引起三藩之亂
清廷入關之後，對於面積廣大人口眾多的漢族區域來說，八旗兵力顯得不足，依靠明朝的降官降將充當前驅（炮灰），從事招撫及武力鎮壓。在明朝降將中，以孔有德、耿仲明、尚可喜、吳三桂四人替清朝出力最大，均受封為王。他們所率領的軍隊成為八旗以外的重要力量，在滿清入關後為其效盡犬馬之勞。
南明勢力或農民軍失敗後，清廷把八旗基本力量放置在北方，吳三桂等明朝降將鎮守南方。吳三桂駐雲南，尚可喜駐廣東，耿精忠（耿仲明之孫）駐福建，這樣便形成了三藩。孔有德及其兒子死後，僅有一女嫁給孫延齡，清廷即以孫延齡為將軍代領其眾，駐守桂林。
1667年，吳三桂（1612年～1678年）以目疾請解除總管雲貴兩省事務，14歲的玄燁（康熙帝）政治經驗不足，命吳三桂將所管各項事務交出，責令雲貴兩省督撫管理，開啟了清廷與吳三桂的裂痕。
1673年三月，平南王尚可喜疏請歸老遼東，留其子尚之信繼續鎮守廣東，20歲的玄燁（1654～1722）卻詔令盡撤全藩，撤藩之心，昭然若揭，這帶來藩王的恐懼。為試探玄燁，吳三桂和耿精忠在同年七月先後疏請撤藩。玄燁以為吳三桂之子，耿精忠諸弟都宿衛京師，諒吳、耿二人不能發動變亂，遂下令三藩俱撤，藩兵還山海關外。玄燁如此決策，讓吳、耿二人大為失望，兔死狗烹的感嘆，憤恨之心油然而生，開始暗地加緊活動（這其實也並不意味著一定反抗，這只是兩手準備之一）。
1673年八月，清廷命朝廷官員等赴雲南、廣東、福建，會同該藩及督撫商榷移藩兵事宜。九月，清廷命陝西總督鄂善總督雲南軍務，寧夏總兵官桑額提督雲南軍務。三藩地盤的控制權力很快將要迅速失去，對三藩的形勢越來越不利，促使吳三桂加緊密謀。曾經因憤怒而做鐵桿漢奸的吳三桂陷入舉兵之名的困境，經過困難抉擇，這個殺死永曆帝的吳三桂最終還是舉起反清復明的大旗。鑒於吳三桂曾經的表現，這個吸引人的旗號，吳三桂使用起來，明顯的大打折扣。
吳三桂曾經的大漢奸身份，在玄燁兔死狗烹狀況下，被激怒的吳三桂難以充分地利用漢族反清復明意識，這應該是吳三桂反清沒有最終成功的重要原因。比如，曾經直接反清，失敗後依然不與清廷合作的顧炎武，拒絕為其寫討清檄文，這也是這些正直的思想家書生意氣的表現，這其實是不太好的。吳三桂雖然曾經是大漢奸，但是反清是可以不論資格的，漢奸也可以迷途知返，參與反清，總比一輩子做漢奸要好一些。雖然按照個人感情，這些大漢奸其人可誅，但是也要顧全大局，不能因好惡而做出有損漢族復興的事情，這畢竟是一次好機會。
1673年十一月，62歲的吳三桂徹底與清廷決裂，殺雲南巡撫，拘捕不順從的官員，發布檄文，自稱「原鎮守山海關總兵官，今奉旨總統天下水陸大元帥，興明討虜大將軍」，佯稱擁立「先皇三太子」（問題是，並不存在這個事情，這降低了吳三桂反清勢力的號召力，沒有皇帝存在的吳三桂集團，是很不利的政治形勢，這很不利於吳三桂集團招降對方，也促使吳三桂集團人員容易被擁有皇帝的清廷招降）。致書平南、靖南二藩及各地故舊將吏，並移會台灣鄭經，邀約響應。吳三桂迅速控制雲貴地區，三藩之亂由此開始。
吳三桂最主要的吸引民心的決策是恢復明朝漢族服飾與髮飾，這對增加吳三桂集團的合法性大有幫助，是吳三桂集團最主要的殺手鐧。
吳三桂進據湖南，長期驕奢淫逸的八旗軍已經沒有多少戰鬥力了，雖雲集荊州、武昌、宜昌，卻不敢渡江南下與吳三桂軍隊戰鬥。孫延齡起兵廣西，羅森、鄭蛟麟、吳之茂起兵四川。1674年三月，耿精忠起兵福建。台灣鄭經渡海進兵福建漳州、泉州和廣東潮州。1674年十二月，王輔臣起兵寧羌，對清廷政治形勢打擊很大。清軍東征西討，顧此失彼。1676年四月，尚之信又起兵廣東，自此，三藩反清局面完全形成。這可能是清廷入關以來面臨的最困難政局，三藩等漢族反清勢力達到最輝煌的狀態。
