所謂的「秘密結社」，是我國民俗社會發展的一個關鍵組織結構，擁有著悠久的歷史傳統，其作用是在高壓的社會網絡中，為無依無靠的個人提供諮詢和幫助。其實，中國歷史上的秘密結社，按照其組織形態和行為方式，可以分為：秘密會黨和秘密教門，兩大系統。
這兩大系統中，前者是用結拜異姓兄弟的方式建立組織，以江湖義氣、幫規家法和其他封建倫理道德觀念來維繫內部團結；後者則是用師徒傳承的方式建立組織，以被曲解、改造的儒、釋、道三教教義、學說作為維繫內部團結的工具。
據研究，清朝晚期北方地區活躍的所謂的「義和拳」組織只是我國民間「秘密結社」的一個支系。他們大多數歸屬於白蓮教系統，其政治起因，多是不滿於滿洲的「異族」執政，因此，這些組織結構在清朝早期，從事「反清復明」的政治活動，大部分都是民間力量。
來到清代中後期，民族意識在長時期的消磨中慢慢缺失，由白蓮教系統演變出來的所謂的「義和拳」組織，事實上，已演變成以強體健身、自衛身家為服務宗旨的民俗傳統武術娛樂團隊，他們的政治需求，通常來說非常的簡單實際，因為，他們不再以滿洲人為抗爭目標。
鴉片戰爭後，大批傳教士隨戰艦湧進國內，他們在向中國傳送西方國家近現代文明的同時，也因為對我國國情欠缺掌握，而在無形中支持或者利用了某些無良中國人。初期，教民中有很多虔敬的中國人真心實意向教，但同樣初期的教民中也有一些黑心之人乃至地頭蛇蠻橫無理。
這種黑心之人運用傳教士作為背景，欺行霸市，為非作歹，橫行鄉里，激化了我國民俗社會發展的中西方文化矛盾，西方國家赴華的傳教士無故替這些黑心教民承擔了責任。久而久之，民俗力量與「新異族」教士的分歧持續加重，他們慢慢將教士作為關鍵的抗爭目標和圍攻對象。
因此，民間「秘密結社」就變成清朝晚期中國抵禦外地人入侵，尤其是參與抵制國外教士抗爭的中堅力量。在甲午戰前，我國民間秘密結社反洋教的抗爭儘管層出不窮，但是，從總體上看，這類抗爭既沒有產生規模，也沒有多少政治深度，更多的只是全國各地因一些惡性事件而產生的抵制傳教士、抵制教民不法行為的「教案」而已。
甲午戰爭後則不然，帝國主義瓜分我國步伐的加速，中華民族的危機日漸加重，並且，隨著很多國外洋貨的輸入，近現代新型工業生產的盛行，民間組織存活情況以及生存環境，都產生了較大的轉變。這種情況，相較於戰前並沒有明顯改善，只是在逐漸惡化。中國人特別是鄉村老百姓，在將這種狀況歸罪於清廷軟弱無能的同時，他們更直接的感受就是：這些倚重洋槍洋炮而作威作福的洋教士們及其他們手下的這些教民們，基本上沒什麼好東西。
所以，他們的惱怒毫無例外地指向了這些洋教士和教民。就傳教士自身來講，他們原本是擔負起傳播「福利」的使命趕到我國。傳統意義上來講，在甲午戰前，除個別傳教士抱有一些政治野心，不安於傳教而熱衷於政治活動之外，大部分教士還是在我國眾多地域特別是在鄉村地域，尤其是在偏僻的鄉村地域，做了很多有益的公益慈善、文化教育普及等工作。殊不知到甲午戰爭之後，帝國主義瓜分我國的步伐的加速，在我國土地上的國外教士也產生了一些分裂。
這其中，一部分傳教士不再安心於本職工作，開始直接或間接為其國家主權服務，違反了其為造物主散播「福利」的最初的服務宗旨。比如：德國天主教會的聖言會，在山東省的主教安治泰，他始終要求德國政府為教會權益提供積極且強有力的支持，因此，當「巨野教案」發生後，他馬上向德國外交部提議：應當運用這一大好機會，出其不意占有膠州灣，並將此變成德國在遠東的一個關鍵產業基地。
