黎東方在《細說元朝》中稱「元朝在史學方面的成績，以馬端臨的《文獻通考》為開端，以脫脫所主編的宋遼金三史為收尾。這四部書都是不朽之作。」然而這三部正史的修纂其實已經是元末的事情，《宋史》《遼史》《金史》直到元順帝至正三年方開局修纂，此時距宋朝滅亡已有64年，距金朝滅亡則為110年，而距遼朝滅亡則已長達220年。為什麼拖了這麼久才開始修前朝正史？這與當時的「德運」之爭有很大關係。
其實修史之事早在元初就已提出，宋端平元年即公元1234年，這一年元朝滅了金朝，當時劉秉忠就向元世祖上書，其稱：「新君即位，頒歷改元。今京府州郡置更漏，使民知時。國滅史存，古之常道，宜撰修《金史》，令一代君臣事業不墜於後世，甚有勵也。」（《元史·劉秉忠傳》）
脫脫纂《金史》一百卷三十五卷清同治十三年江蘇書局刻本，書牌
而到了元中統二年，王鶚也奏請詔修遼、金二史，他在上奏時提議右丞相監修國史，耶律鑄監修《遼史》，王文統監修《金史》。但那個時代正處於戰爭時期，忽必烈對此興趣不大。到了至元元年，王鶚再次提議詔修遼、金二史。王惲在《中台事記下》中引用了王鶚的所言：「自古國亡而史不亡，唐取《隋史》焉，宋取《五代》亦然。金不為遼作史，至今天下有餘恨。我國家以神武定四方，皆太祖聖武皇帝廟謨雄斷所致，若不乘時紀錄，以詔萬世，切恐歲久漸至遺亡。」王鄂諫言：「自古帝王得失興廢，班班可考者，以有史在。我國家以威武定四方，天戈所臨，罔不臣屬，皆太祖廟謨雄斷所致。若不乘時記錄，竊恐歲久漸至遺忘。金實錄尚存，善政頗多；遼史散逸，尤為未備。寧可亡人之國，不可亡人之史。若史館不立，後世亦不知有今日。」（《元朝名臣事略·內翰王文康公》）
王鶚提出長期拖延下去，會使很多史料消亡，修史就變得更加困難。然此事仍未能施行，至元十三年，元人正式滅宋，董文炳進入臨安城，他所做的第一件事就是搜集宋人的圖書資料，董文炳稱：「國可滅，史不可沒。宋十六主，有天下三百餘年，其太史所記具在史館，宜悉收以備典禮」（《元史·董文炳傳》）
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為此，他得到了五千多冊相關史料。忽必烈下令詔修宋、遼、金三史：「自我世祖皇帝立國史院，嘗命承旨百一王公修遼、金二史矣。宋亡，又命詞臣通修宋、遼、金三史矣。」（楊維楨《正統辯》）
雖然有了皇帝的諭旨，但這件事並未得到開展，之後歷經數代也未見有進展，其中之原因乃是正統之爭。虞集在《送墨莊劉叔熙遠遊序》中提及此事：
至仁宗時，屢嘗以為言。是時，予方在奉常，嘗因會議廷中，而言諸朝日：「三史文書闕略，遼、金為甚。故老且盡，後之賢者，見聞亦且不及。不於今時為之，恐無以稱上意。」典領大官是其言，而亦有所未建也。天曆、至順之間屢詔史館趣為之。而予別領書局，未奏，故未及承命。間與同列議三史之不得成，蓋互以分合論正統，莫克有定。
所謂「德運」始自戰國時人鄒衍所說的「五德終始說」，這種觀念演變成西漢以來儒家所倡導的「五德運行為帝王受命之符」的觀念。金章宗醉心於漢化，關於金國尚何色問題展開了大的爭論，為此舉行了三次大型集會討論。羅繼祖在《遼史》概述一文中講到這種集會討論產生了四種不同的說法：
