隨著史達林格勒會戰的勝利結束，區艦隊保留了2個掃雷艇支隊，其餘艦艇調往第聶伯河區艦隊與亞速海區艦隊，或者歸還給伏爾加河輪船公司。區艦隊主要任務變為保證伏爾加河下游-阿斯特拉罕到薩拉托夫段的航道暢通。
德軍對於破壞伏爾加河-裏海交通線特別重視，因為這裡大規模進行著石油和其他物資的運輸。從春季開始，專門派出了第4航空隊駐頓巴斯的1個大隊執行此任務。從4月4日開始，德軍航空兵開始對從阿斯特拉罕到塞茲蘭一帶進行偵察。從4月28日開始，又不斷在史達林格勒以南和以北一帶伏爾加河航道上布設水雷。5-6月，布雷達到高峰。4-6月份，共布雷400餘枚，其中84枚落在岸上爆炸。此外，在河內還有德軍1942年布設的未清掃乾淨的130餘枚水雷。
由於德軍水雷的威脅，使得運油船隊通過時間大大延長。一般只需要9晝夜，而現在卻需要20-22晝夜。而從4月28日開始，德軍第4航空隊一部又開始在伏爾加河布雷，僅僅在5月份就布雷354枚。4-5月間，蘇軍先後有6艘船隻觸雷沉沒。原油灑在河面上燃燒了，運油船的航行被耽誤了，在卡緬申地區阻塞了40艘運油駁船。同時，德軍轟炸機群還對船隊進行襲擊。6月份，德軍又以20-50架機群進行活動，除船隊外，還襲擊薩拉托夫、卡梅申和阿斯特拉罕的油庫。
鑒於石油製品在運輸過程中遇到的種種困難，國防委員會1943年5月9日作出決定規定了一系列航行保護措施。根據這一決定，緊急將大量運輸船和漁船進行改裝，充實區艦隊的掃雷力量。同時，區艦隊指揮員也做了調整，在5月14日任命Ю. А.潘捷列耶夫海軍少將為區艦隊司令。經過整編的區艦隊有2個江河艦艇支隊（19艘炮艇、21艘裝甲艇和16艘護衛艇）和2個掃雷艇支隊（57艘），同時阿斯特拉罕海軍基地的1個掃雷艇大隊在作戰上也歸其指揮。5月份，3個掃雷艇支隊共有105艘掃雷艇和18艘掃雷駁船，每個支隊負責一段航道的掃雷任務。在伏爾加河下游的對空防禦上，區艦隊和國土防空軍共有532門高炮、453挺高射機槍、173部探照燈和41架殲擊機，建立統一的防空反水雷觀察哨配系。
蘇軍將在伏爾加河上的大量民船、拖船和小艇在短時間內改裝成掃雷艦艇，截止8月1日，區艦隊共有在編掃雷艇船203艘，而從5月17日開始，較大規模或者運載貴重物資的船隊都由區艦隊的炮艇、裝甲艇和護衛艇護航。同時，還加強了對空防禦，編有200個獨立防空排，每個排負責1個船舶編隊；還在該航段部署了15個岸上高炮連與20艘防空快艇，以及區艦隊自身擁有的配備高射武器的20艘防空艦和55艘防空艇。5-6月份，區艦隊艦艇抗擊敵軍空襲134次。在整個通航期間，區艦隊掃雷艇船拖帶各種掃雷工具行駛176761千米，掃雷水域面積112平方千米，通過的8000多艘船隻中只有20艘觸雷沉沒，為改善航行條件起了重要作用。而這些船隻向前線部隊運送了700多萬噸石油製品，其中區艦隊船隻運送了44.21萬噸，有力的支援了陸上戰場的作戰。在1943年通航期間航行的10959艘船隻中只有13艘觸雷爆炸。
1943年7月，庫爾斯克會戰開始後，敵軍航空兵在伏爾加河活動次數急劇下降，不久便完全停止活動。此後，區艦隊艦艇活動是保障船隻航行安全，使其免受尚未排除的水雷的危害。從9月份開始，區艦隊艦艇開始調往其他區艦隊與艦隊。到年底，只留下了必要的掃雷艦艇。1944年6月30日，區艦隊撤銷編制。