這類具備顯著政治色彩的言行，顯而易見不符傳教士的性格角色，不符合傳教士赴華的原心原意。他們要以宗教信仰從事政治活動，這自然造成了大量中國人的牴觸。
可以說，像安治泰那樣的教士，在那個時候儘管並不具備普遍意義，但是，也為數不少。諸如：法國教士樊國梁、美國教士丁韙良、李佳白等，他們儘管在近代中國社會的轉型過程中起過非常關鍵的作用，但是，隨著中央政府與歐美國家，特別是在與他們自身的國家產生某類矛盾或外交關係緊張時，他們都是在某種意義上背叛了原有的宗教信仰，而屈從於更實際的政冶，都曾向其原國竭力鼓吹瓜分中國，要求其政府部門動手創建自己的侵略基地。
在某種意義上可以說，甲午戰爭之，後帝國主義在我國角逐租界地盤、搶占勢力範圍，妄圖根據戰鬥力或非戰鬥力的方式瓜分我國的詭計，始終有教士在其間起著重要的作用。像：樊國梁、丁韙良、李佳白這些教士在我國很多年，精通我國國情和日常事務。如果，不是他們的國家主義與煽動行為，甲午戰爭之後，帝國主義瓜分我國的陰謀與行動也許不會那麼嚴重。
更是在這樣一種背景下，中國人民抵制傳教士和國外教會的抗爭，在甲午戰爭後便進入到了一個新的歷史環節，抵制教會與傳教士的抗爭，便自然地與抵制帝國主義瓜分我國的抗爭，緊密的聯繫了起來。
二戰結束之後，就中國各地遭到國外入侵、蹂躪的水平而言，山東省的狀況好像更嚴重。德國於1897年強制攻占膠州灣後，便開始把山東省視作自身的國土在發展，把民眾視作自身的殖民，他們在山東地區大張旗鼓修建鐵路線，採掘礦山開採，強占民田民房，毀壞水路墳塋，給山東省的老百姓，特別是公路沿線的住戶，帶來了沉重災禍。
尤其是依照中德雙方達成的修建鐵路的有關協議，明文規定：占有本地住戶的農田，應當給予相應的賠償和優惠待遇。但是，事實上這種被占農田的農戶，根本沒有賠償，或者獲得的賠償很少，這必然造成被占農田的農戶的強烈不滿，從而，引起了一連串的突發事件。依照中德彼此承諾，如果，產生這種突發事件，應由中國地方官衙從重懲辦，並沒有德國出兵的明文。
殊不知，因為中央政府特別是當地政府行政效率太過於低下，當這種突發事件爆發後，當地政府往往思維遲鈍，乃至有放任民間組織向德國殖民政府鬧事之嫌。所以，長此以往，德國殖民政府就不顧及中德彼此先前達成的和解事宜。所以，如果某省產生動亂，殖民當局往往避開我國當地政府，快速出兵立即鎮壓。
結果就是：儘管將這種以反對侵吞自身農田為主要宗旨的動亂鎮壓下來了，但是，毫無疑問則激發了山東省民眾對德國人極端霸道行為的牴觸。
為了平復民怨，參與解決這種糾紛的山東省地方官吏，曾向清政府明確提出過一些提議，期待由政府部門出面協調與德國殖民政府的關係，遵守原條規中的承諾，但凡租借地外產生的糾紛案件，仍歸中國地方政府解決，以防各方爭吵不休而起爭端。殊不知，這樣的提議卻不被清王朝所重視，也不被德國人所接納，結果，分歧愈來愈深，部分鬥爭就演變成規模性軍事抵抗。
其實，侵吞瓜分山東省的不僅僅德國，別的國家也嘗試在山東省創建自身的勢力範圍。甲午戰爭之後，威海衛被日本軍隊侵占達三年之久，以後又被英國強制租借。英國還強制圈占文登、榮城等縣，迫使農戶交糧完稅。山東省在淪為德、英、日等國殖民地後，社會經濟發展遭到了破壞，南北方大運河的交通運輸業，也因國外資產的壟斷而大幅度沒落。
以往憑著大運河之利，足以維持生計的船夫、挑夫、裝卸工等，在高效率低成本運載工具和運送手段的衝擊下，大批下崗，到處漂泊。
