莊士敦是英國蘇格蘭人，1874年出生於愛丁堡，畢業於愛丁堡大學，後進入牛津大學瑪格得林學院攻讀東方古典文學和歷史，獲碩士學位。1898年赴中國，擔任清朝末代皇帝愛新覺羅·溥儀的外籍老師。
在中國期間，莊士敦用大量時間，刻苦學習儒、釋、道的經典著作，遊歷了大半個中國，瞻仰名山古剎，拜訪高僧宿儒，了解中國的民情和文化，對中國的詩詞有較高的造詣，他特別推崇儒學和佛學，認為只有堅持佛教和儒家的思想才能維繫中國的原始風貌，他不僅在治理威海衛的民政事務中貫徹這種思想，甚至為此放棄了自己的天主教信仰，被他的英國同胞視為異類。
莊士敦對於溥儀的影響力是非常巨大的，比如說清朝滅亡之後，他看到很多人都剪了辮子，溥儀一直在糾結我自己要不要剪掉，在莊士敦的教誨之下，他才剪了辮子，戴上了眼鏡，後來還買了自行車。同時又在故宮裡裝了個電話，改革了故宮中太監的管理制度，學習了很多西方的知識。
莊士敦帶給溥儀當老師的時候，兩個人感情也越來越深，溥儀對莊士敦非常尊重，給他加官進爵，甚至還給了他一個頂戴花翎。而對於莊士敦來講，這已經是無上的榮耀了，他很自豪自己有這麼一個學生。
在莊士敦的介紹下，溥儀會見了一些外國使節，會見了印度大詩人泰戈爾，還和胡適通電話並見面。溥儀還改革了宮內的財務制度，把一千多人的宦官隊伍裁汰到一百餘人。莊士敦成為宮廷內務大臣們的眼中釘，肉中刺，但是皇帝喜歡他，並封他為頤和園、靜明園、玉泉山的總管。
但是好景不長，在1924年溥儀直接被趕出了皇宮，莊士敦也辭職了，他離開北京以後繼續在中國教書，又回到了自己的家鄉英格蘭。
回國後，莊士敦任倫敦大學的中文教授，兼外交部顧問。1934年，莊士敦再次來到中國，把他寫的《紫禁城的黃昏》送給溥儀，並請溥儀為其作序(此書出版後，一時間洛陽紙貴，在當地引起極大轟動)。
莊士敦用稿費在愛丁堡買了一個小島(愛倫島)定居，宅前掛著龍旗，宅內的幾間屋子命名為松竹廳、威海衛廳、皇帝廳等，廳中擺滿了溥儀賞賜他的中國古玩、書畫、瓷器等，每逢年節，總要穿上大清國的一品服飾招待親朋友好。1938年，莊士敦去世，享年64歲。