「兩京制」古已有之，西周有鎬京和雒邑，東漢、隋唐有洛陽和長安，北宋有汴梁和洛陽，明朝只是延續和發展。兩京制與兩個朝廷是不同的兩個概念。
一、明朝的兩京制是如何產生的？
明朝的兩京制是從兩京一都格局發展而來，明朝建立時，朱元璋對建都金陵（南京）並不滿意。從大一統王朝的角度來看，定都金陵並不符合戰略要求。
但如果從當時的形勢來看，金陵的位置又有利於取得戰爭勝利。明朝開國數月之後，朱元璋以金陵為南京，大梁（開封）為北京，並沒有明確定都金陵。
第二年，朱元璋有下令將老家臨濠（鳳陽）營建為中都，兩京一都的格局就此形成。六年後，由於鳳陽的地理位置和淮西集團的存在，朱元璋罷建中都。
大梁因是四戰之地，並不適宜建都，最終兩京一都的格局名存實亡。洪武十一年（1378年），明太祖朱元璋取消大梁北京的稱號，將南京定為大明京師。
雖然如此，朱元璋一直未放棄對都城的考慮，西安、洛陽、北平都被考察過，但因種種原因都沒有成行。在朱棣即位後，都城問題再次被提上議事日程。
永樂元年（1403年），朱棣下令以北平為北京。三年後，北京宮殿正式營建。永樂十九年，正式遷都北京。至此，北京為都城、南京為留都的格局形成。
明仁宗即位後，兩京制再次發生變化。洪熙元年（1425年），明仁宗朱高熾下令修葺南京皇城，準備次年返回南京。但遺憾的是，明仁宗當年就已病逝。
明宣宗即位後，名義上以南京為京師，北京仍為行在，但實際上北京還是京師。明英宗即位後，陸續修建北京的皇城，在正統六年（1441年）全部竣工。
同年，英宗下詔更改兩京衙門印，北京各衙門去「行在」二字，而南京各衙門增加「南京」二字。至此，以北京為都城、南京為留都的兩京制確定下來。
二、明朝的兩京制是如何運行的？
明代的兩京制與以往有所不同，它在留都南京有一套完整的行政機構。兩京制下並設官制，同屬朝廷行政系統，兩京主要機構設置基本相同，略為複雜。
兩京都設有六部、督察院、大理寺、通政司、宗人府、翰林院、國子監等機構，除此之外，南京還設南京守備，它與協同守備、守備太監構成權力核心。
這三個守備統轄南都一切留守、防衛之事，其中守備太監權力極大，雖然是三者互不統屬，但守備太監是代表皇帝意志。另外，南京還有一個參贊機務。
南京機構名義上是朝廷官員系統，卻無實權，基本上受制於北京機構。從職權範圍看，留都機構職權僅限於南京及南直隸地區，無權過問其它地區事務。
從政策執行程序看，南京機構的奏章多要經北京一些部分覆議，才能上報皇帝，再由皇帝下詔南京機構負責執行。明代兩京制總體呈現出上下隸屬關係。
這種隸屬關係的形成，避免了政治權利鬥爭，緩和了內部矛盾，加強了明朝的統治。南京一直充當著經濟、文化中心的角色，對社會發展產生不少影響。
隨著明朝政治中心的北移，南京並未完全失去政治功能。南京的政治功能有三點，一是收容京師仕途失意的官員，二是在危急情況下，成為備選都城。
三是不可替代的抗倭指揮中心。除政治功能外，南京還是經濟、文化中心。南京和南直隸是京師商品和糧食的保障地，另外其辦學和修書活動也很興盛。
三、兩京制有哪些作用與隱患？
明代兩京制打破歷朝傳統，在留都南京也設置一套完整的行政系統，不再單純的作為天子的出巡行宮，賦予其實質意義。兩套系統也是互不干擾的運行。
明代兩京制有利於維護統治，它協調了防虜與發展經濟間的矛盾，從而使社會發展趨於穩定。兩京制還有利於南北經濟、文化交流，增強了明朝向心力。
兩京制雖有正面作用，但也存在一些隱患。比如兩套系統會增加財政負擔，南京守備太監位高權重，又不在皇帝視線範圍內，難免會巧取豪奪，中飽私囊。
兩京並設官員，由於留都大多屬於閒職，會產生大量無事可做的官員，增加負擔。兩京制在給明朝社會帶來推動力的同時，也在許多方面帶來極大隱患。
綜上，明朝兩京制並不是兩個朝廷，而是兩套行政系統，具有上下隸屬關係，且職權分工比較明確，不會發生混亂的現象。