《清史稿》可謂中國正史中命運最為曲折的一部，此書從動議到編纂而後成書直到市場銷售，始終充滿著爭議。也正因為如此，使得該部史書有著大量的研究文章，而每位研究者都從自己的眼光和觀點來解讀《清史稿》。
關於撰寫《清史稿》的起因，徐一士在《<清史稿>與趙爾巽》一文中說：「民國三年，內戰甫止，袁世凱欲以文事飾治，議修清史。趙爾巽既應招至自青島，遂受清史館總裁之聘。」那時的袁世凱任民國大總統，《清史稿》的開撰乃是其文治的一部分，而該書總裁趙爾巽原本是清代的盛京將軍。進入民國後，他以遺老自居，居住在了青島。袁世凱請他做清史官總裁當然有其用意，徐一士說道：「袁世凱之設館修史，本含有藉是延攬勝朝遺老、山林隱逸之用意，猶之清初修明史故智。爾巽以『援曩例以縶逸賢』之說進，在世凱自屬『正合孤意』，宜其有針芥之契，而優予經費，供『養土』之用也。」
其實袁世凱在選擇清史館館長時也費了不少心思，他原本想請徐世昌擔任此職，但徐志不在此，更何況袁原本也想請徐世昌擔任國務總理的要職，讓其任清史館館長顯然大材小用。而後袁世凱又考慮到了陸潤庠，然而陸認為如果參加這項活動，等於說背叛了滿清，這等於是貳臣，故他堅決拒之。此後這個人選又考慮到了章太炎和康有為，但兩人各有各的想法，同時袁世凱跟康有為之間也有瓜葛在，而後又考慮到了梁啓超，但梁當時任幣制局總裁，由他調任清史館館長也不合適。而後，又屬意於樊增祥和周馥，但因各種原因也未能談妥。
《弢園詞》一卷 清光緒三十一年趙爾巽刻補廠叢書朱印本，書牌
經過一番考慮，袁世凱想到了趙爾巽，於是袁召趙入京見面商談此事，但趙卻以各種理由推辭。1914年9月29日的《大公報》刊有《大總統催促趙次珊來京》的報導，次珊乃趙爾巽之號，該報導稱：「大總統前已擬決推任趙次珊君為清史館總裁，已連電相邀，乃趙君復電以病推辭，並無來京之確期。昨聞大總統以清史館開館不能再延，曾親筆專函敦促趙君來京，並特派秘書王延年赴青島勸駕雲。」
袁世凱幾次電邀，趙爾巽都以老病推辭，故袁只能親筆寫了封信派秘書到青島，勸趙爾巽就任。趙爾巽為什麼要推辭呢？《大公報》在1914年5月15日又登了篇《趙次珊不允出山之原因》，該文分析說：「新政府改組後，前清故吏相繼登庸，惟趙次珊為大總統最密契友，竟千呼萬喚不能出來，聞其原因非止一項關係。大致一為某大吏之案尚未辦結，一為老病衰邁，一為無相當之位置，一為與某當局意見素不甚合之故。」
這段報導列出四項趙爾巽不赴任的原因，然這四項原因都說的含糊其辭，其第一點指的是趙爾巽的弟弟趙爾豐建祠議恤一事。清末時趙爾豐任四川總督，辛亥革命時在四川被殺，進入民國，趙爾巽希望給弟弟平反。1914年1月底，川民楊雋、魏紹猷給大總統寫信希望批准為趙爾豐建專祠祭祀。消息傳出，四川在京者有二百多人在全蜀館召開會議，公推同鄉會會長杜德興為代表跟楊雋等交涉，並向內務部呈請取消此案。楊雋等人見事不可為，於是主動撤消了呈請，而這件事當為趙爾巽的主要心病。
《大公報》所說的另一原因「與某當局意見素不甚合」，這句話中的「某當局」當指徐世昌，因為徐趙二人在清末時另有一段瓜葛，但徐任國務卿之後也曾經寫信給趙爾巽請其出山，可見趙爾巽推辭出任清史館館長一職似乎與徐無關。年邁衰老等理由顯然更是託辭，故趙爾巽拖延任職主要原因就是為弟弟趙爾豐正名之事。
《弢園詞》一卷 清光緒三十一年趙爾巽刻補廠叢書朱印本，牌記
