紅丸案:
紅丸案鬥爭的核心在於：是醫療事故，還是蓄意謀殺？萬曆皇帝去世之後，朱常洛順利登基，但皇帝的寶座還沒坐滿一個月，他就不爭氣地病倒了。不過蹊蹺的不是他的病，而是得病之後的治療。先是太監崔文升給他開了瀉藥排毒，導致他腹瀉不止。接下來，官員李可灼又獻上了兩顆成分不明的紅丸，說是「仙方」。這兩顆紅丸下肚之後，朱常洛竟猝然離世。
朱常洛早年沉迷酒色，身體很差，當時醫療水平又有限，即使貴為皇帝，也經常依賴各種偏方來治病。明朝許多皇帝都長期服用所謂的仙丹，本來是想延年益壽，結果往往適得其反，所以朱常洛的猝死，並非一定是陰謀所致。但在朝廷中拉幫結派、互相鬥爭的大背景下，任何事情都會受到不同的解讀。在立儲問題上就形成的兩派，從來都沒有停下互相攻擊，這下更是大有文章可做了。首輔方從哲受到群臣的指責，因為李可灼這個人就是他推薦給皇上的。鄭妃也逃不掉眾人的聲討，方從哲正是依附於她才做上的首輔，太監崔文升也曾經服侍過她。在巨大的壓力下，方從哲不得不宣告退休，遠離政壇，直到其他閣老出來說情，才勉強壓住反對的聲浪。
移宮案:
紅丸一案尚未了結，又出了移宮一案，本案的主題是：搶奪皇帝，忠奸難辨。按照明朝宮廷慣例，乾清宮是皇帝專有的住所，只有皇后才有資格與皇帝在此同住。朱常洛的原配正妻早已去世，因此在他重病期間，他的一個側室李選侍就跟著住進了乾清宮。但在朱常洛去世之後，這個李選侍卻賴在乾清宮裡不走了。她挾持了朱常洛的長子，也就是後來的天啟皇帝朱由校，與群臣討價還價，想給自己謀個太后的位子。而正統派大臣們堅持認為這不合禮法，拒絕讓步。雙方在乾清宮中對峙，甚至拉扯朱由校。直到朱由校登基的前一天，李選侍才心不甘情不願地搬出了乾清宮。