當然，人禍以外還有自然災害，廣東地區自1895年起不知為何自然災害頻繁，大河年年決口，受災面積達50州縣。1899年，黃河流域又碰到歷史上少見的旱災，山東省地區饑荒比較嚴重，災荒滿地，流民遍野，大量的人民流離失所，社會發展動盪。處於挨餓、死亡線上的人們更容易被影響、被煽動。正是在這樣的情況下，「秘密結社」義旗一張，便馬上獲得了眾多鄉村群眾得大力支持，並最後演變成盛況空前的人群騷動。
騷動的主體就是這些民間秘密結社，他們在底層社會錯綜複雜世代相沿，有著極大的陣營和複雜關係網絡。他們的活動出現了波動，直接體現出政治統治的治亂情況。通常情況下，在政治統治比較鞏固的時期，這種民間「秘密結社」的活動較為低迷；相反，當外患比較嚴重或統治較為混亂時，民間「秘密結社」就較為活躍。
綜合各種參考文獻的記述：1895—1899年裡在華北地區的秘密結社至少存有武聖教（金丹道支派）、如意教（儒門教）、大刀會、紅拳、義和拳、訣字、紅門、彌勒教、梅花拳、鐵布衫、金鐘罩、紅燈照、八卦教、離卦教、黃洋教、在理教、混元門、六合拳、聖賢道、一炷香、白蓮教、江湖會、仁義會、紅槍會、天地會、哥老會等。
假如，從人員構成展開分析的話，這種「教派結社」的主體，主要是游離在傳統的農牧業社會經濟結構以外的社會發展成分，如：和尚、道士、拳師、術士、游勇、流民、民間藝人（如耍猴的、架鷹的、耍武把式的）等。他們浪跡江湖，博學多才；行跡詭秘，飄忽無常；身無所有，敢於抵抗。因此，在社會動盪期，他們往往充當抵抗官衙活動的急先鋒或組織者角色。
至於這說到的「義和拳」，其來源複雜，演化坎坷。
1899年，曾任吳橋縣令的勞乃宣，根據有清一代相關白蓮教的上諭、奏疏等有關材料，所著《義和拳教門源流考》，評定：義和拳乃是十九世紀初，信奉太平盛世說的白蓮教的一個關鍵教派。勞氏這一觀點影響挺大，很多學術研究就採納了這一觀點，評定：義和拳的起源與這一以反朝廷為中心思想的民間秘密組織相關。
但是，之後的一些學術研究好像並不完全認可這一觀點，他們認為：
義和拳來源於一種由官方倡導和組織的，以勤王為目的的民團機構，即：擔負著村落防禦作用的民團；或認為大刀會和神拳會在華北地區的動亂中飾演著重要的角色，但是，直魯邊界地區的義和拳，是此次群眾運動的關鍵來源；或認為義和拳的盛行和散播，主要是因為魯西地域獨特的文化環境，最具核心作用的是其代表性的儀式，即：民間藝人中那些耍武把式的人所表現出的「刀槍不入」和「降神附身」。可以說，這類儀式便於接納，又與其自身來源於華北地區鄉村的文化藝術和風俗人情密切相關。
綜合每家的研究能夠看出，之後的義和團成份非常複雜，其機構組成，並不僅僅以白蓮教為主導，而是以金鐘罩（大刀會）、義和拳（梅花拳）、神拳、紅拳等為核心。這種拳會在十八世紀末就已經變成了秘密教門的羽翼。至1899年華北地區動亂初起，以劉士端為先的大刀會或稱金鐘罩及紅拳會，已與坎卦教、離卦教混合；趙三多為先的梅花拳更名為義和拳，後又改叫為「神助義和拳」，也與教門緊密結合；以朱紅燈為先的神拳亦以離卦教為依託，顯而易見，他們也具備教派特點。
他們並不是通常的拳會，實系所屬或融合以八卦教為主體而區分於文武場的「拳教」機構。這種拳教機構，因此通過揭帖、壇諭、傳聞等方法，傳揚民俗宗教信仰的所謂「劫變」意識，聲稱：義和拳是順應天時，解救劫難，有菩薩保護的團隊。以此，作為動員群眾、組織民眾、擴張影響的工具和手段。他們在習拳練功外，兼習法力，舉辦各種荒誕的宗教儀式，渲染各種刀槍不入的非凡的超自然本領。
