仔細說來，明朝被「黑化」大致可以分為「古」「今」這兩個方面。
我們先說「古」，這裡的「古」主要集中在滿清一朝，隨著大明滅亡、滿清入關，最早對明朝作出評價的，當屬清初的遺民，代表人物有：傅山、黃宗羲、王夫之、顧炎武等人。他們於明朝滅亡後，紛紛從各自的立場和角度，對明朝滅亡的原因進行了分析和總結。按照道理來說，這些人心懷故國，又經歷了那場山河巨變，有切膚之痛，他們的記述應該最為真實可信，也最具客觀性，但事實上卻非如此，因為他們的研究無不著眼於明亡的教訓，對大明負面的評價要遠遠多於正面評價，因此他們的記述就成為了後世「明黑」攻擊明朝的最有力「證據」。
清高宗修明史，他的主導思想就是通過編修明史來彰顯清朝優於明朝，當然不僅僅限於修訂明史，乾隆朝編寫的《明通鑑綱目》、《御批歷代通鑑輯覽》、《歷史職官表》、《四庫全書》《續通典》、《續通志》、《續文獻通考》（合稱續三通）等書，無不體現著這一主導思想，那就是要全方位多角度的對明朝加以鞭笞，從而彰顯大清立國之正，遠超於明。這裡尤其要強調一下《四庫全書》。清朝統治者再組織編纂《四庫全書》時，「凡牴觸本朝之語盡行銷毀」，總共銷毀了多少書呢？按照當時的說法是「收三千、毀三千」，當然這裡的「三」按照傳統文化的慣例應該是個約數，就是非常多的意思，凡是書名裡帶有「皇明」「皇漢」之類的全部禁毀，凡是把大清成為「建奴」、「東奴」的全部禁毀，凡是宣揚大明功德的全部禁毀、凡是彰顯漢族民族自豪感的全部禁毀……即便留下來的，也是逐字逐句的進行審核、閹割、篡改，試想在此情況下，其史料有多大可信性？
乾隆年間修明史的時候，華夏已被滿清統治百餘年，漢人們當了百餘年的奴才了，已經習慣成自然了，他們對於明朝人的思維和行為，已經完全無法理解了，當他們看到明朝那些個性張揚、活潑跳脫的人和事，第一感覺就是「甚為荒誕不經」。再加上滿清統治者不遺餘力的「崇滿丑漢」宣傳，明朝在滿清文人的眼裡已經逐漸的成了荒誕陸離、積貧積弱的代名詞了。例如：紀曉嵐在編寫完《四庫全書》後，自己又編寫了一套《四庫全書總目》，這裡邊他編寫張瑄《南征錄提要》時就曾說「明人極弱，自其盛時已然」。
還有就是乾隆修明史時，積極的宣揚「清承明制」，反覆的向天下人鼓吹說清朝的制度是對明朝制度的繼承，這樣就造成了「明清捆綁」最終形成了「明清板塊論」，人們喜歡把明朝和清朝連在一起說，仿佛兩個朝代都差不多的，以至於後來把清朝的種種弊端都歸咎到明朝身上。
那明朝和清朝是不是差不多呢？當然不是，不但不是差不多，而且甚至是完全相反的兩個朝代，這裡我舉幾個例子，比如明朝的內閣和清朝的軍機處，這其中的差別我想大家都很清楚了，不必贅言。再比如明初實行海禁，清初也實行海禁，雖然名字一樣但差別可大了去，明朝海禁是為了防止倭寇，而且只是禁止民間海貿，海外貿易由官方壟斷而已，並且到了中期「隆慶開關」又徹底的放開了，同時他並不禁止外國人到華貿易的。清朝的海禁才是真正意義上海禁，「片板不得入海」不但清國人不得出海，除了欽定的七個國家（東南亞諸國加上日本朝鮮）外，別的任何國家的人不許來貿易，一直到了清末實在沒有辦法了，才弄個「十三行」買辦，還是不准民間參與對外貿易。
「今」人對明朝的黑化，主要是受三部書一個人的影響。