袁世凱了解到趙爾巽的真實意圖後立即予以解決，袁世凱示意趙爾巽的部下黑龍江護軍使朱慶瀾上呈為趙爾豐議恤立傳。袁接到朱的上呈後，立即派人到四川調查趙爾豐去世的細節，而後頒發大總統令為趙爾豐平反。《政府公報》第675號中刊載：「查該故督於革革之際，洞明大局，退職安民，贊成共和之心昭然若揭，有功民國確有實證，猝被慘禍，殊堪矜憫。著國務院從優議恤，並著內務部查取事實，宣付史館，以彰勞藎。」
大總統令刊發後依然受到了一些川人的反對，故而立傳之事暫緩，而給趙爾豐家族頒發撫恤金卻繼續執行。對於這個結果，趙爾巽不甚滿意，1914年5月10日的《盛京時報》所刊《趙爾巽姍姍來遲》一文中稱：「昨大總統復以電敦促之，趙亦未表示從違之意思。聞以私函致某要人，必要求政府將某高等武人案圓滿解決後，始肯出山云云。」最後在大總統的多次催促下，趙爾巽總算來到了北京。而1914年3月27日的《新聞報》在「新評一」欄目中稱：「趙爾巽之於史館總裁也，曾要求昭雪乃弟，始肯就任，今得二十四日大總統矜憫之令交院議恤，趙爾豐平反，於是趙爾巽得安然就任史職矣。」
趙爾巽為什麼要堅持為弟弟平反後再出任清史館館長一職呢？伏傳偉在《新朝與舊主的抉擇——清史館設置緣起與趙爾巽的就任》一文中認為：「以遺老自居的趙爾巽，何以冒犯川人眾怒之險而為其弟爭一有功民國有罪清廷之虛名，內中緣由，牽連民國與清廷的關係。袁世凱北洋政府中的前清舊臣視民國為清廷『禪讓』的結果。既然清廷『洞觀世運，俯察輿情，宣布共和，與民更始』，那麼趙爾豐懸掛國旗，贊成民國，既有功民國也不負舊主。此種解釋後人看似牽強，實則正是趙氏之流的前清舊臣在民國初年內心寫照，所謂『及辛亥南方革命軍起，人心惶惶，恐慌已極，清帝復以救民水火為己任，立建共和，願行揖讓，天下賴以安定，亦無非一念為民而已。』（《熊總理請修清史論》）此外，趙爾巽此舉也是為自己出山尋求依據。既然民國與清廷是『禪讓』關係，贊成民國並非背叛清廷，那麼出仕新朝自然也就不負舊主了。如此一來為新朝修舊主之史，應是有功而非不忠。」
袁世凱派秘書帶親筆函到青島時，除了請趙爾巽為清史館總裁，同時還請于式枚和劉廷琛任副總裁，但於、劉兩人拒絕接受聘請，劉廷琛更是當面指責趙爾巽說：「年伯已視袁世凱為太祖高皇帝耶！歷朝之史，均國亡後由新朝修之，今大清皇帝尚居深宮，何忍即為修史乎？年伯如以為可，則與袁世凱好為之；小侄不能從，晦若當亦不能從也。」（徐一士《<清史稿>與趙爾巽》
劉廷琛認為歷代修史都是前進滅亡後新朝來修之，但如今的大清皇帝只是退位，仍然住在紫禁城內。其言外之意清朝未亡哪裡來的修史之事，其實于式枚和劉廷琛的勸阻也是趙爾巽收到邀請後躊躇不前的原因。1914年8月1日的《順天時報》刊有《梁鼎芬直言》一文，梁在此文中明確反對設立清史館：「國號雖更，少帝尚在，當此時代，公然編纂清史，對於現今幼主而直書前皇之遺事，寧非不敬之尤者耶？鄙意斯舉請即中止，卻為穩當。」梁的反對理由基本與劉廷琛的所言相類似，他也同樣認為國號由大清變成了民國，然而大清的皇帝還在，故此時修史顯然不合適。
《弢園詞》一卷 清光緒三十一年趙爾巽刻補廠叢書朱印本，卷首
趙爾巽幾經考慮，終於從心底解決了糾結。徐一士在文中記錄了趙爾巽的所言：「我輩均受先朝厚恩，今逢鼎革，所以圖報先朝者，惟此一事。修史與服官不同，聘書非命令可比。」