雖然，這種方式在吸引民眾、鼓舞士氣、提升戰鬥能力等層面起到了重要的作用。但是，其非理性色彩，自然很容易遭受具備一定文化素養的知識分子的質疑，因此他們除了可以忽悠鄉村眾多農戶外，很少可以得到知識分子的認可。
作為眾多鄉村中下層民眾的自發性抗爭，義和拳、大刀會等民俗秘密結社，不太可能產生明確的政治需求和政治理想。他們往往堅決反對國外教會，除洋教士和教民的不法行為激怒了他們外，就信念方面而言，顯而易見的是：西方國家天主教的意識與中華傳統宗教的意識之間的矛盾，是當地文化應對外地強勢文化的壓迫，而採用的一種非理性的政治動員和政治鬥爭。他們頂多不過是我國民俗自發性地「反西方國家文學思潮與勢力」而已。
他們要想產生真正意義上的「反西方國家思潮」與勢力，就務必與官方緊密結合，不然，其本質還是不能影響到大局意識。
而官方反西方國家的思潮，在戊戌新政完畢後也在萌芽，戊戌年的政治變化，特別是慈禧再次出園訓政，大清王朝政治理念的確踏入了一個「變法維新的反動時期」，凡新政中明確提出或推行的措施，基本上一律廢止。而新政的基本價值觀，趨於學習西方國家，因此，這一政治上的反動，便在價值觀念上毫無疑問的激勵、放任了各式各樣的反西方國家勢力的產生，也啟迪了中國莫名其妙的民族主義情緒的產生。
明顯的排外觀念，是戊戌後各界人士的基本共識，那時候，朝野好像一致厭煩西方國家，抵制西方國家，最上者如慈禧。她儘管是近代中國中較早了解西方國家近現代發展趨勢的領導人，但是，在戊戌變法後，出自於權益的考慮，也使她對西方國家的觀點有所改變。她搞不懂自己如此固執地勸導中國人學習西方，而西方國家為何還是與她過不去？大清王朝已宣稱：戊戌年間的政治變化，主要是因為康有為、梁啓超幾人的犯上作亂，而西方諸國根本不相信大清王朝的再三宣稱，反倒是輕信康、梁的妖言，鼓勵、支持康、梁等人肆意攻擊污衊我天朝上國。
所以，慈禧不管怎樣，都不能理解西方國家發展的價值觀念，這是她在戊戌變法後，一下變為了西方文明的反對者的直接原因之一。
慈禧的轉變影響了朝中重臣和傳統士紳，以前參加過新政的這些重臣，已在政變後受到了相應處分，而新任重臣原本也不滿意於戊戌年間的政治改革，或者是因為慈禧心態的轉變，繼而，對西方文明較為牴觸。他們以往也許一度敬仰並讚揚過西方文明，但是，他們實在搞不懂西方國家為何總是欺壓這個中國學生，總是跟中國過不去。他們覺得：西方人以及西方國家往往支持中國的政治轉型，可能與他們的整體「陰謀」相關。
所謂的這個「陰謀」，便是：避免與我國真的強勁，阻攔中國經濟發展，甚至，最後完全弄垮中國，從而，將中國淪為他們的殖民地。
基於這樣一種很繁雜的心態，當某些朝中重臣發現義和拳也具備反西方國家的傾向時，自然看起來就很親近，一改大清王朝對民間「秘密結社」素來鎮壓的嚴苛姿勢，採用容忍或視而不見，聽任這種「秘密結社」做大做強。對於官方反西方國家的這種趨勢，「秘密結社」從本身的處境中很容易感受出來。
懂得感恩是我們中國人的傳統，因此，在清廷的默認下，慢慢做大的「秘密結社」便投桃報李，適度明確的提出了「扶清滅洋」的政治標語。庚子前，我國的兩股反西方國家的勢力總算走到一塊兒了，義和拳、大刀會及一些神拳機構迅速被「運動」到後來的「義和團」中去了。