歷史上九黎部落是與蚩尤部落和炎黃部落平起平坐的，一樣受到人們的敬仰。那為什麼後來九黎部落淡出歷史呢？這與華夏文化的正統論有關。
為了統一百姓思想，有人把炎帝黃帝塑造為正義化身，強調克制私慾，恢復禮儀，崇尚自然道德的華夏文化，使九黎部落邊沿化。
黎民百姓之後，炎黃部落的首領黃帝為了保證血統純正，首次實行中央集權管治，引起一些氏族（包括九黎族）的不滿，強烈反對統一。
說句實話，這個時候九黎部落確實開始有些飄飄然了，總是自以為是認為在逐鹿之戰中自己居功至偉，炎黃部落應該跪舔自己，一旦稍有不舒服就張嘴閉嘴要造反，要帶部眾與炎黃部落脫離關係，劃清界限大家再打一場。
這些話私底下說說就算了，別人最多是當你發個牢騷而已，而九黎部落的人卻成天拿來當做囂張資本，當飯吃，時間長了，是可忍孰不可忍！
久而久之為了以絕後患，黃帝和他繼承堯帝兩代人便著手對付曾經這位囂張跋扈戰友。尤其是堯帝更是以雷霆萬鈞的手段先是分化瓦解了一批順從九黎部落，然後將各個部落中四個意欲反叛氏族進行了處罰：共工、驩兜、三苗流放到中原周邊，遠離中央，下令處死治水不力的夏鯀部落。
關於這段歷史，《尚書·舜典》和《史記》中有過清楚的記載，《尚書·舜典》中說：「流共工於幽州，放驩兜於崇山，竄三苗於三危，殛鯀於羽山，四罪而天下咸服。」《史記》也有類似的記載：「流共工於幽陵，以變北狄，放驩兜於崇山，以變南蠻，遷三苗於三危，以變西戎，殛鯀於羽山，以變東夷（這是司馬遷的錯誤，羽山在今伊拉克），四罪而天下咸服。」
這就是歷史上處罰的「四凶」和「四罪」。其中被處罰的三苗族屬於九黎族的後代，因此也被牽連進去，雖然處罰的結果是流放，且流放位置還是其原居住地鄂州一代，這說堯帝對三苗族處罰中夾帶有一點個人感情，很有可能三苗族是被冤枉的當了替罪羔羊。
三苗族被流放以後，就正式標誌著曾經的四大上古部落的九黎徹底從退出了歷史舞台，同時也由此拉開往後數千年的以河南河北為代表的中原地區與兩湖荊楚鄂蠻之間愛恨情仇。
儘管九黎部落成了塵世中得過客，但是其曾經燦爛的文化，比如其部落精通天文氣象，在金屬冶煉方面有突出貢獻，能用銅製造兵器，是古代科技文明的開創者，尤其是其下屬屠氏部族還懂巫術和占卜術，後來其中一部分獨立發展出來成了醫術，咱們諾獎獲得者屠呦呦說不定就是來這一氏族。
此外，據說九黎部落還推崇國家法治，有曆法、刑法等文化，且還相當受到炎帝黃帝堯帝的讚賞，後期夏禹統一華夏部族後就極力啟用了這些文化來統御萬民。
從現今的淮河，長江中、下游、中游以北地區考古中發現，九黎部落曾經把自己的文化傳統帶到了淮河流域和湖北地區，並創造了大溪文化和屈家嶺文化。有史料證明（約為公元前4400～前3300年）分布於東起鄂中南、西至川東、南抵洞庭湖北岸、北達漢水中游沿岸的大溪文化的九黎部落人就已經會製作紅陶器了。
往後，到了公元前約3300年～2800年左右，創造出江漢地區屈家嶺文化的九黎部落的先人們已經進階開始熟料的製作黑陶了。
不僅如此，從近年來湖北各地考古發現，曾經居住在鄂地九黎部落還非常善於塗抹的技能，典型塗漆就可以看到的荊蠻文化在漢水一代盛極一時。我們知道，楚文化的塗漆技藝很精湛，而楚文化是由荊蠻文化發展而來。
從這裡我們可以看得出，在公元5000年前的時候，黃帝、炎帝和九黎、蚩尤各居一方。黃帝和炎帝代表的是農耕文明的文化，蚩尤和九黎代表的是科技工業文明的文化。這些情況可以從後期歷史發展的各地百姓的價值取向得到驗證。
還有一點需要說明一下，據筆者探究，很多人都喜歡將九黎部落歸屬到蚩尤領導組群中，歷史上兩個部落確實有過短暫合作交流，但也僅僅只限於合作而已，絕對沒有達到誠服或者被蚩尤統領的境地。