一派主張尚白，不必去附會「德運」；一派主張繼唐為金德，尚白；一派主張繼遼為木德，尚青；一派主張繼宋為土德，尚黃。章宗本人不同意繼唐，又不屑於繼遼，終於同意繼宋，認為「皇朝滅宋俘其二主，火行已絕……趙構假息江表，與晉室司馬睿何異」（《金文最》卷五，《集議德運省劄》引《章宗敕旨》)，於是一天雲霧才消散了。由於章宗有不屑繼遼的意思，無形中便將修遼史的工作也放鬆了。
脫脫纂《遼史》一百十六卷 明萬曆三十四年北鑒本，進遼史表1
可見正統論之爭始於金朝，然而這件事卻延續到了元朝修史之時，羅繼祖在文中寫道：「但也碰到一個難題，就是同時修宋遼金三史應該採取什麼體例，這仍然是金代『德運』問題爭論的繼續。元人有不少討論這個問題的文章，約分兩派，一派主張仿《晉書》體例，宋遼金合纂一史，將遼金列入載記，一派主張仿《南北史》體例，宋史外，再分纂遼金為北史，南宋為南史。遼金列入載記，如果在漢族統治朝代，無疑問這種體例是會被採納的，在元朝便行不通，因為元和遼金同樣是以少數民族入主中原，將遼金比之於晉時的『五胡』，那麼將何以自處呢？後來採納了三史分修的主張，才算把問題解決了。」
而將宋、遼、金三史分修的主張就是由脫脫提出的。權衡在《庚申外史》中稱：「先是諸儒議論三國正統久未決，至是脫脫揚斷曰：三國各與正統，各系其年號，議者雖息，然君子終以為非。」對於脫脫的這種決斷，任崇岳在《論元末政治家脫脫》一文中誇讚說：「儘管脫脫此舉受到了揚維幀等人的責難和攻訐，但在今天看來，這正是他隻眼獨具，高人一籌的地方。因為三史中誰為正統，與今人無干，我們需要的是史料，從這個角度上說，三史均為正史，使得大量史料得以保存流傳至今。若以其中一史為主，其它二史附於後，內容必然要遭到刪削，現存的《遼史》尚有『太簡略』之誚，倘再加刪芟，其闕略疏漏豈不更甚？」而內藤湖南著，馬彪譯的《中國史學史》中也談到了脫脫為解決這種爭論而作出的貢獻：
最初對於撰寫三史，在元初就已策劃，元世祖時著手編修。關於編修是有種種議論的，出於正統論思想，出現了應該立為三史還是一史的問題。在元初，正當金朝雖已亡，但宋朝尚未亡之時，有個名叫修端的人撰著了一篇關於三國的正統論載於《元文類》（卷四十五)。對於是否應該立遼、金史的問題，修端提出當立的觀點，對此他認為可以將遼、金立為「北史」，對於宋朝則立北宋為「宋史」，將南宋另立為「南宋史」。圍繞正統的議論在當時看來是有著各種觀點的，但是最終宋、遼、金各史獨立成書，正統論沒能成為氣候。
脫脫纂《遼史》一百十六卷 明萬曆三十四年北鑒本，進遼史表2
脫脫的主張解決了爭論已久的正統問題，由是修三史之事得以能夠進行。而給順帝直接提出新的建議者，則是巙巙，他當時任翰林院學士承旨知經筵事，他向順帝講解《資治通鑑》時提議：「國家當及斯時，修遼、金、宋三史，歲久恐致闕逸。」《元史·巙巙傳》中又稱：「後置局纂修，實由巙巙發其端。」
對於巙巙在修三史上所起的作用，陳芳明在《宋、遼、金史的纂修與正統之爭》中稱：「順帝同意他的建議，後來之所以置局纂修，巙巙的功勞可謂至巨，否則直到元亡，恐怕依舊因循拖延，使三史不能問世。」於是順帝在至正三年四月下詔修遼、金、宋三史，此事載於《元史·脫脫傳》：「三年，詔修遼、金、宋三史，命脫脫為都總裁官。」由此可知，脫脫為此三史修纂的總負責人。
