康熙二十年（公元1681年）十月二十八日，被包圍了8個月之久的昆明城被清軍攻克，歷時8年的「三藩之亂」終於結束。蜂擁入城的清軍很快發現，吳氏政權的首領、吳三桂的孫子吳世璠已經在絕望中拔刀自殺，「皇后」郭氏也投環自縊。無奈之下，清軍只好將吳三桂的首席謀士方光琛及其子侄押到軍前凌遲處死。
吳三桂家族遭到嚴厲懲處
當時，吳三桂已經死去3年多，清軍迫近昆明時，吳世璠已經將其屍骨改葬他處，清軍雖然到處挖掘，但也無法找到吳三桂的屍骨，只好隨意找了個骨灰匣子，連同吳世璠的首級一起，送到北京邀功請賞；此外，從清朝初年就在昆明各地定居的吳氏大家族成員也遭到了無情屠戮，「三藩之亂」的始作俑者得到了應有懲處。
除了吳氏一門外，康熙皇帝也沒有放過吳三桂以外的另外兩位藩王——福建靖南王耿精忠、廣東平南王尚可喜。這兩位當初都曾經跟著吳三桂一起叛亂，後來在清軍大兵壓境的情況下，先後舉起了白旗，重新拜倒在康熙皇帝的腳下。耿精忠袒身露體，率文武官員出城迎降；尚之信則馬不停蹄配合清軍作戰，抱病出兵廣西收復了武宣等戰略要地。
耿精忠兩位弟弟要求對其嚴懲
儘管耿、尚竭力表示忠誠，但康熙皇帝仍不想留下這兩個禍害。考慮到耿精忠死活不願離開其福州老巢，如果在福州殺他，其部屬說不定就會忽然生變。想來想去，康熙皇帝心生一計，命令駐軍福州的康親王傑書勸說耿精忠自請入京覲見，以免其部屬生疑。康熙十九年（公元1681年）三月，耿精忠果然上疏請求入京。康熙皇帝立即批准，並下旨委任耿氏部將馬九玉為福州將軍，代其統領部下。
結果耿精忠剛剛入京，其弟耿昭忠、耿聚忠就聯合上疏，請求朝廷對哥哥當初的叛逆之舉予以嚴懲。這下，康熙帝再無顧忌，馬上批准這兩位好弟弟的請求，下令收逮耿精忠，交給法司審訊。康熙二十一年（公元1682年）正月，康熙帝下詔將耿精忠及其心腹死黨凌遲處死，傳承三世的耿氏王爺就此灰飛煙滅，但耿昭忠、耿聚忠兩脈卻得以善終。
尚之信部下告發他再次反叛
就在耿精忠被騙入京的同時，尚之信的後院也失了火，其護衛張永祥、張士信等人轉成赴京告御狀，稱其主子蓄意再次反叛。於是，清廷派出刑部侍郎宜昌阿等人，以巡視海疆為名到達廣東，進行秘密調查。此時，尚之信還蒙在鼓裡，仍在前方協同清軍平叛，每日廢寢忘食、上疏獻策，忙得滿頭大汗。
待尚之信得勝回到廣州，迎候他的刑部侍郎宜昌阿說有聖旨給他。尚之信還挺高興，以為朝廷要嘉獎自己，馬上下跪接旨。結果，詔旨一宣布，才知道是要擒拿自己審訊的!驚愕之餘，毫無思想準備的尚之信被當場拿下，逮捕入獄。康熙十九年七月，康熙連將尚之信送入京城詢問一番的程序都省下了，直接下旨將尚之信及其家屬、部下就地解決了。至此，尚可喜老頭子奮鬥一輩子掙來的平南王家業，也因為其兒子的反叛而化為烏有。
吳三桂數萬舊部被發配關外
三位藩王被全部處理掉以後，康熙帝並沒有就此罷手。從康熙二十年年底到次年五月間，康熙帝逐批處決了吳三桂那些已經投誠並且曾經戴罪立功的將領們；就連已經招降的數萬吳三桂舊部士兵，也全部死罪繞過、活罪不免，大多都流放關外，到塞外苦寒之地服苦役，其後代子孫也永世不能讀書入仕。即使到了清末，這些人的後代傳了十幾代，已經只能充當站丁、更夫等下賤職業。