在《花樣年華》里，王家衛以精練的手法，呈現一幕幕充滿細緻感情的畫面。故事不再探討通俗的外遇男女，而是看看被背叛的他們的配偶如何在這種處境下繼續自己的生活。
故事背景六零年代的香港呈現熱鬧的景況，經濟蓬勃發展並與世界頻繁地接觸，來自上海的新移民也在這裡慢慢找到自己的位置。暖色系的場景成了《花樣年華》主要的室內色調，周遭的色彩延續上海的活潑、華麗，試圖表達這群人的緊密關係，但似乎又暗暗藏著不能說出的秘密、一些曖昧不明，緊緊壓縮的空間也使得一切更像被關在個精緻的鳥籠，壓抑著人們的未來。
一切就從周先生(以下稱周慕雲)按下房東門鈴的那一刻開始。
陳、周兩家的搬家場景擠在那條走廊上，家具在搬運中不免交錯，象徵著兩家已開始的複雜關係。在狹窄的走道上，人與人的交錯已到近乎貼身的距離，發生什麼情感似乎也在所難免。
張曼玉所飾演的陳太太(以下稱蘇麗珍)，即使以纖瘦的身軀穿梭在這些走廊、樓梯間，都顯示著她無法跳出的框架。以門或窗構成的景框不斷出現：門框後打麻將的場景，陳先生、蘇麗珍、周太太、周慕雲前後出現，這四人動態的關係是連這個固定的框架都無法擅自將它定住的；
蘇麗珍和周慕雲都曾對著門的另一面說話，那是不曾露面的陳先生或周太太，顯示在那扇門後還有我們所不知道的秘密，即使大門敞開也不得而知，是那個社會背景下的矛盾，緊密卻依然藏著秘密，這秘密僅以聲音出現，即使兩人對話中也沒有我們所習慣的正反拍鏡頭，暗示著此段對話的單方面性；
正在講電話的人也以窗戶框著，觀眾以窺視的方式參與一場場語意未盡、有所隱藏的對話。陳先生和周太太的外遇不曾正面出現，讓我們專注於他們身後的蘇麗珍和周慕雲兩人之間更微妙的曖昧情感，不去探究外遇的對錯。而周慕雲那條棕色與白色四格相間的領帶在一開始似乎就預言著這兩對夫妻的交錯情感。
麵攤階梯入口的燈對於昏暗的階梯是沒有太大的照明作用，在那段幾十個階梯的路程中，內心的孤寂感更深，惟有向下到麵攤或向上到馬路才能有較明確的存在感。又偏偏蘇麗珍和周慕雲總是在階梯中交錯，在短短的幾秒鐘內，在過近的距離里，塞進了兩人份的孤獨。一前一後來到麵攤，事實上兩個孤單的人卻是被同一個事件所遺棄。
這裡兩人的慢動作鏡頭，延遲了這份孤寂感，看似慵懶的步伐、以小提琴聲代替太真實的吵雜聲，這背後的現實卻是不斷重複的孤單。周慕雲在辦公桌上抽的煙向上飄，飄向過低的天花板，頭頂上的日光燈更突顯一絲絲煙的複雜輪廓，越接近最亮的地方卻是越纏繞在一塊兒，就像他此刻的心境，越想寬心以對這場背叛卻發現還有更放不下的情感正在醞釀。
平和簡單的幾句日常生活的對話中，透露了較多真實感情。蘇麗珍和周慕雲的對話，看似輕輕帶過，卻挾帶了更多對不常見面的配偶所無法表達情感，例如在路旁的欄杆前，兩人談及對婚姻的看法，如果一個人會活得更容易，但此處的欄杆卻也代表著兩人現在無法逃脫的婚姻牽絆。欄杆的框架重複出現，不僅是社會牽絆還有兩人對真實感情的自我囚禁。
另外，面對面的對話似乎才能精準的傳達信息。雖然蘇麗珍總是客氣的回應他人，客氣地拒絕房東太太，但至少從臉上稍稍的表情中都可以看到一點落寞。反之在電話的兩端多是帶有保留的謊言，例如蘇麗珍替老闆向太太掩飾他當晚的約會、周太太不回家的藉口、周慕雲替蘇麗珍向老闆請病假，或甚至周太太從日本寄來的信，都是因為不是面對面而不能知道事情的真相。
電話之於蘇麗珍和周慕雲則依然是溝通的途徑，但卻是用來壓抑彼此內心過多的情感，深怕面對面時就會不由自主地傾泄而出。
蘇麗珍和周慕雲在發現真相後的幾次約會，都不斷地揣摩他們的先生和太太的秘密關係，互相扮演對方配偶的角色，試圖安慰自己，默默承受。但每次扮演時設想的曖昧台詞說到一半，突然回到現實，卻會使內心更加憂傷，因為這場戲使得自己被背叛的事實更加明確，最後蘇麗珍才發現自己會是如此的傷心。
蘇麗珍和周慕雲的感情總是細細的、曖昧的、小心翼翼的，不像通俗的外遇，他們沒有激烈的肢體接觸，一切僅止於溫柔的手、擁抱、細膩的眼神、姿態，因為一旦越過那條界線，就變成「跟他們一樣」了。
蘇麗珍身上的舊上海旗袍，緊緊裹著她，加上高高的硬領，顯露出優雅的身型卻也同時是束縛，背負著傳統禮教、壓抑著她自我的追求、限制著她放手一博的機會或慾望。猶豫不決則出現在蘇麗珍到旅館找正在閉關寫武俠小說的周慕雲的場景。