三部書分別是吳晗的《從僧缽到皇權》、丁易的《明代特務政治》、黃仁宇的《萬曆十五年》，一個人就是武俠小說宗師金庸先生。
吳晗同志雖然是我國著名的明史研究專家，但他寫的《從僧缽到皇權》後改名《朱元璋》與丁易所寫的《明代特務政治》一樣，成書於國民黨執政期間，他們均採取「影射史學」的方法，有目的的編寫歷史著作。「借」批判朱元璋來批判蔣介石、「借」批判明朝的專制統治來批判國民黨殘酷的統治、「借」批判明朝的廠衛制度來批判國民黨的特務制度。
因此他們強調實用性而忽略科學性，在歷史評價方面往往失准，而且為了廣泛傳播的需要，他們對史料的選取方面多「野史稗錄」，因此這兩部著作都存在有目的的誇張、失實，拚命放大朱元璋和明朝歷史的陰暗面，對明朝的評價過於負面，缺乏一般史學著作的客觀公正，造成了普通讀者對明朝認識的極大誤解。
黃仁宇的《萬曆十五年》影響更大，但「黑明」也更徹底，他的書是在自己論文《十六世紀明代中國之財政與稅收》的基礎上改編而成。他採取的是以論代史的寫法，就是先有論點，然後根據論點的需要來選擇史料，合適則用，不合適則廢，甚至拼湊史料、裁剪史料，完全缺乏客觀和公正性。而且在寫法方面也存在著大量採用「文學方法」而非「史學方法」。
黃仁宇本是國民黨軍隊的一名基層軍官，在解放軍破城前夕離開軍隊到美國去讀大學，在美求學期間全面接受了費正清等人的「哈佛學派」所謂的「中國停滯論」的思想，正是基於此思想認識，他完成了論文《十六世紀明代中國之財政與稅收》，並且提出了「明代倒退論」的觀點。
黃仁宇是「中國停滯論」的徒子徒孫，歷史觀根本錯誤目前已被學界所證實，但其作品《萬曆十五年》卻在普通讀者那裡引起了廣泛的影響，幾乎成了明史愛好者的必讀書目了。伴隨著該書的傳播，「黑明」思想在普通讀者那裡得到極大的呼應，擁有巨大的市場。
金庸先生也是「中國停滯論」的忠實粉絲。他在北大講學的時候不講小說，偏偏講歷史，他說：
英國對二十世紀影響最大的一位歷史學家名叫湯因比，他寫了一部很長很長的《歷史研究》。
應該說是到了中國的明朝，從那時起，中國開始落後了。我想其中原因，一個是政治上的專制，對人民的思想控制很嚴，一點也不自由開放，動不動滿門抄斬，株連九族，嚇得人們不敢亂說亂動，全部權力控制在皇帝一人手裡。另一個原因就是明朝對付不了日本倭寇的入侵，便異想天開，實行所謂海禁，把航海的船隻全部燒掉，以為如此一來就能斷絕與倭寇的來往，餓死倭寇。
滿洲人建立清朝執政，肯定比明朝好得多。這些觀念我在小說中發揮得很多。希望將來寫成學術性文字。
不知道金庸先生哪裡來的底氣，就這樣水準的言論就敢在中國人文最高學府里進行公開演講，而他所推崇的湯因比正是「中國停滯論」的鼓吹者之一，他在《歷史研究》中寫道：在這個天朝里，好幾百年過去了，什麼也不增加，什麼也不減少，什麼政府、教育，整個的生活制度全變成了一種繁文縟節，在那裡知識本身都不知道什麼是進步，什麼叫發展。而只是像把才能埋在土裡或者把錢財藏著不用一樣，經驗既不起促進的又不起當道的作用。
如果說黃仁宇先生把「中國停滯論」發展為「明代倒退論」的話，那金庸先生則把「中國停滯論」發展為「輸血融合論」。正是由於這種思想理論為指導，金先生才會極力把諸如趙良棟、吳六奇等漢奸一個個洗白，才會塑造韋小寶這樣奇葩的「砸鍋黨」吃的是「反清復明」的飯，砸的卻是反清義士的鍋。