崇禎十四年（1641年）春，為挽救遼東危局，明廷遣洪承疇率宣府總兵楊國柱、大同總兵王朴、密雲總兵唐通、薊州總兵白廣恩、玉田總兵曹變蛟、山海關總兵馬科、前屯衛總兵王廷臣、寧遠總兵吳三桂等所謂八總兵兵馬，領精銳十三萬、馬四萬來援，集結寧遠，與清兵會戰。三月，皇太極發大兵採取長期圍困錦州的方針，勢在必克。洪承疇主張徐徐逼近錦州，步步立營，且戰且守，勿輕浪戰。但兵部尚書陳新甲促戰，在崇禎皇帝也希望持重的情況下，採取了速戰速決的方針。八月，皇太極得知明援兵已到，便親率大軍從盛京趕來赴援，駐紮在松山、杏山之間，部署在明軍的南面，濟爾哈朗軍攻錦州外城，截斷松、杏間明軍的聯繫，切斷明軍糧道，斷絕洪承疇歸路。洪承疇主張決一死戰，而各部總兵官主張南撤，最後集議背山突圍。最後十數萬人土崩瓦解。
崇禎十五年（1642年）一月，洪承疇聽說朝廷援軍趕到，又派6000人馬出城夜襲，被清軍戰敗。松山一直被圍睏了半年之久，城中糧食殆盡，松山副將夏承德叩請清軍，願拿兒子夏舒做人質約降。三月，清軍應邀夜攻，松山城破，洪承疇、巡撫邱民仰被俘，總兵曹變蛟等將領被殺。洪承疇被俘後，錦州守將祖大壽，便走出內城，率眾出降。塔山、杏山也相繼落入清軍之手，明軍的錦寧防線，實際上已不復存在。
洪承疇絕食數日，拒不肯降。皇太極派所有能動用的人前去勸降，均被大罵而回。皇太極仍不放棄，特命最受寵信的吏部尚書范文程前去勸降，看他是否果有寧死不屈的決心。范文程至，洪承疇則大肆咆哮，而范文程百般忍耐，不提招降之事，與他談古論今，同時悄悄地察言觀色。談話之間，樑上落下來一塊灰塵，掉在洪承疇的衣服上。洪承疇一面說話，一面「屢拂拭之」。范文程不動聲色，告辭出來，回奏太宗：「承疇不死矣。承疇對敝袍猶愛惜若此，況其身耶？」皇太極接受了范文程、張存仁等的專業意見，對洪承疇備加關照，恩遇禮厚。隔日（五月四日），皇太極親臨太廟，洪承疇立而不跪。皇太極問寒問暖，見洪承疇衣服單薄，當即脫下自己身上貂裘，披在洪承疇的身上。
關於洪承疇降清一事，民間還傳有另一個版本故事。
這段故事在清代官修正史中失載，在其他史料和民間則流傳甚廣，甚至不乏國內外重量級史學著作亦予以採信。其中眾說紛紜，對一部分人來說，這是一段發生在美女與英雄之間的佳話，足夠膾炙人口。對於另一部分人來說，則是荒誕不經的傳說，似乎褻瀆了他們心目中那位聖潔的皇太后。
據說，皇太極為了拿下洪承疇，絞盡腦汁想辦法。最後，將熟悉洪承疇的人找來，詢問洪承疇的為人有什麼特點？回答說：好色。於是，皇太極挑選了幾位美貌侍女前去誘惑，結果依然碰了壁。最后庄妃看到皇太極為此愁眉不展，便主動提出願意去做勸降工作，就有了下面這個流傳得極為廣泛的故事。
據說，莊妃身穿侍婢丫鬟的服飾，來到囚禁洪承疇的三官廟。當時，洪承疇面對牆壁，一個人坐在那裡默默流淚，對她不理不睬。她告訴洪承疇，不忍看到一個英雄忍受絕食的折磨而痛苦地死去，因此，自己給他帶來了毒藥，使他可以迅速解除痛苦。然後，將被說成是毒藥的人參湯餵到洪承疇嘴裡，並百般勸導。最後，當洪承疇知道這位聰慧美貌的女子，竟然是大清帝國皇帝皇太極的妃子時， 「始叩頭請降」。隨後，皇太極來到洪承疇的囚室，脫下自己穿著的貂皮大衣披到洪承疇身上，徐徐曰：「先生不會冷了吧？」洪承疇瞠目視之良久，嘆曰：「真命世之主也。」遂翻身下跪。
關於這段故事，歷來眾說紛紜。有的人認為，莊妃在三官廟中前後逗留了幾天幾夜，方才說服洪承疇投降；有人則認為莊妃是在一天夜之間解決了問題。
洪承疇降清後，清太宗命隸鑲黃旗漢軍，表面上對他恩禮有加，實際上並未放鬆對他的防範，使其在家，不得任意出入。終皇太極一朝，除諮詢外，也沒有任以官職。