《盜墓筆記》整個故事的起因是發丘中郎將的張家和明朝汪藏海建立的汪家之間的博弈。汪家的控制和安排在整個故事中都是隱形的。
張汪兩家同時控制著當時的領導人。隨著張家控制的這個黨派的衰敗，張家族長代代相傳的關於終極的秘密又由於族長遇刺而斷了線索，張起靈為了尋找終極而求助於以前被逐出張家的張大佛爺一脈，同時汪家的領導人也同時需要知道終極和張家長生的秘密而找到了張大佛爺要求發掘張家古樓。
張大佛爺知道無論如何必須組織起這個史上最大盜墓，進入張家古樓，但同時他也明白無論結果如何，老九門都要完，於是提前和解九爺商量了一個計策以保全老九門的主要血脈，最後史上最大盜墓以失敗告終，張起靈失憶。他們從張家古樓裡帶出了一具棺材，這裡面可能有終極的線索，於是解九爺吳老狗將棺材藏起，吳老狗買了一處房產，將棺材埋在下面，然後將一具假棺材給了汪家控制的領導人，接著領導人借著打擊盜墓和文物外流的勢頭開始清洗老九門，這裡面就是裘德考離開中國前的舉報，同時戰國帛書被裘德考騙去。同時汪家人也開始搜捕張起靈，但張起靈被霍仙姑等人保下。
幾年後，汪家開始啟用老九門的第二代，即陳文錦和霍玲等人組成考古隊，繼續尋找終極。於是他們被派去巴乃，在湖底古寨的考古中，大部分人包括霍玲都通過匪夷所思的方式被替換成了汪家人，即真假考古隊事件。（霍仙姑在此時發現了霍玲的不對勁，開始調查。）但此次考古沒有獲得線索，於是汪家人將視線轉移到了汪藏海墓，即西沙沉船墓上。
隨後裘德考在汪家人的設計下解出了隱藏在戰國帛書中的星象圖，裘德考找到了吳三省，加入了之後的西沙考古中，張起靈，老九門，汪家人，裘德考四支勢力進行了博弈，解連環看出了整個局勢，發現了汪家人的存在，同時安排了一個局，將自己從汪家人的控制下脫離，殺死了汪家人原本派來替換吳三省的人，成為另一個吳三省，並和真正的吳三省一起設法尋找打擊汪家人的方法。為此解吳兩人和考古隊的其他人失去了聯繫。在接下來的幾年裡，他在調查考古隊行蹤的同時有意將一些線索和細節告訴給了當時還小的吳邪，希望當他的計劃失敗時吳邪不至於一無所知的被卷進和汪家的博弈中。
汪家人在西沙考古中獲得了汪藏海留下的線索，而張起靈，陳文錦及其他人甦醒後已經被汪家人從海底送到了療養院，後跟著線索去了雲頂天宮，在那裡看犧牲了一批人，另一批包括張起靈，陳文錦和霍玲找到了終極，但得了屍化的病，其副作用是長生。此時已發覺「它」（即汪家人）存在的陳文錦等人將自己關進了療養院，同時根據星象圖的線索找到了塔木陀，希望在西王母城找到治癒屍化的辦法，但中途陳文錦和假的霍玲等人沒能進入西王母城就返回了，而張起靈等人進入西王母城後，除了張起靈生還但失憶，其他人全軍覆沒。陳文錦和假霍玲等失去和張起靈等人的聯繫，於是藏身療養院等待重新進入西王母城的機會，期間假霍玲等人相繼屍化成為怪物，沒能向汪家人匯報關於終極的情況，於是汪家人這一次對終極的探尋也失敗了。
多年後，吳三省（解）發現了張起靈的蹤跡，想通過黑金古刀確認其身份，但張起靈此時已經失憶。同時汪家人利用裘德考對帛書的痴迷，令他得到七星魯王宮的線索，然後找到大金牙，將有關七星魯王宮的戰國帛書透露給吳邪，企圖利用老九門的第三代繼續尋找終極。當時已經垂垂老矣的裘德考也有了自己的想法，派出了阿寧。於是來到了盜墓筆記的開頭。此後的展開是吳邪視角，吳邪逐漸被捲入局中，張起靈為了尋找自己的記憶，汪家人為了尋找終極的秘密，裘德考有自己的想法，吳三省為了尋找打敗汪家勢力的方法和保護吳邪，陳文錦為了躲避汪家勢力的眼線尋求治癒屍化的方法，霍仙姑為了尋找霍玲的線索，解語花和霍秀秀為了挽救自己的家族，大家各懷目的參與了盜墓活動。
而這些人最終結局是：霍仙姑死亡，陳皮阿四屍化，陳文錦四屍化，解連環失蹤，吳三省摧毀終極的避免被汪家獲取後失蹤，裘德考得償所願後去世，張起靈恢復記憶並進入青銅門守護終極的秘密，並和吳邪訂下十年之約。此後汪家已經失去幾乎所有可利用的人，不得不開始重新調查和利用吳，解兩家。
吳邪走出藏海花並知曉了目前局勢後，開始著手布下一個能徹底打敗汪家的局，此後老九門第三代中齊黑瞎，解語花，霍秀秀和吳邪及吳邪的兄弟王胖子開始聯手，通過無數艱辛和犧牲，終於將汪家勢力連同終極一同摧毀。世界清凈了。
於是十年後吳邪回到青銅門，將張起靈接出來，連同王胖子一起隱居於福建雨村；解語花和霍秀秀繼承家業，齊黑瞎仍然回到自己的生意中去。
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