」類同，也與《山海經》記載的「十巫」採藥為醫同意。西漢劉向在《說菀》中所說的「古之為醫者曰苗父」的「為醫者」，是講以行醫為主要職業的人；「苗父」，則是指苗族中有較高醫藥學術水平的苗族老人，如「公藥王」、「藥王爺爺」、「巫彭」及「十巫」之類著名的苗醫始祖。而「苗父」，也絕不是單指某一個人，而是對多個老苗醫的統稱。
九黎部落在蚩尤為首領的時期，以農業為主的社會經濟初具規模。尤其在山東至河南一帶，出現了具有古城市氣派的繁華景象。因此才引起黃河上游甘陝黃土高原之炎帝部落和黃帝部落的東進，從而才發生多次較持久的九黎部落與炎、黃部落的戰爭。在這些戰爭過程中，苗族早期的醫藥學不但能發揮一定的治療作用，而且其本身也可得到較快的發展。《說文》云：「古者，巫彭初作醫」。《山海經·大荒西經》云：「大荒之中……有靈山。巫咸，巫即、巫盼、巫彭、巫姑、巫真、巫禮、巫抵、巫謝、巫羅十巫，從此升降，百藥爰在」。《山海經·海外西經》云：「巫咸國在女丑北，右手操青蛇，左手操赤蛇，在登葆山，群巫所上下也」。《山海經·海內西經》又云：「開明東有巫彭、巫抵、巫陽、巫履、巫凡、巫相、夾XX窳(qǐ yǔ)之屍，皆操不死藥以拒之」。《山海經·圖贊》云：「群有十巫，巫咸所統，經技是搜，術XX是綜，採藥靈山，隨時登峰」。《世本》云：「巫彭作醫」；《呂氏春秋·勿躬》也云：「巫彭作醫」；《說文)云：「古者，巫咸初作巫」；西漢劉向《說菀》云：「吾聞古之為醫者曰苗父。苗父之為醫也，以營為席，以芻為狗，北面而視，發十言耳。諸扶之而來者，舉而來者，皆平復如故」；《列子》云：「黃帝時，有神巫，自齊來，處於鄭，命巫咸」；《太平御覽》卷七九引《歸藏》云：「黃神與炎神爭鬥涿鹿之野，將戰，筮於巫咸。巫咸曰：『果哉而有咎』。」從這些經史文獻來看，一方面足以說明巫彭、巫咸等眾苗父都是九黎部落時的苗族醫藥先祖；另一方面也反映了他們不畏艱險，敢與青蛇、赤蛇等天敵搏鬥，升降於險山峻岭之間採藥，以及精心為各類輕重病人治療的動人場面；還反映他們的醫療質量也達到能使輕重病人「皆平復如故」的高妙程度。這與苗族民間傳說的喔爸嘎長年飛越於惡山陡水之間，嘗遍千蟲百草，精心研製醫藥，治癒十萬八千個患病痛災星的「代熊代夷」(苗族於孫)，基本是一個類型。
「三苗」時期，苗族醫藥學出現了革新的勢頭。湘西《苗族歷史討論會論文集·湖南城步苗族族源試探》說，阿濮僕僮和歡兜都是首先開採辰砂染衣、為藥的革新人物。
戰國時代的楚國，苗族醫藥學發展至一定的高度，從屈原在湘黔苗地的著述來看，不但記載申椒、女蘿、三秀、玉英、石蘭、鹿、牛腱、瓊漿、蜂、蛾、蝮蛇等150多種苗藥。還根據事物生成「三生萬物」及「陰陽三合」的原理，在《惜通》中記述了用「申椒」、「木蘭」、「穗草」組成的治療心絞痛的藥方。此外亦記載了苗醫的掛藥療法，吞服自然藥汁法，粉散術，浴療術，治神術等。他還指出人體的惠氣，是抗禦瘟神的能量，《大司命》中所說的「高飛兮安翔，乘清氣兮御陰陽……愁人兮奈何，願若今昔無兮，故人命兮有當，何離合兮可為」等，充分地表露了苗醫破均衡的醫學思想和大無畏的非天命觀，為後來苗族醫藥學的發展立下了基礎。
清朝「改土歸流」以後，苗族醫藥學得到漢文化的影響，因而在理論上或醫療技術上都有新的起色。如《苗族簡史》記：「十九世紀末，松桃廳地甲司苗族醫師龍老二，能為孕婦剖腹取胎，經治療一個月，孕婦就恢復了健康」；雷公山苗族醫生治療蛇傷可謂里手，並能在短期內治癒能致人死命的疔、癰、疽和毒瘡。光緒《鳳凰廳志》記載：「苗醫用苗藥……或吞或敷，奏效最捷」，「苗醫治麻風醫術頗高」。雲南《馬關縣誌》卷二《風俗篇》記：「苗人……有良藥，接骨生筋，其效如神」。苗醫大師龍玉六的師父廖天登，就是清朝湘西鳳凰道台的醫官，最善用鹿馬脈診病，精通人體解剖結構。
解放後，苗族醫藥學也相應有所發展，尤其是1985年中央發出搶救民族醫藥學遺產的號召以來，各地都認真地對苗族醫藥學進行發掘整理，取得可喜成績。這也激奮了眾多熱愛本民族的仁人志士，他們以有此民族奇葩而自豪，個個熱情滿腔，親密團結，共同奮戰，爭取儘快把苗族醫藥學擁上新台階。