首先是水源不好解決。在水稻田裡養魚，那第一個要解決的就是水源問題了，水太淺了那魚就活不了，而水深了的話，這樣對於水稻的生長是不利的。在南方雖然大部分地區的水稻田都有水源，但是也不是一直都有水來。像很多的水稻田都是從水渠、河流引水來灌溉的。可是水渠的水也是按照用水需要來送水的，大部分時間都是沒水的。如果沒有水，尤其是遇到乾旱的時候，那就麻煩了。
其次，水稻田養魚不方便施肥和打農藥。在過去有些農民嘗試水稻田養魚，當時很少使用農藥、化肥這些，所施肥都是農家肥，而農藥也很少。養魚確實創造了條件，但是現在不同了，種田種地都是使用化肥和農藥了。可是稻田裡面養魚，在施肥和打藥的時候就比較麻煩了，如果用量控制不好，那就會導致水田裡面的魚中毒身亡。而用量少了，可能水稻的病蟲害又較嚴重。所以看似水稻田養魚很簡單，但是操作起來比較麻煩，搞不好水稻和稻花魚雙雙減產嚴重。
再次是技術問題。種植水稻對於農民來說，可能經驗比較豐富了，畢竟長期和水稻打交道。但是養魚對於農民來說，卻是一個難題了，多數人是見過別人養魚而自己沒有這方面的經驗，尤其是在水稻田裡養魚，這樣難度就更大了。也是由於缺乏技術，之前有些人可能膽子大嘗試了，可是後來失敗了，也就不敢繼續了。而其他的人也了解到了稻田養魚的難度以後，考慮到自己也沒有這方面的經驗和技術，自然放棄了這個想法。
當然了還有一方面的原因，在過區稻田裡可以養魚，那是因為稻田裡的生物多，各種昆蟲和水草，還有小魚小蝦都很多，就算是不投餵飼料，稻花魚也能自己吃一些水草和水生生物，一樣長得很肥美。但是現在情況不一樣了，因為肥料、農藥和除草劑等大量使用，稻田裡面的好多生物都沒有了。如果還採取傳統的方式來養殖稻花魚，它們吃什麼呢？怎麼長得大呢？所以也是因為這些原因，稻田裡養魚已經不太適合了。
不過，在稻田裡養殖稻花魚這種構想是沒有錯的，現在有些偏遠的山區依然還是採用這種方式，在一些靠近水源的水稻田裡少量養殖一些稻花魚，等到水稻收割的時候，稻花魚也長大了。而且這樣的稻花魚因為自然生長，沒有投餵任何的飼料，在市面上的價格也不便宜，普遍能賣到三十多元一斤，並且還供不應求