諸多史料證明滿清對明史進行了大量的修改，首先我們看滿清對明史的篡改《明史》修撰的三個階段：
1、1644年清軍入關，不久進占北京。 1645年，清政府設立史館，擬修《明史》。但因為當時政局未穩，南方抗清鬥爭如火如荼，所以實際上修撰工作只是處在準備階段而並未全面展開。滿清之所以做出這個修史姿態，一是為了藉此宣布明朝已經結束，二是為了籠絡明朝遺老和降清漢臣。
2、直到康熙十七年（1678年），修史的條件似乎才成熟了，康熙這才下旨全面啟動《明史》的纂修工作。直到康熙、雍正先後去世的1739年（乾隆四年），歷九十多年，經三度修撰、編輯和刪改的《明史稿》終於定稿（武英殿本）並公開刊印和發行。
3、乾隆三十八年（1773年）《四庫全書》開工，乾隆四十二年（1777），康熙下旨全面改修《明史》中的《本紀》部分（也包括《列傳》等部分） ，到乾隆五十四年（1789），這部重新勘改完畢的新本《明史》乃被收入《四庫全書》。四庫本的《明史》為謂為醜化明朝做出了進一步的貢獻。
二、《明史》修撰過程中的貓膩
1、《明史稿》的幾度撰改。武英殿本《明史稿》混合了萬斯同、王鴻緒、張廷玉這三人的心血和心思。這三人在實際上先後主持《明史》的修撰工作並完成了各自的版本。但萬斯同審定的《明史稿》第一版顯然是價值最高的，王鴻緒版的《明史稿》似乎是竊取自萬斯同版的《明史稿》並大有刪改，張廷玉版的《明史稿》則是在前兩版的基礎上大體按照滿清皇帝的意思來修撰和刪定的。
2、史家萬斯同的貢獻。萬斯同是明末思想家黃宗羲的得意門生，出於對保存明代真實歷史的責任心，才接受了清廷邀其前參加「明史」修撰的工作，但卻終生拒領清廷的薪俸。由此，史學家萬斯同通過自己切實的努力乃為明朝「保留」下了大量第一手的、真實為貴的史實資料。可惜每一位後來者都陸續對萬氏版的《明史稿》進行了各自的削刪和修改，乾隆欽定的四庫本《明史》也不例外。儘管如此，以萬斯同初稿為總的基礎的《明史》還是為我們保存了明代的基本面貌，儘管當中存在一些嚴重的問題。
3、《明史》從頭到尾都由滿清皇帝終審定稿。清廷的幾位皇帝對《明史》修撰的重視可謂到了離譜的程度，《明史》每完成一部分，康熙、雍正、乾隆無不仔細審閱，乃至事無大小地就每個自己所「關心」的細節提出自己的「建議」並讓書寫者照辦。朱元璋修《元史》只花了兩年多時間，蒙元修《宋史》（二十四史中規模最大的一部史書）也只花了兩年多時間，唯獨滿清，修一部明歷史竟然花了幾代帝王近百年的時間，其處心積慮之深由此也可見一斑。所以說，今天我們所了解的書面的明朝，實在是出於清帝之政治目的而在一定程度上被滿清妖魔化了的明朝，是與歷史的真實是有一定距離的。
4、史官修史的獨立性在清廷已完全喪失。明朝的皇帝對於史官撰修當朝史的工作是從不干預的，這正是古代中國最為寶貴的傳統之一。但是很可惜，自唐朝發動了玄武門兵變的李世民干預史官獨立撰史的那一刻起，這一優良傳統就遭到了破壞。而滿清統治者對史官工作獨立性的剝奪，則在事實上達到了一個登峰造極的地步。以修改歷史來美化自己的人，我以為都應該大打折扣，當中的齷齪之極者，乃至應該直接扔進歷史的垃圾筐。
