一、夏商周時期
楚丘：楚人發祥地。帝顓頊之裔陸終氏有六子，其六曰季連，居楚丘，羋姓。在今曹縣東侯集鎮古黃溝支水之濱，今名梁堌堆，龍山文化遺址約三萬平方米，省保單位。
楚丘城：取楚人發祥地楚丘為名，始建何年不詳。按《漢書》成武縣有楚丘亭，知楚丘在西漢已廢，當為秦之前之城。對照地理文獻，成武縣天宮鎮苗莊和滿堌堆遺址當為先秦楚丘城遺址。該城應廢於元光三年河患。
箕山：少昊後裔伯益之居。《史記》有「許由避堯於箕山之陰」，「伯益避啟於箕山之陽」，在鄄城箕山鎮村，龍山文化遺址。
葵丘：龍山文化遺址，在鄄城舊城鎮葵堌堆村，為舜裔甄姓之居地。
有娀之虛：中華始祖太昊氏的起源地，夏後氏太康仲相之妻族，少康母族，商祖契的誕生地。據顧頡剛先生考證在曹縣境內古濟水之濱，今韓集鎮安陵堌堆龍山文化遺址約五萬平方米，符合其地望，省保單位。
重丘：帝顓頊之子重的居地。《左傳》中多次為會盟爭奪之地。按《舊唐書》，今曹州乘氏縣是重丘所在。照此，今菏澤城內兩個龍山文化遺址有其一。
左丘：《戰國策》稱「左氏」，《水經注》稱「左城」，隋《續高僧傳 》作「左丘」，宋《太平寰宇記》作「左岡」，明清方誌作「左山」。應是左丘、左丘氏。因周丘而城，故稱左丘氏城，漸簡為「左氏城」、「左氏」、「左城」。唐初曹州城往西南移五里，此處空留土丘，故又有左岡。左山之稱。在定陶馬集鎮左山寺龍山文化遺址，應與舜晚年都城鳴條有關。
姚墟：按《尚書》，姚墟是帝顓頊、帝舜及帝嚳之子閼伯的出生地。自古至今認為在古雷澤附近。漢人定姚墟於濟陰郡成陽縣城。經考古發現，古成陽東城牆之土系龍山文化遺址土所築。2005年山東大學方輝、河北師範大學張翠蓮等在東城牆發現龍山陶片數十片。聯繫文獻，菏澤城東北六十里成陽古城內有一處龍山文化遺址，應是姚墟所在。
有莘之虛：見於《左傳》、《史記》等眾多文獻，是太昊氏後裔帝嚳的家族、鯀的妻族、禹的母族、湯的妻族世居地。位於古濟水支流黃溝水岸邊，今曹縣北莘冢、春岡墓、郗堌堆等遺址皆是。
句丘：見於《左傳》，又稱句瀆之丘、笙竇等名稱。位於菏澤城北三十五里古句水之濱，今高莊鎮袁堌堆村，系龍山、岳石、商周、漢不斷代文化遺址，諸侯多次會盟於此，夏少康的母親曾避難於此。
宛丘：在《左傳》中又被稱為宛濮，位於今菏澤城西北吳店鎮表忠集村。是一大型龍山文化遺址，上有春秋衛國大夫寧武子墓。
巿丘：見銀雀山《孫臏兵法》，學者研究認為在菏澤市定陶境內。因巿丘有「君主」，疑在定陶城西北水岸邊某遺址。
鳴條城：舜晚年都城，且卒於此。漢代學者認為在古濟水之濱的平丘一帶。現代學者顧頡剛認為在魯西南曹縣境內；當代學者研究認為定陶境內的左丘或大章寺遺址有其一。
三朡城：夏桀晚年都城，商湯踐天子位之處。今定陶戚姬寺遺址為是。
古貫城：夏代國，《禮記》稱「貫鼎乃天子之器」。在曹縣西南潘莊商遺址一帶。
商都亳城：甲骨卜辭金文，《左傳》、《史記》皆有記載。在曹縣南二十五里土山集一帶。
商都庇：商代第十三位商王祖乙等四位商王都城，在鄆城縣城應有其遺址。
顧國城：《詩經》「韋顧既伐，昆吾夏桀。」顧國是少昊後裔，姒姓，夏後氏婚姻之國。根據歷代文獻在鄆城北部。今李集鄉肖堌堆龍山遺址符合其地望。
單父故城：古有虞氏首領窮蟬之地。春秋為邑，秦漢為縣。五代後期為單州治。明代河患毀在地下。在今城南一里。
己氏城：始見《左傳》為己氏邑，兩漢為己氏縣，隋更名楚丘縣。直到明初廢。己氏是少昊族之姓，應為少昊之原生地。在今曹縣東南楚天集一帶。毀於明初黃泛。
