湘軍自九江慘敗後，便將部署在九江的防線回撤，退守南昌。咸豐二年正月初二，太平軍突然大舉進攻樟樹鎮，被劉於潯麾下的江西團練武裝擊退。湘軍大將率部從新淦（今江西新幹縣）回援樟樹，在瓦山一帶遭遇太平軍，旋即與其展開激戰，將太平軍擊敗。
正月初七，湘軍水師將領彭玉麟在樟樹贛江中大敗太平軍水軍，斬獲無數。
二月初八，曾國藩得知太平天國翼王石達開統軍由吉安折回臨江，有數千兵力，戰船200多艘，屯紮在永泰一帶。幾天後又偵察到，太平軍欲從沙湖渡江而東，到東岸後兵分三路夾攻湘軍。永泰、沙湖到樟樹都只有40里路程，敵軍很容易攻過來，守軍卻很難退走。不遠處的新淦駐紮了大量太平軍，可走小路經豐城來偷襲湘軍的後路。曾國藩還探知太平軍在橫樑、荷湖各部署有3、4000人馬駐守。
2月13日，太平軍哨騎到樟樹鎮的河堤上刺探清軍動向。彭玉麟發覺後， 率水軍擊走了河邊的太平軍偵查小隊。步卒趕到後，又驅逐了河堤上的太平軍哨騎。14日，曾國藩分兵一部駐守大橋，以防備荷湖方向的太平軍。還派遣水軍戰船駐泊在臨江的河口，以防止太平軍戰船下竄威脅湘軍老營的安全。
周鳳山親率5營陸師與水師戰船齊頭並進開到橫樑。天剛破曉，湘軍已經走過樟樹鎮好幾里，到達一個叫狗頸堤的地方，見太平軍約5000人分為四路，一路屯紮在河橋，一路屯紮在河堤的左邊，另兩路埋伏在河邊的沙洲上，嚴陣以待。周鳳山急忙分兵一部迎戰左路太平軍，自己親率主力去堵截據守在橋上的那股太平軍。彭玉麟不見賊船蹤影，便下令水軍棄船登岸，配合周鳳山的陸師共同進剿，以免步軍腹背受敵，一時間槍林彈雨，殺聲震天。
都司畢金科、李新華率部攻擊沙洲里的兩路太平軍。太平軍為了集中力量，四路合為一路，與清軍展開激烈搏殺，多次擊退清軍進攻，但清軍人多勢眾，又兇悍頑梗，志在必得，最終大破太平軍，太平軍死傷慘重。
16日，石達開率10萬大軍攻占了橫溪、香溪等地。周鳳山打探到太平軍欲發動全面進攻的消息， 便想率領得勝之師乘勢迎戰敵軍。17日辰時，彭玉麟率水師分路迎戰。越過樟樹鎮後，忽見3000多太平軍正由狗頸堤進入香溪。湘軍西路各營將士奮勇衝殺，太平軍正埋頭趕路，猝不及防，一下被擊倒百餘兵卒，其餘的潰散，倉惶間， 器械、軍旗被扔的遍地皆是。堤壩上、河邊還有兩路太平軍，彭玉麟一聲令下，水師艦船槍炮齊鳴，太平軍死傷頗重， 餘眾退走。
湘軍陸師進逼香溪時，忽然與太平軍主力遭遇，雙方旋即展開血戰。都司縢國獻、周岐山率部從右邊衝殺過來，擊潰了一路太平軍。湘軍正在追剿四處潰逃的太平軍士兵，從大山的左邊突然衝出大隊太平軍。守備岳炳榮、千總黃玉芳部被太平軍迅速摧垮，縢國獻、周岐山等只好率右路軍回援，極力堵截太平軍。不料太平軍大隊人馬從後面源源不斷地蜂擁而至，雙方你來我往，鏖戰了好幾個回合，雙方傷亡均極為慘重。
18日，石達開率大軍將樟樹鎮團團包圍，周鳳山把所部分為幾股，分別從幾個方向抵禦太平軍的進攻，但因為太平軍占據絕對優勢，火力也很兇猛，湘軍很快被分割成幾個部分，彼此無法策應，首尾不能相顧，各自孤軍奮戰，短短時間內傷亡便多達千人以上。周鳳山見情況緊急，便收拾潰兵開城出逃，沿路邊打邊撤，僥倖逃回到南昌城裡。
周鳳山慘敗、棄守樟樹鎮，南昌城頓失屏障，數萬太平軍則長驅直入，直撲南昌而來，並將南昌圍得水泄不通。
曾國藩得知樟樹失守的消息後，也從南康奔赴到南昌，進城後和彼時的江西巡撫文俊商討如何設法守住岌岌可危的南昌城。
當時南昌城的形勢非常危急，城內守軍僅有5000餘人，而圍城的太平軍卻多達50000之眾。因此，南昌城內人心惶惶，官民相率而逃， 守軍禁止不住，秩序大亂 ，甚至有人在混亂中被相互踐踏而死。曾國藩強自鎮定，一面加固城防，指揮守軍拼命死守，一面派人衝出重圍，快馬加鞭，令鮑超的霆軍、李元度的平江勇火速馳援南昌。
連日來，太平軍攻勢兇猛，晝夜不息，不斷發炮、射火箭攻擊南昌城，還四處挖地洞埋地雷、架雲梯，凌厲的進攻銳不可當，一副志在必得的架勢。李元度、鮑超的援軍被太平軍阻抗、堵截在包圍圈外，李孟群的水師也遭到太平軍外圍兵力的阻擊， 根本無法進援南昌城。
曾國藩憂心如焚，幾次登上城樓，看到城外太平軍人山人海，旌旗蔽日，刀槍林立，戰馬嘶鳴，真是感到膽顫心驚 坐臥不寧。聽到晝夜不休槍炮轟鳴聲，曾國藩只能硬著頭皮督促守軍浴血抵抗，期盼著奇蹟會發生。太平軍依然不顧傷亡，輪番攻城。曾國藩督率守軍抵禦了幾天後，太平軍的攻勢依然猛烈，他感到絕望，做了最壞的打算，甚至寫好了遺書......一日清晨，一夜未眠的他聽到了一個既出乎意料又令人振奮的消息 ：圍城太平軍已經在昨夜全部撤走了，數萬大軍卷旗而退，一夜間竟撤得乾乾淨淨，一兵一卒都不剩！
原來，石達開率太平軍主力圍攻南昌時，天京遭到向榮所率的清軍江南大營的攻擊，天王洪秀全為了天京的防務穩妥，就嚴令石達開率大軍回援天京，石達開只好遺憾地離開了就要破城的南昌，回救天京，於是，岌岌可危的南昌形勢才有所好轉。
樟樹鎮大敗， 損兵折將不說，還殃及南昌，與曾國藩關係重大，因為當初是曾國藩命周鳳山扼守樟樹，以阻抗石達開。但曾國藩卻不敢承擔統帥責任，將丟失樟樹鎮的失誤與責任全都推給了周鳳山。
曾國藩從南昌死裡逃生後，因為太平軍的軍事力量愈發強大，湘軍在江西屢屢受挫，幾乎沒有戰功，因此對於清廷的指責和綠營、八旗的恥笑、譏嘲，他無話可說，只得強自隱忍。
【插圖源自網絡】