5、修完《明史》後毀棄大量明朝史料。清修《明史》，幾代學者歷時近百年，可謂基本保存了明朝的史實，但卻在康乾雍諸帝的旨意下，幾經嚴格的增刪、政審、篡改，在一定程度上成功地扭曲和醜化了明朝的真實形象，並在《明史》定稿成書後，焚毀了大量明代的原始史料。目前中國歷史第一檔案館保存的明代檔案只有3620餘件，它們幾乎都是明末天啟、崇禎兩朝的，明初和中期的檔案都沒有。明代檔案所以保存不多，或許有明清之際戰亂的緣故，但主要的還是清廷修撰明史之後，對所依據的檔案史料往往棄置甚至燒毀掉。如此，滿清對於明朝的妖魔化處理就失去了反駁的第一手證據。乾隆之齷齪由此可見一斑。附一份乾隆朝銷毀的明代書籍（光是以「明」字打頭的被滿清禁毀的書籍就接近一百五十種，另有以「皇」字開頭的許多明朝書籍也被禁毀），書目大致如下： 《明百將傳》《明寶訓》《明表選》《明兵略纂聞》《明策衡》《明朝官制大全》《明朝捷錄》《明朝通紀會纂》 《明朝小史》《明臣言行錄》《明臣奏疏》《明初開國群雄事略》《明大事記》《明代帝後紀略》《明代聖政》《明代野史》《明道雜誌》《明綱目》 《明館課標奇》《明館課宏詞》《明館課錄》《明光宗實錄》《明紀本末》《明紀本末國書》《明紀編年》《明紀編年會纂》《明紀編遺》《明紀重輯》《明紀綱鑑補》《明紀綱目》《明紀會纂》《明紀甲乙事略》《明紀鑑略》《明紀鑑略補》《明紀鑑鼎臠》《明紀全載》《明紀彈詞》《明紀要》《明紀編年會纂》《明記甲乙兩年彙編》《明季南略》《明季遂志錄》《明季文雜抄》《明季遺聞》《明家訓》《明鑑會纂》《明鑑易知錄》《明將略》《明將略注》《明將傳》《明經濟名臣錄》《明經濟書》《明經濟文輯》《明論必讀》《明論表》《明名臣經濟錄》《明名臣奏牘》《明末紀事》《明末詔書》《明女直志》《明人後場論表》《明人詩抄》《明人物考（焦竑）》《明人物考（王世貞）》《明神宗實錄》《明詩別裁集》《明詩歸》《明詩善鳴集》《明詩選（陳子龍）》《明詩選（馬士奇）》《明詩綜》《明實紀》《明實錄》《明史紀略》《明史記事本末》《明史類編》《明史列傳》《明史略》《明史全集輯錄》《明史通纂》《明史野獲》《明史纂》《明疏抄》《明書》《明太祖實錄辨證》《明通紀編年》《明通紀會》《明通紀輯錄》《明通紀輯略》《明通紀輯要》《明通紀捷要》《明通紀統宗》《明通紀摘錄》《明通紀直解》《明通紀纂》《明通鑑編年》《明通纂要》《明琬琰錄》《明文案》《明文百家粹》《明文寶符》《明文初學讀本》《明文大家二編》《明文大小題商》 《明文得》《明文得珠》《明文發》《明文分類傳針》《明文錄》《明文賞奇》《明文選》《明文翼運》《明文英華》《明獻帝寶訓》《明相業軍功考》《明續記》《明宣宗寶訓》《明一統志》《（皇）明雜錄（尹直）》《明雜錄（佚名）》《明詔制》《明政統宗》《明職方地圖》《（皇）明製書》《明製稿》《明注略》《明狀元策》《明宗孝義》《明奏疏（施元徵）》《明奏疏（陸澄源） 》《明奏疏（佚名）》《明奏議》
三、乾隆版《明史》對明朝皇帝的醜化毋庸質疑
1、明朝多昏君？乾隆四十年（1775），乾隆下令修改《明史》。過程中對明朝的皇帝和人事進行了改編和醜化，更刻意貶低了對明朝皇帝的評價。比如，原《明史本紀》中的「英宗贊」稱英宗「前後在位二十四年，無甚稗政」，經改修後的「英宗贊」則這樣評價英宗說：「前後在位二十四年，威福下移，刑賞僭濫，失亦多矣，或臚舉盛德，以為無甚稗政，豈為篤論哉？」再如，原本評價明世宗為「中才之主」，而修改後的評價則變為：「且倚任權奸，果戮直臣，以快其志，亦獨何哉！」 只要拿武英殿本《明史》和「四庫」本《明史》對比校讀，我們就會發現，在明朝十幾位皇帝中，至少在景帝、英宗、武宗、憲宗、孝宗、世宗、穆宗等七位皇帝的本紀中，對傳主的評語都有了顯著的修改。經過這樣的修改，明朝皇帝給後人的印象就在總體上就更突出了「明朝多昏君」的特點。儘管如此，只要對史料有充分的解讀，有獨立的思考，今天的我們仍然可以得出自己的判斷：明朝的皇帝在總體上其實是遠強於清廷的皇帝的。