她在樓梯上上下下，不同角度的跳接鏡頭顯示她在個人情感和禮教之間的遲疑，但她已經踏著與往麵攤的樓梯時不同的步伐了，急躁不安。在門口她以極有自信的笑容回應周慕雲說：「我們不會跟他們一樣的」，還是替自己設了一道保護線。
但此時一旁的紅色布簾、她身上的紅色風衣、2046號房裡的紅色壁紙和窗簾，都替她的情感說話了。鏡頭停在她走向長廊尾端的那一刻，代表她的內心不會真的離開了。當她靠在周慕雲的肩上哭泣時，情感已經像身旁飄逸的紅窗簾收不回。
房東太太的勸告雖讓蘇麗珍又壓抑著，但心裡已像身旁的電扇不安分地在屋內旋轉、又企圖降溫。在僅屬於兩人的空間裡，2046號房是保存那火紅般的熱情、回憶、隔離了耳語的地方，而計程車上則是悠悠靜靜的曖昧和短暫的依靠，狹窄的走道則是增加情感拉扯的所在；這些都不是外人能闖入的空間。在門前已無人回應他，他成了自我對話的人。
我們會看到，他們總是能在不同的時空里對話，這是與他們的外遇先生和太太所不同的溝通方式。蘇麗珍替老闆泡咖啡時靠在牆的左邊，周慕雲在兩人為躲房東而共處一夜之後靠在牆的右邊，象是兩個不同時空的正反拍鏡頭，他們遙遙地面對面獨白，為相同的處境而思索。
另一個是在不同空間下對話的鏡頭，當他們都已知道對方的心意，聽著收音機里陳先生點給蘇麗珍的歌「花樣的年華」，背對背，思索著下一步得怎麼走。還有周慕雲走出2046號房的那天他停在走廊的這端，另一個過去的時間點蘇麗珍來2046號房的那一天，她也曾停在走廊的另一端，周慕雲望著前方似乎在期待這次她不會離開。
這無法抗拒的環境讓他們不斷壓抑的曖昧情愫浮上檯面，但社會道德不會包容這種感情的存在，他們也沒有勇氣再前進。分開之後他們不曾見面，蘇麗珍只敢偷偷進入周慕雲在新加坡租的房間，一個人點著煙溫存著他的氣味；打了通電話給他，卻只是聽他在另一頭「餵、餵」。
回香港那棟大廈，最後一次，兩人在不同時空下望著對方的窗口，想著那人已離去，周慕雲卻不曉得，在他遲疑了一下的房門口，蘇麗珍下一刻就會踏出門。而他已下樓。錯過了那個時代，剩下回憶。
配樂有時泄露了他們的關係。梅林茂的華爾茲、探戈節奏，三拍子、三拍子自通往麵攤的階梯上就開始拉扯著他們互相的吸引力，悠長的提琴聲讓他們有發展的空間和時間、情感在空氣中交流著，當然也掙扎著前進或後退，像跳著雙人舞。
納京高(Nat King Cole)的爵士歌曲「Quizás, Quizás, Quizás」則是有著一種期待、未知的期待以及不確定性。「Quizás」譯成中文是「或許」、「可能」。蘇麗珍和周慕雲的未來就是如此，另一種決定，都帶著另一種可能。
「如果有多一張船票，妳會不會跟我一起走？」、「如果有多一張船票，你會不會帶我一起走？」雙方也始終沒有得到答案，不敢正面回應自己的情感，也或許那天蘇麗珍能早一點到達2046號房，周慕雲就不會離開。
回到大廈，周慕雲經過蘇麗珍的房門多看了一眼，背景音樂納京高最後一次唱起「Quizás, Quizás, Quizás」，他或許就這樣錯過了她。而Michael Galasso為《花樣年華》作的音樂同樣以三拍子為節奏，但卻是在片末帶出累積的那些惆悵和遺憾、那些只剩下回憶的感傷。
片末鏡頭拉至柬埔寨的吳哥窟。首先接上一段柬埔寨人民迎接法國戴高樂將軍的紀錄片段，似乎想透過他們那種對殖民母國的崇敬來傳達：真實情感所受的束縛，是終究須被壓抑在更強大的力量之下。而這股力量於柬埔寨人民是西方文化，於蘇麗珍與周慕雲的感情則是禮教；柬埔寨人民害怕順從自己的真實情感，蘇麗珍和周慕雲也不能勇敢面對。
鏡頭突然拉近至混雜的國旗與民眾里，失焦的鏡頭代表著對此力量的質疑。接著在遠遠的僧侶的見證下，周慕雲將秘密小心翼翼地保存在牆洞裡，完成了一個神聖的儀式。深焦鏡頭下吳哥窟的長廊、石柱、石牆、壁上雕飾、入口或出口顯得錯綜複雜，一不小心就會迷路；幾個定鏡頭代表感情的靜態；門框依舊還出現在這裡，但或許已是保存這段回憶最安全的地方。
這段感情或許應該像吳哥窟般，靜靜地保存在這裡，即使惆悵，即使受過摧殘與束縛，即使過了它的時代，卻再也不會離開了。
你們知道嗎，當周慕雲按下門鈴的那一刻就為自己開啟了這段回憶，最後在吳哥窟，他以相同的動作關上這段回憶。在這遙遠國度的牆洞，他將秘密回憶存在裡頭。這樣開始，這樣結束，像打開一罐糖，品嘗了各種滋味，又蓋上蓋子，看似空空的罐子裡，看不見以往的繽紛色彩，卻留下只有體驗過的人才能了解的回憶中的味道。
像花一樣的他們的時代，再也不會被遺棄了；不存在，不代表不曾存在。