脫脫出身於蒙古貴族，邱樹森在《脫脫和遼、金、宋三史》一文中簡述道：「脫脫（1314一1355)，字大用，蒙古蔑兒乞部人。曾祖父稱海死於攻宋戰爭；祖父謹只兒總宿衛隆福太后（元世祖忽必烈子答剌麻八剌之妃）宮；伯父伯顏於元順帝妥歡貼睦爾即位後，任中書右丞相，獨秉國政達八年之久；父馬扎兒台，仁宗以來即居要職，伯顏罷相後出任中書右丞相。顯然，脫脫出身在一個地位極其顯赫的蒙古貴族家庭里。」
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脫脫的伯父、父親及其本人都在元朝當過右丞相，可見其家族是何等之顯赫。脫脫的伯父伯顏在元朝勢力極大，《元史·伯顏傳》中有這樣的記載：「十一月，進封秦王。繼領太禧宗禋院、中政院、宣政院、隆祥使司、宮相諸內府，總領蒙古、欽察、斡羅思諸衛親軍都指揮使。三年六月，唐其勢及其弟塔剌海私蓄異志，謀危社稷，伯顏奉詔誅之。餘黨稱兵，又親率師往上都，擊破其眾。七月，伯顏鳩殺皇后伯牙吾氏，為匿唐其勢、塔剌海於後宮。伯顏怒曰：『豈有兄弟謀不軌而姊妹黨之者乎！』遂鳩之。詔諭天下，用國初故事，賜伯顏以答剌罕之號，俾世襲之。 」
伯顏在平定叛亂時，竟敢能獨自決斷毒殺皇后，後來他把持朝政，把自己的侄子脫脫安排在皇帝身邊，以便監視皇帝的一舉一動。《伯顏傳》中稱：「然伯顏自誅唐其勢之後，獨秉國鈞，專權自恣，變亂祖宗成憲，虐害天下，漸有奸謀。帝患之。初，伯顏欲以其侄脫脫宿衛，伺帝起居，懼涉物議，乃以樞密知院汪家奴、翰林承旨沙剌班同侍禁近，實屬意脫脫。故脫脫政令日修而衛士拱聽約束。伯顏自領諸衛精兵，以燕者不花為屏蔽，導從之盛，填溢街衢。而帝側儀衛反落落如晨星。勢焰薰灼，天下之人惟知有伯顏而已。脫脫深憂之，乘間自陳忘家徇國之意，帝猶未之信。遣阿魯、世傑班日以忠義與之往復論難，益知其心無他，遂聞於帝，帝始無疑。」
脫脫纂《宋史》四百九十六卷存卷九十一 元至正六年江浙等處行中書省刻本
雖然脫脫是伯顏的內應，但他開始擔憂伯父如此氣焰囂張，早晚有一天會連累家族遭殺身之禍。他曾跟父親馬扎兒台說到了自己的憂慮：「伯父驕縱已甚，萬一天子震怒，則吾族赤矣。曷若於未敗圖之。」但父親對這件事猶豫不決，而後脫脫向吳直方道出自己的苦悶，吳勸他要敢於大義滅親，以此讓脫脫下定決心要驅逐伯父。而後他逐漸接近順帝，經過幾次的試探，終於取得了順帝對他的信任，於是經過一系列密謀，他們找到機會撤消了伯顏的丞相之職而後流放他地，《元史·伯顏傳》寫道：
中夜二鼓，遣太子怯薛月可察兒率三十騎抵太子營，取之入城，夜半見帝。四鼓，命只兒瓦歹奉詔往柳林，出伯顏為河南行省左丞相。己亥，伯顏遣人來城下問故。脫脫倨城門上宣言，有旨黜丞相一人，諸從官無罪，可各還本衛。伯顏奏乞陛辭，不許，遂行。道出真定，父老奉觴酒以進。伯顏問曰：「爾曾見子殺父事耶?」父老曰：「不曾見子殺父，惟見臣殺君。」伯顏俯首有慚色。三月辛未，詔徙南恩州陽春縣安置，病死於龍興路驛舍。