趙爾巽認為他既然是前朝的重臣，而今社會變革他更可以通過修史來報答前朝，因為出任清史館館長一職並不等於當民國政府的官，因為他接到的是聘書而不是任命書。奭良在《本貫鐵嶺隸漢軍正藍旗年八十四歲狀》中亦分析了趙爾巽當時的心態：「公深念一代有一代之事，始有一代之史。有清關內外垂三百年，事績既多於往代，變遷亦甚於前朝，列帝精勤為洽，手批章牘，成為家法。又與歷代垂拱者有間。又史以昭法戒，必當據事直害，遠年之遺事，或待野史而後詳。」而這正是趙爾巽同意出任清史館館長一職的原因。
趙爾巽來到了北京立即著手籌建清史館，而袁世凱在資金上給予了充足的保障。清史館開辦於紫禁城東華門內，趙爾巽聘請了一百多人參加修史工作，有的人明確拒絕聘請，也有的人為此工作盡心盡力。正是因為心態不同，使得所撰之文質量參差不齊，然而身為館長的趙爾巽卻對工作兢兢業業，他要求撰稿者每兩月來稿交稿一次同時領取薪水，但他本人卻每天到館。《逸經》第二期有徐一士所寫《關於清史稿》一文，該文中稱趙爾巽「校對已成文字，嘗一日閱至二萬字，精力滂魄如此」。但是，有些編纂人員並不像他這樣用心「久之乃至，或竟不一至，或數年得一文，或竟不著一字」。對於這樣的撰稿人，趙爾巽同樣禮貌有加，可見他真的做到了嚴以律己寬以待人。
但是這樣的寫稿方式難以按期完成任務，於是趙爾巽又制定了獎懲制度，制度的頒布令一些撰稿者不滿意，但事情仍然得以推進。民國五年，袁世凱去世後，清史館的經費得不到保證，而民國六年又發生了張勳復辟事件，史館因處在東華門內，士兵禁止史館人員出入，故史館只好關門。三個月後，史館得以恢復，但費用卻沒了著落。朱師轍在《清史述聞》中稱：「先是項城故後，館中經費驟減十萬，其後遞減，月至三四千。此三四千者，猶不時至，或參以國庫券公票之類。」幾年之後又相繼發生了直皖、直奉戰爭，東華門時開時閉，故修史工作也多次停頓，朱師轍又在文中稱：「館員不能調書考證，停頓亦多。加以薪金減之又減，已不足養人，復蓋以欠薪，其極少時僅得十之二三，故在館人員，等於半盡義務。」
趙爾巽纂《清史稿》 民國二十三年排印本，1
到民國十五年後，清史館只餘下了十四位工作人員，趙爾巽對這些人重新分工，準備三年時間完成清史的編纂，但才過了半年，因為北伐軍接連勝利，北京也受到了威脅。趙爾巽感到時局不穩，再加上他年事已高，於是他召集館員開會，決定將未完之稿刊印發行。但夏孫桐認為不應當這麼做，夏孫桐在《清史館上館長書》中寫道：「為今之計，惟有仍依前議，實事求是，逐加修正，務延總閱，全體討論，以期詳審，期以三年集事。縱使不幸時局有變，競致中輟，而得尺則尺、得寸則寸，修正之稿自在，可待後來之採擇，即公家不能保存，編纂諸人各有底本，未嘗不可供訪求，執事之毅力苦衷世人終能見諒。」
但是，趙爾巽還是堅持發行此書，他決定效仿王鴻緒的《明史稿》：「吾不能刊清史，獨不能刊清史稿乎？」（奭良《清史館館長前東三省總督盛京將軍趙公行狀》）但是，刊印大部頭的《清史稿》也需要一大筆錢，而此時遼陽的袁金鎧來到北京，他願承擔印書費用，於是趙爾巽就讓袁負責發行之事，袁又找金梁負責具體的工作。
民國十五年八月趙爾巽病故了，他未能看到自己下大心血編纂的《清史稿》。趙爾巽去世後，由柯劭忞代理館長，但柯也年事已高，因兩眼昏花其所寫之字別人不能辨認，他自己也說不清所寫，故其將修稿之事直接交給金粱。而金梁：「排日付印，如編新聞者，主筆督催，手民立待，無復有片刻之暇，豈容詳核，此當名曰『清史報』耳，稿云乎哉！且日報猶得觀大樣也，《史稿》則隨印隨發，前後竟不遑兼顧，實並報而不如也，此欲責其無漏誤，難乎難矣。」（金梁《清史稿回憶錄》）