2、明成祖沒有殘殺建文帝遺臣原本《明史》中記述方孝孺等人之夷族誅死僅用了「丁丑，殺齊泰、黃子澄、方孝孺，並夷其族」十五字，而在「四庫」本《明史本紀》中則改為了這樣的敘述：「丁丑，召方孝孺草登基詔，孝孺投筆，且哭且罵。帝大怒，泰、子澄亦抗辯不屈。遂與孝孺同磔於市，皆夷其族」。很顯然，無論是原本還是四庫本的《明史》，都沒有明成祖夷方孝儒十族的記載——我真不知道這所謂「夷十族」的記載是出自哪裡了？總之，這麽一改，明成祖就成了以殘酷的同磔刑處死方孝孺等建文朝大臣的皇帝了（夷族只是殺人多，統施斬首之刑，自然不在酷刑之列），就成了一個以殘暴著稱的皇帝了。我不得不因此想，那明成祖的所謂殘暴，包括明太祖的所謂殘暴，其真實性都是值得懷疑的，在我看來，這當中至少摻入有滿清為妖魔化前朝而捏造的一些事實及誇大的一些數據。
三、因《明史》而引起的兩起文字獄
1、文字獄之「莊廷鑨明史案」。康雍乾在文字獄方面可都是有劣跡的，尤其是乾隆，在這一點上可謂惡劣，殺人無數。跟之後的雍正、乾隆兩朝相比，康熙朝的文字獄還不算非常嚴重，但是也殺戮了大批文人。比如發生在康熙朝的「莊廷癖明史案」，一干所謂的「人犯」70餘人(為《明史》寫序的、校對的，甚至賣書的、買書的、刻字印刷的以及當地官吏)或凌遲、或杖斃、或絞死， 「主犯」莊廷鑨照大逆律剖棺戮屍。史載，在該案中被判處死刑的多達70餘人，被流放的家屬達到數百人（最多時收監人犯竟達兩千餘人）。
2、文字獄之「戴名世《南山集》案」。康熙朝翰林院編修戴名世對清廷隨意篡改明朝歷史甚感憤慨，他通過訪問明朝遺老和參考文字資料寫了一本記錄明末歷史的《南山集》。康熙五十年(1711年)，書印出十年後被人告發，康熙帝十分震怒，下旨將戴名世凌遲處死，戴氏家族凡男子十六歲以上者立斬，女子及十五歲以下男子，發給滿清功臣家作奴僕。同鄉方孝標曾提供參考資料《黔貴記事》，也和戴名世同樣治罪；戴氏同族人有職銜者，一律革去；給《南山集》作序的汪灝、方苞、王源等處斬刑；給《南山集》捐款刊印出版的方正玉、尤雲鶚等人及其妻、子，發寧古塔充軍。由《南山集》受到牽連的有三百多人，後來康熙帝故作慈悲，改戴名世凌遲為斬刑，本來應處斬刑之人如戴家、方家都流放黑龍江，方孝標已死，但仍被發棺戮屍。
3、滿清統治者為什麽對《明史》如此敏感？從莊廷龍明史案、戴名世等明史案中可以看出，滿清統治者對《明史》可謂敏感之至！他們惟恐本朝被輝煌的明朝比下去，惟恐漢族民眾長久地懷念大明，惟恐滿清的皇帝被明朝的皇帝搶了風頭，所以，就採取了按皇帝的意志強行修史的辦法來醜化前朝。於是，制度先進、思想自由、社會開放、經濟發達、文化繁榮、民生富足、君主善「無為而治」、科技事業臨界於突破、資本主義萌芽生機勃勃的大明期就被滿清統治者摸黑和妖魔化到了一個空前絕後的程度，而閉關鎖國、思想禁錮、經濟停滯、民生凋敝、日益落後於西方世界的清廷卻還在以所謂的「康乾盛世」來標榜自己。
4、明朝終將獲得平反和光大。殊不知從來都領先於世界的中國，直到滿清入關統治了華夏之後，中國文明的歷史性大倒退就如一場巨大無比的災難般，籠罩在了這片古老的、輝煌了幾千年的土地上。而還明朝一個真實和公正的歷史是應該的，因為只有正確的認識和評價歷史和歷史人物，才能使被長期扭曲的民族心靈得到矯正，才能最大限度地激發起一個民族的力量和智慧。歷史可以被原諒但歷史不可被遺忘。