伯顏被逐後，脫脫的父親馬扎兒台得以繼任右丞相。幾年後，馬扎兒台趁身體有病提出辭職，皇帝幾次挽留，其仍要辭職，於是皇帝就任命脫脫繼任右丞相。《元史·馬扎兒台傳》中寫道：「未幾，以疾辭，帝優詔起之。其請益堅，遂以太師就第。明年，以其子脫脫為右丞相，而封馬扎兒台為忠王。至正七年，別兒怯不花讒於帝，詔安置甘肅，以疾薨，年六十三。」
脫脫纂《宋史》四百九十六卷附考證存卷51-63 清同治八年嶺南苑古堂刻本
元順帝對伯顏家如此之信任，確實很奇特。但脫脫確實為不凡之人，《元史·脫脫傳》中寫道：「脫脫字大用，生而岐嶷，異於常兒。及就學，請於其師浦江吳直方曰：『使脫脫終日危坐讀書，不若日記古人嘉言善行服之終身耳。』稍長，臂力過人，能挽弓一石。年十五，為皇太子怯憐口怯薛官。天曆元年，襲授成制提舉司達魯花赤。二年，入覲，文宗見之悅，曰：『此子後必可大用。』 遷內宰司丞，兼前職。五月，命為府正司丞。至順二年，授虎符、忠翊侍衛親軍都指揮使。元統二年，同知宣政院事，兼前職。五月，遷中政使。六月，遷同知樞密院事。」
脫脫能文能武聰明過人，所以他才設計除掉了伯父伯顏，而他當任右丞相時，天下為之大變：「至正元年，遂命脫脫為中書右丞相、錄軍國重事，詔天下。脫脫乃悉更伯顏舊政，復科舉取士法，復行太廟四時祭，雪郯王徹徹禿之冤，召還宣讓、威順二王，使居舊藩，以阿魯圖正親王之位，開馬禁，減鹽額，蠲負逋，又開經筵，遴選儒臣以勸講，而脫脫實領經筵事。中外翕然稱為賢相。」
石牌坊
他的所為被人稱為賢相，可見在治理國家方面，脫脫也有超人之處。宋、遼、金三史能夠修成也跟他有直接的關係，然而權衡在《庚申外史》中所載的一段話卻對脫脫的為人有貶斥之語：
至正四年春，政陽玄、揭傒斯等修遼、金、宋三國史告成，禮部引國史合院官，稟右丞相脫脫奏聞，脫脫搖首曰：「此秀才事，我弗知。」三稟三卻，眾皆患之。或曰：「丞相好美名，今此史具列某某修，丞相見其名不列，宜其慍也。」盍稟之曰：「自古前代史書，雖以史官秉筆，而總裁則必歸一人，如《唐書》則歐陽修總裁，《資治通鑑》則司馬光總裁，今遼、金、宋三國史，屢蒙丞相奏用之力，某等謹以書丞相為總裁官，丞相幸始終成之，以為一代之盛典，豈不可乎！」於是脫脫大喜，即命掾史具進史儀禮，鼓吹導從，前後輝光，自史館進至宣文閣，帝具禮服接之。觀者以為近代無之。
這段話稱至正四年三史修纂完畢，而後呈現給脫脫請他向皇帝奏報，但脫脫卻再三推辭，後來終於有明白人點明了脫脫推辭的原因：因為這三史的署名不是脫脫，有人建議前代的一些正史都是多人修纂而署一人之名，故此三史也當署丞相之名。脫脫聞言大喜，於是將此三史進獻給皇帝。
有文化的街名
權衡的所言顯然有問題，如前所引，《元史》中明確地寫明，在至正三年皇帝下詔修三史時就已經任命脫脫為都總裁官，所以至正四年修完之後出現的署名權問題不可能有。《金史》和《宋史》修成之時，當時脫脫已經辭去右丞相之職，故而權衡在文中如此描寫脫脫爭名之事，顯然不存在。
但是，權衡在《庚申外史》中又說了這樣一段話：「議修三史，丞相脫脫意欲成之，而所費浩大，錢糧經數不足，頗以為憂。掾史行文書，丞相三卻之。掾史遂與國史典籍謀之曰：『丞相非不喜，蓋因錢糧無可措畫。然此亦易耳，江南三省南宋田頗有貢士莊錢糧者，各路樁寄，倉庫盈積，有司亦嘗借用之，此項錢糧以為修史費，孰曰不然？』掾史即日引見丞相，丞相聞其說甚喜，於是奏臣使儒臣歐陽玄、揭傒斯等於國史院修撰遼、金、宋三史。」
