一、近代
16世紀文藝復興時期，醫學陳規被打破，產生了人體解剖學。
17世紀，生理學建立。
18世紀，病理解剖學建立。
19世紀，細胞學、細菌學獲得長足發展。
基礎醫學和臨床醫學逐漸成為兩個獨立學科，數學、生物學、物理學、化學等方面的巨大進步為現代臨床醫學的產生奠定了堅實基礎。
17世紀的醫生西登哈姆（Sydenham T.,1624-1689）提出：「與醫生最有直接關係的既非解剖學之實習，也非生理學之實驗，乃是被疾病所苦之患者，故醫生的任務首先要正確探明痛苦之本質，也就是應多觀察患者的情況，然後再研究解剖、生理等知識，以導出疾病之解釋和療法。
」西登哈姆的呼籲獲得了人們的支持，醫生開始回到病人身邊，從事臨床觀察和研究。
西登哈姆也被稱為「臨床醫學之父」。
18世紀，臨床教學興起。
萊頓大學在醫院設立了臨床教學專用病床。
臨床醫學家布爾哈夫（Boerhave H.,1668-1738）充分利用教學病床展開床邊教學，開創了臨床病理討論會（CPC）的先河。
這一時期逐漸形成了生物醫學模式。
這一模式將健康看作宿主、環境和病因三者的平衡。
每一種疾病都能從器官、細胞、生物大分子上找到可測量的形態和（或）化學變化，確定生物的和（或）物理的病因，從而進行治療。
二、現代
在第三次科技革命的影響下，20世紀醫學先後發生了三次革命，產生了現代臨床醫學。
第一次革命發生在三十年代到五十年代，標誌為磺胺類藥物的發現、抗生素的發現和青黴素的大規模生產。
第二次革命發生在七十年代，標誌為電子計算機X線斷層掃描機（CT）和磁共振檢查（MRI）的發明與應用。
第三次革命發生在七十年代後期，標誌為利用遺傳工程生產生物製品（如生長抑素、胰島素、生長激素、干擾素、B肝疫苗）。
伴隨著藥物學、治療學、分子生物學、免疫學、醫學遺傳學、器官移植技術、傳染病學、醫學影像學等學科的發展，生物醫學模式在七十年代逐漸過渡到生物-心理-社會醫學模式，從生物學、心理和社會三個因素綜合的看待健康與疾病，從多個方面實施綜合治療。
現代臨床醫學已經形成了分科專業化、發展國際化、技術現代化、學科相互滲透交叉等鮮明特點，與社會醫學、全科醫學的關係日益緊密，成為人類與疾病抗爭的最重要武器。
三、未來
作為與疾病直接對抗的科學，臨床醫學在未來將發揮更重要的作用，具體發展趨勢有四個。