大家一般印象中，東吳的首都是南京（建業），一句「王濬樓船下益州，金陵王氣黯然收」更是傳揚天下。確實，東吳首都在南京的時間比較長，最後晉滅吳也是以攻下南京為標誌。但其實孫權稱帝，最初定都不是南京，而是武昌。
正史記載，222年，孫權在鄂縣建「都」（當時孫權是吳王，所謂的都是吳王國的都城），改稱武昌，以武昌、下雉、尋陽、陽新、柴桑、沙羡六縣為武昌郡。之前，孫權於211年（建安十六年）建石頭城，改秣陵為建業，之後東吳權力中樞一直在建業。
222年遷「都」武昌，主要是因為之前東吳擊敗關羽，奪回荊州，需要加強對西邊蜀漢的警戒，加強對荊州的統治。
229年（黃龍元年）四月，孫權正式稱帝，定都武昌。不過，很快在當年九月，孫權遷都建業。這時東吳和蜀漢已經結成新的同盟關係，諸葛亮開始第一次北伐（228年），對蜀漢的戒備不再重要。
有些奇怪的是，史書記載，孫權留太子孫登和尚書九卿在武昌，派陸遜輔佐太子，並掌管荊州和豫章三郡（幾乎是半個東吳了）。
這感覺有點像明朝，首都在北京，陪都在南京。當時東吳在荊州界內擔任重要職務的官員有諸葛瑾、陸遜、朱然、程普、潘濬、裴玄、是儀等，陣容強大。
太子孫登於241年去世，隨後陸遜於245年去世，武昌的地位有所下降。但荊州同時要防備蜀漢和曹魏（對蜀漢也是防的），武昌始終是重要的關鍵性城市。
孫皓繼承皇位後，256年（甘露元年），聽從西陵督步闡的建議，把首都從建業搬到武昌。《三國志》沒說具體原因。
裴松之注引《漢晉春秋》說，當初有風水師說，荊州有王氣破揚州，把建業作為國都風水不好。所以孫皓將首都搬去了武昌。後來山賊施但造反，進攻建業，後來被孫皓從荊州派兵剿滅，孫皓覺得風水師的預言很靈。
266年（寶鼎元年），孫晧還都建業，衛將軍滕牧留鎮武昌。
280年，晉滅吳，王濬水師最先到達建業，孫皓投降。
如果從200年孫策去世起算，到280年東吳滅亡，總共81年，其中52年首都在建業，17年首都在武昌，前期還曾在蘇州（吳郡）、鎮江（丹徒）。
不過需要說明的是，孫權建立的武昌，並不是近代武漢三鎮的武昌，而是今天的鄂州（當時的鄂縣）。今天的武昌是另一個三國著名地點——夏口。
劉表長子劉琦聽從諸葛亮之計，出任江夏太守，就駐守在夏口。孫權後來也修建夏口城，委派夏口督（孫權堂弟孫皎、魯肅兒子魯淑都曾任此職），作為重要的軍事據點。