荊城：《皇覽》雲是孫臏龐涓相持處。後世地理文獻因之。在古定陶東北二十五里。唐代學者云：舜遣董父養龍於鬷川，在定陶東北二十五里。今半堤鎮張花樓東北有古荊城遺址，屬龍山、岳石、商周至明不斷代文化遺址。當為湯滅夏時荊伯所居，故名荊城。
宛朐古城：《史記》記有黃帝得寶鼎於宛朐。是說黃帝戰敗蚩尤，殺之，得到蚩尤之重器寶鼎，自古至今，宛朐地望在漢陰郡。漢置宛朐縣，淹淤公元前132年瓠子河決。顧炎武考證在今菏澤城。
甲父城：按文獻，甲父為炎帝後裔，該城在今巨野東南堌子張遺址一帶。
乘氏城：太昊後裔乘丘氏之城，在巨野縣西南柳林鎮張表集附近，玉皇廟龍山文化遺址是其源頭。該城廢於北魏太和年間。
二、秦漢至西周古城
臨濮縣：春秋城濮城，晉楚戰於此，唐置為臨濮縣，屬濮州。金大定間廢於黃河，今鄄城縣臨濮鎮一帶。
葭密城：按《左傳》，魯成公始築此城，西漢濟陰郡九縣之一，東漢廢。在今菏澤城西北高莊鎮葭密村一帶。
桂陵城：在乘氏縣東北二十里。應在今菏澤牡丹園北蘆堌堆一帶。
城都城：為舜三徙之地，西周初成國都。漢置城都縣，為侯國。東漢廢入廩丘縣。2013年春，在鄆城陳坡鄉楊寺村地下發現較大面積西周、春秋、漢文化，疑為城都故城遺址。
廩丘城：舜之倉廩之地。春秋戰國為齊、魯、衛、趙、晉等國爭奪之城，秦漢魏晉為縣，曾為兗州州治，隋唐後廢之。
曹都陶丘古城：西周初曹叔振鐸所築之城，戰國、秦漢因之。漢武帝元光三年（前132）淹於地下。在今定陶城西北，仿山西南一帶。
郜城：太昊後裔之居，西周文王第十四子封此，曰郜國，在今城武故城，
安陽城：始見《左傳》，為宋之鞍邑、權臣之封。項羽殺宋義奪兵權於此，西漢廢。在曹縣東，今青山堌堆遺址一帶即是。
甄城：得名於舜子甄。在鄄城北舊城鎮，其源頭是葵丘堌堆龍山遺址。春秋築城，齊桓公稱霸於此。春秋戰國為諸侯反覆爭奪之地。秦置縣，兩漢因之，曹操置兗州於此，至北魏不改。隋唐於此置濮州，五代、宋、金、元、明不變，明正統十三年，廢於河患。甄城是一座存城2500年的古城。
襄丘城：春秋戰國扈爭之城，疑今東明縣老城一帶，城北小東湖龍山文化遺址，疑即古襄丘。後周丘而城。漢以後不顯。唐宋名大單集。明弘治二年遷東明縣於此。
高魚城：春秋屬魯國，在廩丘城東北，今鄆城東北梳洗樓一帶。
戰國濟陽城：戰國魏文侯所築，在今東明縣東明集朱岡寺龍山遺址周圍，秦為濟陽縣，漢因之。元光三年廢於河患。
槓里城：來源無考，始見《史記》，劉邦、項羽與秦軍戰於此城。歷代學者認為在成陽城西，今牡丹區、鄄城交匯處。
安陵城（魏冉城）：秦相穰侯魏冉於公元前286年封陶，於濟水之濱古平陵築城，即今牡丹區大黃集安陵村。
煮棗城：始見於《戰國策》，得名及始建年代不詳。秦漢為縣，反秦時劉邦戰於此。漢初封革朱為煮棗侯於此。按文獻約在今東明城附近。該城毀於元興三年河患。
三、漢元封后所築古城21座： 漢武帝元光三年（前132年），河決瓠子口23年,泛淹16郡，菏澤境郡縣皆淹淤地下，元封間治河後再重建郡縣。
漢、魏、晉定陶古城：在今定陶城北吳河一帶。按《太平寰宇記》，宋初時漢定陶恭王府大殿基址在孝子村南，即吳河村南。此城毀於南北朝河患。
都關城：西漢縣，疑置於羊里城。
兩漢、魏晉、唐宋冤句縣城：漢武帝元封元年治黃以後所築。在菏澤城西南三十五里馬嶺崗鎮餓虎牢村地下，已探出東城門及城牆三百餘米和外廓牆一百五十米。該城毀於宋熙寧十年河患。句陽城：菏澤北古句水之濱，約在今小留鎮與高莊鎮之間，秦漢魏晉為縣，北魏後廢之。
