台灣島自古以來就是中國的領土，它位於中國大陸東南海中，距廈門300公里，南接海南島及南海諸島，北連馬祖、大陳、舟山群島，被稱為「七省之藩籬，東南之鎖鑰」，戰略位置極為重要。早在230年，吳王孫權便派將軍衛溫、諸葛直，率甲士萬餘，航海到達台灣，元代在澎湖設巡檢司，管理台灣與澎湖列島。
17世紀上半葉，荷蘭殖民主義者大規模侵略亞洲，開始屢犯台灣島。1642年，荷蘭人大舉進犯台灣，很快就占領了基隆、淡水等地，在台灣實行軍事管制，血腥鎮壓當地居民的反抗，並在台灣島上修建了赤嵌和台灣等城，作為他們占領台灣的基地。
荷蘭人霸占台灣時，正值滿族的八旗軍殺進山海關，與南明勢力反覆征戰。隨著各地南明殘餘勢力逐漸被瓦解，立足在福建的反清武裝被逼到廈門和金門的幾個孤島上。就在其領袖鄭成功被清軍擠壓得幾乎喘不過氣來的時候，在台灣當荷蘭人翻譯的何斌因債務糾紛逃到了廈門，何斌向鄭成功介紹了台灣的情況，並勸鄭成功攻取台灣作為立足之地。
的確，有海峽天險的台灣沃野千里，進可攻，退可守，且糧食與軍用物資充足，正是鄭成功當下所需求的，於是決定渡海收復被荷蘭殖民者占領的台灣，以作為反清復明的根據地。
鄭成功準備收復台灣的消息傳到台灣後，荷蘭殖民者大為驚恐，為了阻止鄭成功的進攻，他們進行了一系列的準備，首先從爪哇島向台灣增兵600人和艦船數艘，使駐台灣的荷蘭軍總兵力達到了近3000人，還擁有「赫克托」號、「斯·格拉弗蘭」號等多艘戰艦，同時在台灣各城堡都儲備了大量糧食、武器彈藥及其他軍需品，以利於長期固守。
荷蘭人把主要兵力集中在台灣城和赤嵌城這兩座城堡中，並在港口沉下幾艘舊船堵塞入港航道，阻止鄭成功船隊的進入。荷蘭人認為，憑此台灣海峽的天險，再用艦船封鎖航道海口，加上台灣城和赤嵌城炮台的配合，完全可以阻止鄭成功軍隊的登陸。
鄭成功早年跟隨父親鄭芝龍與荷蘭人打過交道，曾數次大敗駐守台灣的「紅毛軍」，這不但給了鄭成功戰勝荷蘭人的勇氣，也讓其掌握了知己知彼的主動權。他此次收復台灣所選擇的突破點，就是在荷蘭人看來根本不可能登陸的鹿耳門港。鄭成功的作戰方針是首先收復澎湖，作為前進基地，然後乘每月初一、十六兩日大潮時水位要比平時高出兩米之機，通過鹿耳門港，在台江實施登陸作戰，並切斷台灣城與赤嵌城兩地荷軍的聯繫，分別予以圍殲，進而收復台灣全島。
1661年4月，鄭成功率領眾將士在金門「祭江」，舉行隆重的誓師儀式，一切準備就緒，船艦和將士都集結於金門的料羅灣，22日，在熟悉航路的漁民引導下，鄭成功親率2.5萬名將士，分乘30多艘戰船，由料羅灣出發，冒著風浪，越過台灣海峽，次日到達澎湖，在澎湖休整了幾天後，準備直取台灣。
就在計劃進軍的當天，趕上了風暴，海面上惡浪滔天，根據事先的調查，要順利進入鹿耳門，必須利用每月初一和十六日的大潮，如錯過時機，就要向後推遲半個月，在這種情況下，鄭成功當機立斷，決定冒險進行強渡。4月30日（農曆四月初一）晚，鄭成功率領船隊冒著暴風雨啟航，第二天清晨，鄭家軍的船隊抵達荷蘭人疏於防守的鹿耳門港外。
鹿耳門地勢十分險要，外圍有幾十里的淺沙灘，鄭家軍的船隊乘滿潮之際，駛入鹿耳門港，沿著台江直趨台灣北港，沿途在北線尾登陸了部分軍隊，主力則在距赤嵌城北約5公里的地方迅速上岸。台灣城上的荷蘭人原以為鄭家軍的船隊必從南航道駛入，本準備用大炮進行攔截，沒料到鄭家軍的船隊卻避開了炮火的攔截，在大炮射程之外從鹿耳門駛入了台江，面對著浩浩蕩蕩的大隊艦船，荷蘭人驚得目瞪口呆，頓時束手無策。
登陸成功後的鄭家軍開始實施攻占赤嵌城堡的計劃。赤嵌城周長數百米，高近20米，城堡上有四座炮樓，守在城堡中的荷蘭兵有400多人。鄭家軍包圍了赤嵌城堡，並切斷了城堡與台灣城之間的聯繫，城堡中的荷軍向荷蘭駐台灣總督揆一緊急求援。龜縮在台灣城中的荷蘭總督揆一屬下的兵力約有1200多人，別看他們的兵力不多，氣焰卻是十分囂張，妄圖憑藉著自己船堅炮利和城堡堅固的優勢進行頑抗。赤嵌城堡被圍後，派出三路人馬對鄭家軍實施反撲，水路由戰艦向停泊在台江的中國船隻進行攻擊，北路由貝德爾上尉率兵300攻打從北線尾登陸的鄭家軍，南路則由阿爾多普上尉率領的200多人乘船增援赤嵌城。
