和本科一批不同的是，本科二批缺額較多的高校基本都是民辦院校，民辦院校社會認同度低，報考熱度遠不如公辦，不少民辦院校經常出現招生爆冷的現象，甚至經過多輪徵集志願，招生計劃仍有大量餘額。
根據云南省教育考試院公布的本科二批第二次徵集志願信息顯示，省內高校中還有20所未招滿（不含民族預科班），共計缺額人數達4700餘人。
從院校類型來看，未招滿的公辦院校有12所，比如雲南民族大學 、雲南農業大學、昆明學院、玉溪師範學院等等，不過這12所院校缺額人數較少，只有106人，其中包含雲南農業大學的43個中外合作辦學專業招生名額，如果不算中外合作辦學專業的話，這12所公辦院校缺額人數就更少了，通過本次徵集志願後應該都能完成招生計劃。
尷尬的是，未招滿的民辦學院雖然只有8所，但缺額人數比較多，其中有3所生源嚴重不足，分別是雲南工商學院、麗江文化旅遊學院、昆明城市學院，僅這3所高校的缺額人數就超過了3000人，下面就來具體介紹一下。
雲南工商學院前身為雲南愛因森軟體職業學院，2011年升格為本科院校，並更名為現名。往年數據顯示，該校的招生計劃主要以專科為主，在省內投放的本科招生名額大概在三四千人左右，涉及車輛工程、物聯網工程、機械電子工程、土木工程、會計學等30多個本科招生專業，最低學費為每生每學年2.28萬元。
值得注意的是，很多公辦院校開設的軟體工程、物聯網工程、電氣工程等工科專業是不招收文史類考生的，但云南工商學院幾乎所有的本科專業文科生理科生都可以報考。
雲南本科二批第二次補錄信息顯示，雲南工商學院在省內差不多有三分之一的招生計劃都未完成，共計缺額1443人，其中文史類910人、理工類533人。從專業上來看，有3個專業缺額人數超百人，分別為文史類護理學專業缺額106人、文史類漢語言文學專業缺額148人，文史類小學教育專業缺額152人。
缺額人數超千人的還有麗江文化旅遊學院，該校以前有一個很高大上的名字——雲南大學旅遊文化學院，不過在2021年轉設為民辦高校麗江文化旅遊學院。在今年的本科二批第二次徵集志願中，麗江文化旅遊學院缺額1168人，其中文史類646人、理工類522人，有一種改名之後報考熱度一落千丈的意思。
麗江文化旅遊學院發布的本科招生計劃顯示，該校今年在省內投放了2203個招生名額，然而經過一輪徵集志願後，仍有半數的招生計劃未完成。值得注意的是，該校雖然是一所很普通的民辦院校，但招生省份多達30個，今年在不少省份都出現了大量缺額的現象，而在雲南省內的徵集志願中應該包含有調增的計劃，比如該校在一些省份多輪徵集志願後仍未招滿，就把剩餘的招生計劃調整到雲南省內，這可能也是麗江文化旅遊學院在省內二次徵集志願仍有大量缺額的一方面因素。
昆明城市學院前身為雲南師範大學商學院，同樣是在2021年轉設而來，每年在省內的本科招生計劃也就在3000人左右。雲南2022本科二批第二次徵集志願信息顯示，昆明城市學院招生計劃剩餘884個，其中文史類210人、理工類674個，缺額人數較多的專業有理工類計算科學與技術（缺額100人），理工類法學專業（缺額86人），理工類學前教育專業（缺額84人）。
除了以上3所民辦高校外，雲南本科二批二次補錄缺額超百人的還有昆明理工大學津橋學院、雲南經濟管理學院、雲南大學滇池學院、昆明文理學院和雲南藝術學院文華學院。