離狐城（南華縣）：西漢元封間治黃河以後所設之縣，本名煮棗，因水患城廢，城牆上布滿狐狸洞，無法恢復故城。故到濮水北岸又築一城曰離狐城，轄原煮棗縣之範圍。離狐城在今濮陽城東南習城鎮一帶。北魏太和六年，因水患城毀，復移城濮水之南，今菏澤城西北四十里李莊集村低洼稻田即是。有明天順碑為證：「離狐城北四里許漸東，有草寺一區......」云云，今草寺碑在李莊集村東北四里黃劉莊村三教寺中。唐天寶元年為紀念莊子，改離狐縣為南華縣，歷唐、五代、宋、金八代，金初毀於河患。
漆園城：在菏澤城西北四十里，今鄄城縣臨濮鎮南古濮水之南，為戰國時魏國所築，負責漆業收購、賦稅之事。莊子為吏於此。《晉書•華譚傳》華譚為鄄城令，過濮水吊莊子於此。唐貞觀二年於此建莊子觀，位於南華城東北九里，今遺址猶存。五代及宋初曾於漆園城設監。
呂都城：西漢置，濟陰郡九縣之一，為呂后子姪呂產封國。除諸呂，廢為縣，在今菏澤西北呂陵店附近。
西漢濟陽城：元封間治黃河後所築之城，先後為陳留郡濟陽縣，又為濟陽國，再為濟陽縣，歷東漢、魏晉，至唐初始廢。按《水經注》其地當在今東明縣小井鄉裴子岩一帶。光武帝劉秀生於此。
新中城：按《漢書》，己氏縣有新中城，不知所出及所在，當在曹縣東部。
秺城：位於成武縣西北寶豐鎮玉皇廟龍山文化遺址北。始建年代不詳，漢為濟陰郡秺縣，是漢武帝託孤大臣金日磾的封國，東漢廢。城內外有龍山文化遺址兩處。
東防城（西陽縣）：東漢山陽郡之縣，在成武縣東白浮圖鎮朱集商周遺址一帶。在漢時，該縣奸良之人俱在史書。
巨野二城：一在今城北九里，為西漢元光三年前之城；二在今城北二里邢家務，元遷城於此。
宜城：西漢濟陰郡有宜城侯，其址不詳。菏澤城南劉城遺址疑為宜城，該處多漢代磚瓦，面積達三萬平方米。
平樂城：兩漢時縣，在單縣東終興鎮平城庵一帶。
高鄉城：漢縣，在單縣北高鄉店遺址附近。
陽晉故城：《括地誌》雲在曹州西北三十七里，唐初縣。疑以漆園故城為縣。
黃城：漢縣，屬山陽郡。《括地誌》在考城東二十四里，在今曹縣西南與民權交界處。
蒙澤縣城：唐初置縣於古貫城之上。
小蒙故城：戰國魏之蒙縣，置於商都故亳城一帶，史稱蒙亳。西漢亳縣，在曹縣南二十五里土山集一帶。
大蒙城：西漢縣，按北朝文獻《北征記》，大蒙城在小蒙城東南三十里，今曹縣梁堤頭石香爐一帶為是。
曹州城：原名左城，在定陶縣城西南馬集鎮左丘一帶。漢定陶恭王劉康葬此，故名葬城。北魏孝昌三年由定陶城移置西兗州和濟陰郡於此，北周改名曹州。隋末戰亂，義軍首領孟海公居此六年。戰亂毀城，城移西南五里。
四、唐宋以後築城。
由於南北朝戰亂，瘡痍特甚，城市被破壞嚴重。隋唐以後陸續築城以下七城：
唐宋金曹州城：距曹州故城西南五里，在曹縣西北五十里堤上范村一帶，唐宋為曹州州治；宋崇寧間升興仁府；金復名曹州。該城毀於1166年河患，曹州治北移五十里，乘氏縣即菏澤今城。
宋定陶廣濟軍城：按文獻，在漢定陶城東北角，梁王台在其東門外。該城設有定陶縣、軍治、京東路刑獄衙門等。該城毀於1128年以後四十年河患。
金元定陶城：在今定陶城北，緊靠今城。毀於元末明初河患。
宋宛亭縣城：其前身是冤句縣，淹淤後又築該城於宋元豐間黃水過後，屬曹州五縣之一。按宋代文獻，冤句縣距曹州四十七里，而後築的宛亭縣距曹州三十七里。據此，該城約在今菏澤城西南五十里王浩屯、大黃集一帶。
唐宋鄆城縣：在今鄆城東張營村一帶。魯成公築於古濟水之濱大野澤東北岸。唐為鄆州，置大都督府於此，宋金為鄆城縣。金大定六年淹淤於河患，西移往盤溝村，即今鄆城縣城。
東明城：本名東昏，在今蘭考東北爪營南。金代圮於水患，移曹州冤句故地，於今東明集置東明縣。洪武元年因河患，移往今東明城西南堡城集。此年又圮於河患，詔命廢東明縣。弘治年於大單集即今城復縣。