原因比較複雜，但最主要的原因有三個，一是彌合南北漢族族群的裂痕，二是安撫元朝的遺老遺少，三是繼承元朝的政治遺產，特別是領土這個遺產。
先說第一個原因，南北漢族族群的分裂問題。
南北漢族分治，從女真人建立的金國滅北宋開始。北宋滅亡，南宋建立，中國的北方地區經短暫的過渡時期後，迅速被金國的女真人統治。女真統治時期，強迫北方漢人變異服裝、變異風俗，從多方面鼓勵、強逼漢人胡化。
經過金國一百多年的統治，北方漢人在生活習慣、風俗、衣帽穿戴等方面，與南方漢人已有了較大區別。雖然語言猶存，但觀念已變，對南方漢人的認同感大幅減弱。
蒙古滅亡金國、進而滅亡南宋後，將南、北方的漢人並不視為一個族群，將北方的漢人及契丹等族合稱為漢人，而將原南宋地區的漢人稱作南人，對二者的管理方式也有區別。北方地區，在原金國的管理方式的基礎上，雜糅一些蒙古草原的部落式管理方式。在南方，則仍延續南宋的管理辦法，與士紳階層合作，聯合統治。這種辦法，稱作「因俗分治」。
因俗分治的辦法讓南北方的漢人進一步分化。北方漢人與契丹、奚人等融合，更加尚武，對蒙古習俗的接受程度也較高。而南方漢人仍舊秉承詩書耕讀傳家的傳統。
元末明初，或許南方一些漢人對曾經的宋朝還有印象，還有懷念之意，北方漢人對宋朝是毫無關切，沒有半點印象了。
在這種情況下，朱元璋否認元朝的正統，以宋朝的繼統者自居，起不到籠絡漢人之心的作用，反而會加大南北漢人的裂痕。而漢人，是明政權的基本盤。
朱元璋起家於南方，部下也多為南方漢人，要統一全國穩固統治，必須要取得北方漢人的認同，此時承認元的正統地位，實為明智之舉。否則，必會導致北方漢人離心離德。
明初科舉考試中的南北榜案，北方漢人的士子全部落榜，因而聚集鬧事。朱元璋為了籠絡北方人心，將主考官劉三吾凌遲處死。其思路也是為防範北方漢人的離心離德。
說第二個原因吧。
元政權雖時間不長，統治整個中國的時間只有八十多年，但在滅亡後，仍有不少遺老遺少懷念元朝，以各種形式稱頌懷念元朝。如葉子奇，他說：「元朝自世祖混一之後，天下治平者六、七十年，輕刑薄賦，兵革罕用，生者有養，死者有葬，行旅萬里，宿泊如家，誠所謂盛世也。」——葉子奇《草木子》
再如戴良，他說：「（元朝）以深仁厚德，涵養天下達五、六十年之久，而戴白之老、重髫之童，相於歡呼鼓舞於閭巷間，熙熙然有非漢唐宋所及。」——戴良「皇元風雅」
懷念元朝的不只是這些文人，朱元璋自己也經常說元朝的好話。比如他說：「元主中國，殆將百年，其初君臣樸厚，政事簡略，與民休息，時稱小康。」又說：「元初定天下之時，彼時法度嚴明，使愚頑畏威懷德，強不凌弱，眾不暴寡，在民則父父、子子，夫夫、婦婦，各安其生，惠莫大焉。」——《明太祖實錄》
除了這些元末明初的人懷念元朝，還有部分純粹的明朝人也說元朝的好話，比如戲劇家李開先，他在「西野春遊詞序中就說：「元不戍邊，賦稅輕而衣食足，衣食足而歌詠作。」
由此可見，明朝初立時，對元朝有好感的人不是一個二個，而是一群，朱元璋自己就是其中一個。（至於為什麼會這樣，那是另一個問題了，這兒不涉及）
在這種情況下，是不得不承認元的正統地位。
第三，承認元的正統，有利於繼承遺產，特別是領土遺產的繼承。
宋代疆域比較小，即便是北宋全盛時期，也沒收回燕雲十六州，西南的大理獨立成國，西北的西夏時而稱臣時而反叛，西域、東北、漠北就更別想了，疆域與漢唐時無法相比。
而元朝就不一樣了，元不但將東北、大理、西夏、西域等地納入版圖，還將西藏也收服，成為領土，漠南漠北自然也在版圖之內。那幾個汗國不算，元朝廷直接管轄的地方，已經夠大了，比漢唐時還要大些，更是遠超兩宋。
承認元的正統，認為自己是繼元朝而立國，明政權就可以理直氣壯的主張對西藏、東北、大理、西域等地的主權，當然，能不能實際占領是另一回事，但可以理直氣壯的主張，甚至攻打。反之，就無法理直氣壯了，須另找理由擴張。