我想從三個方面解釋一下這個問題：
1.朱元璋自身的權威；
2.勛貴武將造反的條件；
3.溫水煮青蛙
（一）朱元璋自身的權威
明太祖朱元璋以一介布衣揭竿而起，從社會底層出發升級打怪，締造了有史以來第一個推翻外族統治的漢民族大一統王朝，絕對是一項驚天動地的偉業。
所以朱元璋威望之高，權力之大，超過史上絕大部分開國君王，具有無與倫比的「合法性」，這是他屠殺功臣的政治資本。
有一個故事能從側面證明這點：至正二十年（1360年），胡大海的大兒子胡三舍違反了朱元璋下的禁酒令，朱元璋很生氣，要把他正法。當時胡大海正在攻打紹興，情況特殊，都事王愷勸朱元璋不要斬殺胡三舍，免得激起胡大海兵變造反。而朱元璋卻執意貫徹命令：「寧可使胡大海叛我，我也要嚴明軍紀。」親自斬殺胡三舍以正軍法。
從這個記錄來看，一方面當然是烘託了明太祖的嚴刑峻法，但是也可以從中感受到朱元璋就是有這樣的底氣。
（二）勛貴武將造反的條件
明朝建國後，朱元璋在洪武七年（1374年）調整了衛所制，分割了戰時指揮權和平時的軍事管理權。同時提拔、更新疊代了嫡系衛所，所以到洪武十三年大規模改制時，大都督府對軍隊的實際控制權已經被大大削弱了。
在制度設計層面，之後大都督府被一分為五，更是讓其一蹶不振，基本上失去了參與決策的權力，逐步演變成統領衛所，執行行政管理命令的機構，只剩下統兵權而沒有調兵權，兵權由朱元璋一手掌握，武將想造反簡直是異想天開，所以勛貴功臣從根本上就不具備造反的條件，他們不敢反也不能反 。
（三）溫水煮青蛙
洪武時期，勛貴功臣集團內部有一個按照與明太祖親疏關係劃分的群體，主要是濠州紅軍、巢湖水軍和渡江後歸附人員三大勢力。
觀察洪武時歷次殺戮勛貴事件可以發現這樣一條脈絡：朱元璋先針對以德慶侯廖永忠為首的巢湖水軍，其次是渡江後來降的歸附人員，後來才是由於太子朱標意外早逝，而對以藍玉為首的軍中實力派勛貴進行血洗。這是有計劃分批次的一系列策劃和實施，並非同時期密集的屠殺清洗。而且開始屠殺巢湖派、渡江派的時候，老一輩勛貴可能會幸災樂禍地內心竊喜，認為明太祖英明神武，親疏有別，直到後來鋒利的刀鋒刺穿虛假的表象，他們看清楚事件的本質而反應過來時，可謂為時已晚，到底是來不及掙扎了，人為刀俎我為魚肉。
從古至今，歷來參與平天下的武將勛貴功臣，在新王朝秩序確立後，無一例外都會面臨如何安全地退出政治舞台的難題。
對於明初勛貴而言，宋朝開國君臣「杯酒釋兵權」的例子還近在眼前，北宋初期重文輕武、以文制武的格局還歷歷在目，殷鑑不遠。其實洪武十三年大都督府一分為五的強烈信號已經明明白白昭示了明太祖準備分割兵權，重文輕武的轉型目的，奈何一幫糙老爺們兒冥頑不靈以致身死滅族，說到底還是吃了不讀書的虧啊。