修纂三史顯然需要一大筆資金，而元末時期朝廷的財政十分緊張，做為丞相的脫脫很發愁籌措資金之事，後來掾史和國史典籍提出了妙招：用江南三省原南宋官田中屬於貢士莊的錢糧來做為修史費用。這個建議受到了脫脫的首肯，由此才使得修纂三史有了資金保證。然脫脫身為丞相，他主要起到領導作用，並未參加編史之事，內藤湖南在專著中稱：「擔任以上三史編纂總裁的本來是脫脫，成書時上表的人又是阿魯圖，而真正的編纂總裁是元代學者、文章家歐陽玄，另外還有其他一些學者參加了共同撰著。」脫脫雖然沒有參加具體的修史事務，但如果不是他的籌措，此事不可能完成，而這正是脫脫對三史修纂所起到的重要作用。
忠孝街
對於這三部史書的質量，後世有不同的評價，趙翼在《廿二史劄記》中稱：「元順帝時命托克托（舊史名脫脫）。等修《遼》《宋》《金》三史，自至正三年三月開局，至正五年十月告成。以如許卷鐵，成之不及三年，其時日較明初修《元史》更為迫促。然三史實皆有舊本，非至托克托等始修也。各朝本有各朝舊史，元世祖時又已編篡成書，至托克托等已屬第二三次修輯，故易於告成耳。」
不到三年的時間就修出了三部正史，僅其中的《宋史》就達四百九十六卷之多，《宋史》乃二十四史中部頭最大的一部，如此大的體量再加上另外兩史，在如此短的時間內完成，這是後世多有議論之事。前人多說明初修《元史》太過倉促，而元朝修此三史加起來的部頭要比《元史》大許多倍，然趙翼卻稱元修三史能夠如此之快，乃是因為他們搜集到了大量的史料。比如其中《宋史》存在的問題，趙翼在文中寫道：
宋代國史，國亡時皆入於元。元人修史時，大概只就宋舊本稍為排次，今其跡有可推見者。《道學傳序》雲，舊史以邵雍列於《隱逸》，未當，今置於《張載傳》後。《方技傳序》雲，舊史有《老釋》《符瑞》二志及《方技傳》，今去二志，獨存《方技》。《外國傳序》雲，前宋史有《女直傳》，今既作《金史》，義當削之。《夏國傳贊》雲，今史所載溢號、廟號、陵名，兼采《夏國樞要》等書，其與舊史有抵忤者，則闕疑以俟。此可見元人就宋舊史另為編訂之跡也。
墓園界碑
這些問題恰好說明了《宋史》的修纂有些就是直接抄錄當時搜集來的史料。正如上文所言，元朝滅宋時董文炳就搜集到了各種資料五千多冊，這些資料成為了修纂《宋史》的基礎。元朝的修纂官也在文中直言此事，比如 《宋史·禮志序》中寫道：「今因前史之舊，芟其繁亂，匯為五禮，以備一代之制，使後之觀者有足征焉。」而《宋史·藝文志序》中也稱：「宋舊史，自太祖至寧宗，為書凡四。志藝文者，前後部帙，有亡增損，互有異同。今刪其重複，合為一志。」
元朝的纂修官能夠將大部頭的《宋史》在很短的時間內修纂完畢，正是因為他們得到了大量的原始資料，在修纂之時直接抄錄。故內藤湖南所著，馬彪所譯的《中國史學史》中稱：「《宋史》的卷數之多、內容之詳是以往正史所無法比擬的，三百餘年的歷史寫了四百餘卷。唐朝雖僅比宋朝短四五十年，但卷數卻只是《宋史》的一半。本來宋代史料就多是一方面原因，編纂時對史料未曾經過取捨篩選也是一方面的原因。」