60多歲的吳三桂，已經年老體衰，沒有利用好1674年、1675年這兩年的大好機會，沒有從湖南率領主力北上，浪費了這個大好局面。這種反清局面，與其它情況不一樣，在漢族區域，適宜主力迅速前進，可以招撫各地漢族反清勢力，力量會因此而迅速增大。並且主力前移，可以吸引牽制清軍主力，避免清軍擊其兩翼反清勢力，維持大好政局。由於其沒有北上，導致西北的王輔臣孤軍奮戰，被迫投降，停滯了反清大好局面的發展。側翼的耿精忠降清也與其受到的清軍壓力較大有關，這些側翼反清勢力的相繼投降，改變了局勢。
1676年五月，王輔臣敗降平涼，清軍不利形勢得以遏制。1676年十月耿精忠投降清廷，1677年尚之信投降清廷。孫延齡又被吳世璠殺於桂林。清軍集中兵力進逼長沙、岳州，吳三桂聚眾固守，兩軍在江西、廣東、廣西等湖南外圍要地反覆爭奪。清軍將帥每多觀望，雙方仍處於相持階段。廣東與福建的這兩藩，起兵晚，投降早，對當時的反清勢力沒有多少幫助。名義上雖然稱為三藩之亂，實際上就是吳三桂的反清行動。此時，吳三桂勢力獨抗清兵，清兵依然難以奈何吳三桂，雙方處於對峙狀態。這顯示吳三桂集團還是很穩固的，穩固而不投降也帶來實力強大，可以抗禦清兵。
側翼的相繼投降，只剩下吳三桂的核心集團勢力，也就沒有稱帝的顧忌了，為了穩定人心，1678年，67歲的吳三桂在衡州稱帝，同年秋，吳三桂病死，形勢陡變，其孫吳世璠繼承帝位，缺乏吳三桂的威信與能力，這導致清軍趁機發動進攻，湖南、廣西、貴州、四川等地逐步為清軍攻陷。馬寶、胡國柱等吳軍仍頑強抵抗，以致時逾兩年，清軍才進逼雲南。1681年底，清軍圍攻昆明，吳世璠自殺，餘眾出降，三藩之亂終告平定。清軍的最終勝利，來源於吳三桂的病死，這確實很僥倖。清軍的好運氣，總是那麼多，沒辦法。當然，62歲的吳三桂開始反清，這本身就是一大不幸，這有些太遲了，歲數明顯太大，難以長期堅持，成功希望，因歲數而渺茫。如果吳三桂在康熙剛親政的時候反清，提前幾年，效果就大不一樣了。
三藩之亂完全是缺乏政治經驗的玄燁所致，他們確實是被迫的，他們有更多的反清好時候，但是他們沒有那樣做，他們願意做鐵桿漢奸，但是玄燁卻不給他們機會，逼反他們。引起三藩之亂，這確實是年輕的玄燁的失策，帶來的巨大社會損失，玄燁應負主要責任。玄燁可以允許蒙古高原上藩王存在，卻不能允許漢族地區的漢族藩王存在，這是明顯的對漢人的不信任，對漢人的壓制，這種藩王政策雙軌制，是明顯的不公平，引起被撤漢族藩王的憤怒是必然的。本來犬馬之勞的效忠於清廷，結果清廷嚴重失信，卸磨殺驢，這種局面對於誰都會憤怒的，何況是對於掌握巨大力量的藩王們。
玄燁的政治水平隨著三藩之亂而明顯增長，三藩之亂時，玄燁靠欺騙許諾誘降反清勢力，成效很大。被撤銷的兩個藩王恢復，最終促使其投降清廷。不過，玄燁氣量太小，不忘仇恨，在消滅吳三桂以後，殺了這兩個漢族藩王。投降清軍的王輔臣，也被迫自殺。這讓那些曾經的勸降者或承諾者，處於何種地步呢？如此沒有信義，清廷怎麼會背離儒家思想如此之遠呢？如果這些人知道結局是這樣的，不知道還會不會投降清廷了。
不惜引起大的戰爭，也要取消漢族藩王，這是玄燁或清廷防漢治漢的戰略結果。三藩之亂的失敗是漢族的一大失敗，滿洲的一大勝利。清廷政權中，漢族人員退出核心領導階層，成為邊緣輔助勢力，清廷對漢族文化的閹割或文字獄等措施，可以肆無忌憚了。
這三個藩王是清廷重臣，雖然曾經是漢奸，但是在清廷穩定以後，他們逐漸成為漢族利益的代表者或維護者，或者說，他們至少比滿洲重臣們更能代表漢族利益。三藩之亂是漢族服飾或髮飾恢復的一次機會，是避免漢族陷入空前嚴重的文字獄或文明閹割的一次機會，也就是避免明末中國文藝復興被打斷的一次機會，是避免中國落後於西方的一次機會，結果，很不幸，漢族或中國失去了這次機會。