北線尾是一個不到1平方公里的沙洲，南端與台灣城相對，北端臨鹿耳門航道，5月2日，貝德爾趁鄭家軍剛剛登陸，立足未穩，率領300多名士兵乘船沿台江岸邊急駛北線尾，上岸後即向鄭家軍反撲。荷軍排成戰鬥隊形，放著排槍，逼近鄭家軍，以為只要他們的槍一響，鄭家軍就會逃命。沒想到4000多名鄭家軍兵分兩路，前後夾擊，據荷蘭人自己的描述是「鄭軍箭如驟雨，連天空似乎都昏黑起來」。貝德爾發現自己腹背受敵，手足無措，所指揮的荷軍士兵完全陷入了恐懼之中，只能抱頭鼠竄，落荒而逃。鄭家軍乘勝猛攻，將這幾百個荷蘭兵一鼓而殲。
南路增援赤嵌城的200多名荷軍士兵在阿爾多普的率領下，乘船沿台江南岸駛往赤嵌城，企圖為赤嵌城解圍，剛一上岸就被鄭家軍的大刀砍得七零八落，面對著上萬的鄭家軍，阿爾多普只好帶著100多名殘兵逃回台灣城。
水路的荷蘭海軍以僅有的2艘戰艦和3艘小艇去攻擊鄭家軍的船隊，荷蘭海軍的2艘戰艦船體很大，設備也非常先進，鄭成功出動了60多艘戰船包圍了荷蘭的戰艦，鄭軍水師個個奮勇爭先，四下圍了上去，荷蘭海軍的兩艘戰艦再神勇也是招架不住，「赫克托」號首先中炮起火，其他荷蘭戰艦見勢頭不妙，在鄭軍水師的團團包圍中掉頭逃跑，鄭軍水師尾追猛打，結果只有2艘小艇重傷後逃了回去。荷蘭的海、陸作戰均告失敗，赤嵌城和台灣城就此已成為兩座孤立的城堡，相互間的聯繫也被完全切斷了。
被1萬多名鄭家軍包圍的赤嵌城在水源被切斷、外援無望的情況下，只好向鄭家軍投降。鄭成功迫降赤嵌城後，主力隨後移師台灣城。台灣城是荷蘭殖民者在台灣的統治中心，城堡堅固，防禦設施完備。城周長1000多米，高20多米，城垣堅固如石，上置大炮數十門，而且城堡中尚有荷軍1000餘人，揆一想憑藉著堅城利炮繼續頑抗。
5月5日，揆一提出以賠款白銀10萬兩的方式換取鄭家軍的撤走，但遭到鄭成功的嚴詞拒絕。鑑於台灣城城池堅固，強攻一時難以得手，為了減少傷亡，鄭成功決定長期圍困，待其自降。於是命令鄭家軍在該城周圍修築土台，將台灣城死死圍住。同時分兵收復島上其他地區，並和島上當地的居民搞好關係，得到了當地民眾的支持。
荷蘭的東印度公司為了挽救他們在台灣的危局，派海軍統領雅科布·卡宇率艦船12艘、士兵800餘人增援台灣，還為台灣城內的守軍帶來了大量的軍需補給，這讓揆一重新燃起反撲的希望。但行駛到台灣外海的荷蘭援軍突遭暴風雨襲擊，不得已退至澎湖躲避風雨，8月，鄭成功的水師乘勢在海上發動進攻。雙方激戰了一個多小時，鄭成功的水師擊沉了荷蘭戰艦2艘，俘獲數艘，荷蘭士兵150餘人陣亡，迫使荷蘭的增援艦隊逃回了爪哇。11月初，鄭成功的水師再次擊敗荷蘭的第二批援軍。此後，揆一困守在台灣城內，再也不敢輕易與鄭家軍交戰。
在台灣城被圍困8個月後，第二批鄭家軍6000多人抵達台灣，鄭家軍的兵力更加強大，1662年1月26日，鄭成功下令炮轟台灣城外重要據點烏德勒支堡，發射炮彈近3000發，當晚破城，龜縮在台灣城內的荷蘭殘軍只剩下500多人。由於傷殘、疾病，幾乎喪失了戰鬥力，荷蘭殖民者最終決定願在優惠條件下交出台灣城堡。2月2日，揆一代表荷方在投降書上簽字，率領500多名殘兵撤往巴達維亞。到此，被荷蘭殖民者侵占了38年之久的台灣島重新回歸中國。
在收復台灣的戰役中，鄭成功正確選擇戰機和打擊方向，利用季風、潮汐出敵不意登陸，同時，以軍事打擊與政治瓦解相配合，最終獲得全勝，這次戰役也成了中國歷史上大規模渡海登陸作戰的成功範例。鄭成功收復台灣後，廢除了荷蘭殖民者的制度，進行了各種改革，興辦學校，大力發展海外貿易，同時號召大陸人民移居台灣開荒種地，使台灣的經濟、文化得到迅速發展，在台灣的開發史上寫下了重要的一頁。