1958年8月，國防部五院一分院從長辛店雲岡遷至南苑東高地之後，劉秉彥等五院領導又組織科技人員，把雲岡基地改建成火箭發動機試驗站（後又發展為全彈試車的試驗站）。所有一切大型的噪音較大應遠離城區的的試驗設備，全部遷移或建設在此。這就是後來的三分院。
把五院納入軍隊體制，讓全體科研人員參軍入伍，是劉秉彥、谷景生領銜主辦的第二件大事。
多年領兵征戰的經驗，使劉、谷二人意識到，必須建立一種指揮得當，紀律嚴明，保障有力，高效快捷的管理體制，並且要最大限度地提高科研及行政後勤人員的積極性和榮譽感，才有可能以最快的速度確保研發項目的實施。他們深知沒有哪種體制能比軍隊更權威，運轉效率更高了。於是，他們便在改變五院管理體制方面採取了一個大動作——把五院科研人員納入軍隊建制。
據中國航天科技集團史料記載：
1957年6月，谷景生政委、劉秉彥副院長請示國防部航空委員會，要求將五院納入中國人民解放軍序列，解決科技人員的參軍問題。航委同意科技人員參軍。總參授予部隊代號，代號為中國人民解放軍ＯＯ三八部隊。同年8月1日舉行了入伍儀式，並授予了科技人員軍銜。歷史證明，科技人員的參軍，對於這支新生的國防科技隊伍，樹立對事業的神聖感，對於軍人的榮譽感，提高保守國家機密的警惕性，加強組織性與紀律性，培養敢於碰硬，勇於攀登，嚴謹務實，無私奉獻的革命精神等各個方面，都起到了十分有益的作用。
讓五院科技人員全體參軍入伍，還有一個史料里沒有說明的好處——當年部隊軍官的工資要比同級地方幹部高出不少，這樣做實際上也從切身利益方面提高了大家的待遇，因此，劉、谷兩位領導推行的這一決定，倍受全院人員的歡迎和擁護。
筆者在中國運載火箭技術研究院（前身系國防部五院一分院）採訪時，聽過一些老同志的感嘆：
「劉秉彥、谷景生確實有眼光有魄力啊！我們五院仿製的蘇式「P-2」飛彈，就是代號為1059的中國第一枚近程飛彈，能在1960年11月發射成功——那是中國經濟多麼困難的時期！全國人民都吃不飽，五院如果不是在此之前納入軍隊序列，科研人員的糧食供應難以保證，這第一枚飛彈有可能發射成功嗎！」
不過，讓那麼多知識精英——還包括不少留美留蘇的專家學者參軍入伍，穿上軍裝，授予軍銜，他們固然感到新奇、興奮，覺得又帥氣又精神，但這些人畢竟毫無部隊生活經驗，因此也有很多不習慣不適應，並常常鬧出笑話。
宓世湘老人記得：「劉秉彥來第五研究院主持工作的時候，五院建立了十個研究室，只有一個研究室的主任是黨員——他過去是北京航空大學的教育長，但是他來的晚，是第二年才來的。剩下的九個研究室主任都是群眾，包括當時的院長錢學森也都沒有入黨。
」宓老回憶說：「你可以想像，在當時那種情況，五院又是那麼高度保密的單位，這些不是黨員的領導，即使穿上了軍裝，相互之間還是稱呼什麼張先生、李先生，他們一時還沒養成叫同志的習慣，我們這些原本就是軍人的同志聽了可真是怪彆扭的。呵呵……」
梁啓超的小兒子、已故著名火箭專家梁思禮院士也講過一個故事。
1957年8月，五院集體入伍後，梁思禮被授予少校軍銜。既然納入軍隊序列，一開始也全都按照部隊等級條令執行。梁思禮作為一個研究室副主任，肩上又掛著少校的牌子，級別比他低的幹部戰士自然對他恭恭敬敬。有一天，他研究室的部下列隊請他訓話，值日幹部先向隊列大喊一聲：立正！然後雙手握拳，跑步向前，向他敬禮——說：「少校同志，某某單位列隊完畢，請您指示。」
「按照條例，我在講話之前，本來應該向大家喊一聲：稍息！可是我忘了，大家就只好保持立正的姿勢聽我講話，我講的是技術問題，時間不短，同志們就那麼筆直地站著，真是很不輕鬆。事後我才知道自己的失誤。哈哈！特別不好意思。」
如今年過九旬的老院士一想起那天的情景，就忍不住笑起來。
劉秉彥在五院參與領導的第三件大事，要算是組建了航天工業的發祥地——一分院。
1957年11月，國防部長彭德懷向周恩來總理建議：國防五院決定在原有的10個研究室的基礎上組建兩個分院。周恩來總理便隨即任命錢學森為五院院長兼一分院院長；軍事工程學院政治部主任、副政委劉有光少將被提任國防五院政委；谷景生改任五院副政治委員兼一分院政治委員；劉秉彥為五院副院長兼一分院副院長。解放軍通信兵部主任兼軍事電子研究院院長王諍中將，調任為五院副院長兼二分院院長。
