宗教戰爭是16、17世紀西方世界的主流，所有的天主教徒都恨不得踏平奧斯曼帝國，奪回君士坦丁堡和耶路撒冷；而奧斯曼帝國也順著多瑙河前進，希望把新月旗插在維亞納的城頭；而新教徒、東正教徒和天主教徒又把彼此看作是最可惡的敵人，他們之間戰爭的慘烈程度甚至超過了討伐異教徒。在當時的宗教戰爭中，新教徒可以說是一股「清流」，新教徒的宗旨之一就是儘量給天主教教徒的宗教戰爭拖後腿，甚至和不惜和奧斯曼帝國合作。
第一個敢冒天下之大不韙的人就是新教的祖師爺——馬丁路德，馬丁路德老爺子不光娶了老婆（1519年結婚，氣壞了天主教的單身狗們）、用德語寫了聖經，還公開宣稱奧斯曼人是「誠實可信的」。這不但是馬丁路德生活觀的一部分（他認為自己可以和異教徒一起吃喝睡、騎馬、散步，甚至可以和異教徒結婚），還是他贏得眾多德意志諸侯支持的關鍵。
查理五世繼承了外祖父和祖父的產業，變成了第一個「日不落帝國」的主人，他把德意志的產業統統交給了自己的兄弟費迪南。斐迪南的領地直屬領地包括奧地利、波西米亞和部分匈牙利，掌握著德意志的銀礦資源，他力圖在德意志地區建立最高議會，進行中央集權改革，奧斯曼帝國的入侵就是最好的理由。馬丁路德喊出奧斯曼人也可以當朋友後，眾多德意志諸侯就以為了大局的理由公開抵制費迪南。
而奧斯曼帝國的擴張也極具打擊了天主教會，造成了權力真空，在莫哈赤戰役中16個匈牙利天主教主教陣亡了7個（ 包括兩個大主教，他們是統帥），奧斯曼帝國占領的匈牙利地區天主教各種神職人員減少了百分之六十八。德意志新教陣營能站穩腳跟也和奧斯曼帝國的威脅有關，1532年哈布斯堡家族磨刀霍霍準備向新教諸侯開戰時，奧斯曼帝國的大軍也蠢蠢欲動，迫使查理五世兄弟不得不暫時停手。新教諸侯也通過法國和奧斯曼帝國進行了聯繫，要求和後者統一行動。奧斯曼帝國的蘇萊曼大帝就認為新教徒和穆斯林很類似，都反對教皇、喜歡破壞聖象，他還寫信給新教諸侯，要他們和哈布斯堡家族拚命，別擔心奧斯曼帝國軍隊，因為他保證如果「奧斯曼軍隊進入歐洲，會對新教諸侯進行特赦」。在奧斯曼帝國和法國的幫助下，哈布斯堡家族有148000多人的大軍被牽製得不能動彈。
在奧斯曼帝國的占領區新教徒紛紛進行了擴張，他們和天主教同行競標各種宗教產業，甚至為奧斯曼帝國提供人力支持。在複雜的博弈局面下，新教得到了長足發展，以往天主教占據絕對優勢地位的匈牙利都變成了新教的地盤。如果不是17世紀奧斯曼帝國也正好進入了衰敗期，三十年戰爭的最後贏家是誰還真不好說。
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