1593年，努爾哈赤擊敗蒙古九部聯盟，然後科爾沁倒向女真人，並聯姻加入後金。這讓林丹汗感到壓力巨大。他停止攻擊明朝，送還俘虜，希望互市。明朝為了la long林丹汗，不光同意互市，還送十二萬兩白銀，兩人開始聯手對付努爾哈赤。但林丹汗此時犯下了一個不可挽回的錯誤，西藏紅教沙爾巴活佛見他後，使用障眼法，用黃沙憑空變出美女黃金。林丹汗驚訝之餘，封他為國師，並接受灌頂，從此改信紅教。
沙爾巴還從五台山取來元世祖時期八思巴用千金所鑄的瑪哈噶喇金佛。對林丹汗來說，這真是一個吉兆，似乎預兆著蒙古中興即將到來。但它的改宗紅教讓信奉黃教的漠北喀爾喀和右翼3萬戶的各部暴怒不已。黃教首席。那麼賣力達活佛更是林丹汗為叛逆。1619年，內喀爾喀聯盟的喊汗率軍1萬馳援鐵嶺，可惜明軍沒有堅持到援軍的到來。鐵嶺縣落，以逸待勞的努爾哈赤正面迎擊長途趕來的喊汗軍，蒙軍全線崩潰，喊汗被俘。努爾哈赤把喊賽作為人質，逼的內卡爾卡聯盟和後金舉行了會盟大會，
相約一致攻打明朝林丹汗聞訊惱怒異常，遣使向努爾哈赤遞交了國書，說，統40萬眾蒙古國主巴圖魯、成吉思汗，像水濱三萬人滿洲國主英明皇帝安寧無恙耶，後金諸貝勒大怒，欲斬其使者半欲將使者彎鼻或耳，耳後放歸者吧。努爾哈赤只是將他們兼壓起來。他也像林丹汗遞交了國書，信中極盡嘲弄，我聞明洪武時取耳大都爾，蒙古40萬種大王帶。這一石二鳥之計不光捅到林丹汗的痛處，還挑撥了明蒙關係。努爾哈赤攻克瀋陽後，留下少量部隊留守，其餘大軍一鼓作氣，連下70餘城。林丹汗見後金後方空虛，立即命令左右3萬戶偷襲瀋陽。但八旗軍不愧是當世最強軍隊，就這少量的留守，八旗仍然屢屢擊退蒙古軍的進攻。林丹汗又親自領軍至山海關與明軍協防，結果又戰敗，重鎮廣寧被攻占。接二連三的戰敗讓林丹汗開始眾叛親離。
這時，後金要求內喀爾喀聯盟一起攻打林丹汗，但老盟主卓里克圖洪巴圖魯不失草原英雄本色，斷然拒絕出兵。八旗兵決定殺雞儆猴，攻打他的本部扎魯特。老英雄向林丹汗求援，本部人馬損失嚴重的林丹汗退縮並拒絕了他。努爾哈赤以代善。為先鋒，兵分八路進攻卡爾卡聯盟。逐步一場激戰下來，卡爾卡聯盟全軍覆沒，走投無路的殘部投奔林丹汗，希望能得到庇護，林丹汗趁機把諸民眾兼併，有服從者收支，拒敵者殺之。林丹汗給了喀爾喀聯盟最後的一擊，這個草原上最強大的卡爾卡聯盟在後金和林丹汗的雙重打擊下煙消雲散。