這個臥虎藏龍的一分院，就是中國運載火箭技術研究院的前身，也可以說是中國運載火箭的發祥地。它曾是飛彈總體院，乃航天工業的龍頭所在。時至今日，很多航天事業的領軍人物都出自一院。
有關劉秉彥在一分院創建及發展過程中所起的作用，84歲的宓世湘老人，以航天人特有的嚴謹認真，在《敬愛的劉秉彥院長》一文中寫道：
一分院成立後，負責地地、地空、海防飛彈總體和發動機研製工作。當時，錢院長負責整個五院和一分院的技術研發，主要精力在力學所。谷政委因為受到夫人范承秀被打成右派的牽連，不久即被調走了。劉秉彥雖然因工作需要，大部分時間在五院，但一分院黨委和行政領導還是由他負責。這個時期，一分院主要是著手進行P-2飛彈的仿製工作，同時積極籌備兼併二機部四局211廠，又要將院址搬遷到南苑，並開始準備8102建設任務。那個時候任務非常繁重，但所有人員情緒高漲，工作處於高負荷狀態。劉秉彥副院長肩負雙重任務，每星期來一分院一次，仿製工作千頭萬緒，十分操勞，但他始終精神飽滿，無論是穿軍裝還是穿中山裝，都具有莊嚴的軍人姿態，講話嚴謹，不尚空談，處理問題既堅決果斷，也不乏人情味，可謂張馳有序，很有章法。
1960年生活困難，劉副院長曾親帶隊去內蒙古草原打黃羊，他的槍法很好，打了不少黃羊，拉回來給科研人員改善伙食。他擔心我們這些年輕的尉級軍官分到的肉太少，營養跟不上，就多次派他的司機老黃師傅把院裡分給他家的牛肉捎帶給我們。
總之，在當時的許多同志看來，一分院的工作一直保持忙而不亂，有條不紊，和劉秉彥傑出的組織領導才能是分不開的。
在當年五院的老人們看來，中國飛彈航天事業從國防五院初創到成立七機部，再到後來的航天部，一直演變到今天的航天科技集團與航天科工集團。近60年來，無論名稱與體制怎樣變化，其五院時代構建形成的「一院三分院」（一院即國防五院，三分院指五院所屬三個分院）的基本格局始終沿襲，未有大的改變。
實踐與時間證明，這「一院三分院」的格局是經得起考驗的。而這一歷史格局，正出自於劉秉彥等人當年的戰略構想與籌劃實施。當然是事物是發展的，那個時代，一分院搞彈體，二分院搞制導，三分院負責試驗，而現在則是以型號為主，型號總設計師可以根據需要，自主決定選擇哪個分院為主研發製造，現在的院所都改為公司，其選擇都帶有包含著競爭意味的商業行為。
這也符合時代潮流的發展規律。
2014年冬，筆者為撰寫這部傳記，曾專程拜訪劉秉彥任五院副院長時的秘書莊壽倉先生。莊老後來又當過王諍將軍的秘書，堪稱是「老五院時代」許多重要決策的見證者與親歷者。不料，當我說明來意，莊老卻婉拒了我的採訪。
他誠懇地說：「秉彥同志是我一生中最敬重的老首長和恩師，我當然應該責無旁貸地為他的傳記提供材料。但是我恐怕這種隨口問答的訪談，會因某些記憶模糊而出現偏差和失誤。為尊重事實，我會把我所了解的情況寫出來，交給你參考好嗎？」
幾個月後，87歲的莊壽倉老人，果然親筆寫出了幾萬字的回憶文章《我的恩師秉彥同志》，為本書寫作提供了許多珍貴的史料和細節。
他在這篇文章里寫道：
時隔多年，我離開這行已經四十餘載，所經所歷只是跟隨秉彥同志時有所了解。為認真準確，我想到了一位老友，就是在五院正式成立之前就從空軍調來的宓世湘同志。當年，他始終跟隨五院幾次搬遷，後來住在東高地一分院，直至退休。這些日子，我與宓世湘同志通過多次電話，他對上述搬遷一清二楚，而且對有關人員的數字都是如數家珍，沒有他的幫助，我無法記錄得如此周詳和準確。
宓世湘同志對劉秉彥同志在組織構建「一院三分院」這一格局方面評價極高。他說錢學森當時院長並不常來五院，似乎他的工作重點仍在中科院力學所。錢以其在國際空氣動力聞名，而空氣動力只是飛彈飛行的一個課題。錢學森是周總理親自請回國的，那時就大名鼎鼎。五院初創時，眾多專家教授，以及剛入院的蘇聯留學生和大學畢業生，都對錢院長非常仰慕，甚至達到崇拜的地步。
但是，錢對組織工作、行政管理卻非所長，包括對研究室的組成，劃分專業等工作都是外行。宓世湘同志認為，早期五院「一院三分院」的格局的組建和形成，幾次帶有戰略意義搬遷、合併、分散、集中，以及幾乎所有的行政，包括科技組織管理，都是秉彥同志一手操辦運作，只是借重錢的大名而已。
這雖然是宓世湘同志的一家言中，但卻是發自內心的真心話。我們還共同認為，秉彥同志是中國航天事業的奠基人。如果說得更全面一點，中國航天事業的奠基人就是錢學森、王諍、劉秉彥。