目前，社會發展程度不夠，魚病診測儀器和魚病診斷機構不能象人病藥店或醫院那樣普遍存在於社會各個地方，尚難於做到通過檢測患病魚體的各項生理指標而對魚類疾病進行診斷，大多只能通過病魚的可見症狀的一些異常表狀作出確診。
大致可以根據以下五個原則進行魚疾病的診斷：
1判斷是否由於病原體引起的疾病的原則
有些魚類出現不正常的現象，並非是由於傳染性或者寄生性病原體引起的，可能是由於水體中溶氧量低導致的魚體缺氧，各種有毒物質導致的魚體中毒等。
這些非病原體導致的魚體不正常或者死亡現象，通常都具有明顯不同的症狀：
(1)因為在同一水體的魚類受到來自環境的應激性刺激是大致相同的，魚體對相同應激性因子的反應也是相同的，因此，魚體表現出的症狀比較相似，疾病病理髮展進程也比較一致。
(2)某些有毒物質引起魚類的慢性中毒外，非病原體引起的魚類疾病，往往會在短時間內出現大批魚類失常甚至死亡。
(3)查明患疾病原因後，立即採取適當措施，症狀可能很快消除，通常都不需要進行長時間治療。
因為各種病原體的繁殖和生長均需要適宜的溫度，水溫的變化與季節有關。所以，魚類疾病的發生大多具有明顯的季節性。
適宜於低溫條件下繁殖與生長的疾病原體引起的疾病大多發生在冬季，而適宜於較高水溫的疾病原體引起的疾病大多發生在夏季。
3 依據患病魚體的外部症狀和遊動狀況的原則
雖然多種傳染性疾病均可以導致魚類出現相似的外部症狀，但是，不同疾病的症狀也具有不同之處，而且患有不同疾病的魚類也可能表現出特有的游泳狀態(泳姿)。
如鰓部患病的魚類一般均會出現缺氧浮頭的現象，而當魚體上有寄生蟲寄生時，就會出現魚體擠擦和時而狂游的現象。
4依據魚類的種類和發育階段的原則
因為各種病原體對所寄生的對象具有選擇性，而處於不同發育階段的各種魚類由於其生長環境、形態特徵和體內化學物質的組成等均有所不同，對不同疾病原體的感受性也不一樣
所以，鯽或者鯉的有些常見疾病，就大多不會在冷水魚中發生，有些疾病在幼魚中容易發生，而在成魚階段就不會出現了。
5依據疾病發生的地區特徵的原則
由於不同地區的水源、地理環境、氣候條件以及微生態環境均有所不同，導致不同地區的病原區系也有所不同。
對於某一地區特定的飼養條件而言，經常流行的疾疾病種類並不多，甚至只有1~2種，如果是當地從未發現過的疾病，患病魚也不是從外地引進的話，一般都可以不加以考慮地區特徵，是否是新的病種而需要更深入地從更深層次的角度去探究魚病的病原病因。
6原發性和繼發性疾病的確診
根據對魚體檢查的結果，結合各種疾病發生的基本規律，就基本上可以明確疾病發生原因而作出準確診斷了。
需要注意的是，當從魚體上同時檢查出兩種或者兩種以上的病原體時，如果兩種病原體是同時感染的，即稱為併發症。
若是先後感染的兩種病原體，則將先感染的稱為原發性疾病，後感染的稱為繼發性疾病。
對於併發症的治療應該同時進行，或者選用對兩種病原體都有效的藥物進行治療。由於繼發性疾病大多是原發性疾病造成魚體損傷後發生的，對於這種狀況，應該找到主次矛盾後，依次進行治療。
魚病診斷工作的重要環節：正確採集病魚樣品的注意事項
在現實中，很多養殖戶沒有必要的儀器設備(比如顯微鏡)，遇到魚兒發病時，除了因外觀症狀明顯或者已有經驗者能夠或者可以初步判別病種外，但很多時候需要作進一步分析鑑別才能對症施治，這裡就涉及到需要將病魚送到魚藥店或者魚病研治機構去診斷，病魚樣品採集便成了魚病診斷工作中的一個重要環節，採樣時間、樣品有無代表性，樣品的處理、保存、運送是否合適與及時，都與檢驗結果的準確性、可靠性有很大關係。
要做到正確採集病魚樣品，須至少做到以下四點：
1.要挑選活魚或將要死的魚
由於在魚的死亡下，寄生蟲也很快隨著死去，寄生蟲死後往往改變形狀或崩解腐爛。活的或剛死的魚，症狀明顯，但死亡過久的魚，由於腐敗分解，病灶部位也會模糊不清，原來所表現的症狀已無法分辨。
路途較近，可用濕布或塑料布將魚包著，保持魚體表的濕潤。
路途遠的，送檢時應該把病魚放在裝有水的容器(如塑料袋)里，最好用原池水。但是，患病的魚往往體質較弱，在較遠的送檢途中很容易死亡，可在有水的容器中(如氧氣袋)倒入少量增氧劑，如充純氧或雙氧水，可延長病魚的存活時間，但這種方法不適合由於水質原因引起的魚病。
2.送檢的病魚樣品必須具有代表性
3.送檢的病魚要有一定的數量
一般每天死亡量小的魚塘（如每天10尾以下），送檢的病魚可以2-5尾左右，每天死亡量大的（如每天20尾以上），送檢的病魚最好10尾左右，防止出現以偏概全的情況，影響對魚病的正確診斷。
4.水樣
很多魚病的發生和水質的好壞有很大的關係，比如出血病、車輪蟲病等，並且很多魚病本身就是由水質因素直接引起的。所以，送檢時除了病魚樣品外，最好用原池水洗凈的礦泉水瓶，裝上一些池水，以便漁醫人員對水質狀況進行參考。
魚病的送檢是不得已而為之的辦法，在治療實踐中，現場診斷的效果遠好於病魚送檢的效果，所以如果條件允許，還是儘量請技術人員到現場進行診斷為宜。