1.地源熱泵製冷、熱速度相對氟機而言，速度比較慢。(簡單的講因為氟機是一次換熱;水機是二次換熱,水機的送風溫度要比氟機高3～4度)。
2.管道存在一定的漏水隱患。(因為水管不可能像銅管那樣做到40公斤左右的泄露保壓測試。
3.製冷原理的不一樣，造成了地源熱泵相對氟機而言，室內機尺寸及噪音較大(送風溫度較氟機高，需要加大送風量、選擇較大風機才能保證效果)，一般噪音要大5～10dB(A),內機高度要高3～5㎝。
4. 日後維修成本較高(因為安裝管道不管是用PPR管還是鋼管、銅管連接，都必須定期清洗管道保養，否則，會因系統水流量變小造成使用效果越來越差，耗電量加大)。
地源熱泵空調如何保養
1、經常檢查空調器電器插頭和插座的接觸是否良好，若發現空調器在運行時，電源引出線或插頭髮燙，這可能是因為電器接線太細或插頭、插座接觸不良，應根據情況採取相應解決措施。
2、水系統要注意管路連接處是否漏水。若是多聯機系統和風管機系統要經常觀察空調器製冷劑管路的接口部位是否有製冷劑泄漏。若發現有油漬，則說明有製冷劑漏出，應及時予以處理，以免長時間泄漏造成製冷劑的量不足，而影響空調器的製冷(熱)效果，甚至造成壓縮機損壞。
3、壓縮機的保養
壓縮機是地源熱泵中很重要的部件，首先要檢查壓縮機進出口閥門連接的可靠性，是否有泄漏的情況。實驗時應該注意壓縮機運行的聲音，根據運行的聲音來判斷壓縮機是否有異常。
注意電壓及電流的測量，測量運行電流時電纜應位於測量環路的中心，運行電壓的範圍在380伏（+-10%），運行電流不應該大於電機銘牌的額定輸入電流。在機組切斷電源的情況下，用兆歐表檢測壓縮機的三相對地阻值是否符合標準。
如果機組長時間沒有啟動，則應該先將機組的曲軸箱電加熱啟動，加熱機組的油腔，使機組機油內的氟利昂蒸發，提高測量電阻的準確度測量。嚴禁在真空狀態下測量絕緣度，防止絕緣層被擊穿引起事故。
4、機械清洗的注意點
關閉冷卻水進出口閥門，拆開冷凝器前後端蓋，清理冷凝器端蓋、水是腔內結垢和鏽蝕，用管路清洗機清洗傳熱管路，清洗完後用清水沖洗，直至達到標準，然後蓋好端蓋。
保養標準：保養後水室、傳熱管目測整體乾淨，管壁沒有明顯結垢。設計地源熱泵系統的地熱換熱器需要知道地下岩土的熱物性參數。熱物性參數不準確，則設計的系統可能達不到負荷需要，也可能規模過大，從而加大初期投資。確定地下岩土熱物性參數的傳統方法是首先根據鑽孔取出的樣本確定鑽孔周圍的地質構成。再通過查有關手冊確定導熱係數。
用戶在選擇地源熱泵空調系統的時候只要找到專業的安裝公司來進行前期的勘測 、設計、安裝以及售後服務等，是完全可以放心的。