可見，《清史稿》並未作系統的梳理就匆忙地付印出版，但因《清史稿》在編纂過程中乃是由不同的作者撰寫而成者，將這些文匯於一事難免有牴牾之處，這給此書的被禁埋下了禍根。
1928年初，《清史稿》印出了前五十冊，當年夏天南方革命軍攻入了北京城，同時封閉了紫禁城，於是金梁在其家繼續完成後八十一冊的印刷。《清史稿》總計印了1100部，其中的400部被金梁私自運到了關外，同時其他人也想偷運史書。為了防止宮內文物丟失，故宮接收委員會函請清史館館員朱師轍代為保管相關史料：「少濱先生大鑒，敬啟者，清史館已於六月二十八日，由衡同奎瀛兼土瑜等，暫行接收，所有文書圖籍，業經封鎖保管。惟查該館書目及簿記，向不完備，殊難稽考，夙知先生熟悉該館情形，敢請先生加入為臨時圖書點查員，先生對於維護文物，素具熱忱，諒必樂於贊助也，專此敬請大安，故宮接收委員馬衡俞同奎吳瀛沈兼士蕭瑜啟，七月十七日。」（《<清史稿>關內本與關外本》
朱師轍的父親朱孔彰原本擔任清史館協修，後來朱師轍本人也加入了清史館。他在清理圖書時，發現自己所撰《藝文志序》已被更改，於是他將此事報告給代館長柯劭忞，經過清查，有不少的內容都有經過金梁的改動。後來金梁又對運到關外的400部《清史稿》進行了內容的抽換，由此而形成了兩種不同的版本，故後世將其稱為關內本和關外本。
趙爾巽纂《清史稿》 民國二十三年排印本，2
1928年6月20日，根據南京中央政治會議決議，派遣農礦部總長易培基辦理北平故宮博物院接收手續。因為易工作繁忙，故選派李宗侗負責具體的接收工作，而李宗侗為易培基的女婿。轉年2月，易培基被正式任命為故宮博物院院長。
然而到了1929年12月24日《華北日報》第二版刊登了一則「本市消息」，其題目為「趙爾巽等所編之《清史稿》反革命反民國藐先烈——故宮博物院請行政院禁止發行呈文」這則消息的按語中稱：「故宮博物院對於清史稿一書，曾聘史學專家，詳加審查。其審查結果，發現反革命、反民國、藐視先烈、體例不合、簡陋錯誤等十九項。業已呈請國府行政院，禁止永遠發行。」
本消息刊發了「呈文」的全部內容，其中李總統寫道：「辛亥雙十武漢革命，實中華民國建國之始，而《清史稿》本紀二十五，競書曰：『宣統三年八月甲寅，革命黨謀亂於武昌。』又《瑞澂傳》亦書曰：『越月，武昌變起。先是黨人謀亂於武昌，瑞澂初聞報，驚慌失措，漫不為備。』又《恆齡傳》：『恆齡抵宜昌，鄂亂作。』夫趙爾巽等受民國政府之令而修清史，竟謂建國為作亂，其反革命之意，莫此為甚。」
這是「反革命」一條中指出的問題，而關於「藐視先烈」一條舉出的例子則為：「革命之成，先烈之功居多。凡系民國人民，宜何等欽仰，而《張曾敭傳》，於徐烈士錫麟則書曰：『刺恩銘。』而不標其革命之歷史，意謂其非革命。於秋瑾烈士即書曰：『陰謀亂。』而尤奇者，彭烈士家珍之殺良弼也，路人皆知，而《良弼傳》，競書曰：『一日，良弼議事歸，及門，有人據擲炸彈，三日而卒。』曰有人而不指明彭烈十者，蓋取春秋稱人賤之也之意，其藐視先烈，抑何其深。」
呈文發出後在社會引起很大的反響，而呈文的執筆者就是李宗侗。李宗侗乃名人之後，他是李鴻藻之孫、李煜瀛之子，如前所言，他又是院長易培基的女婿，他為什麼要寫這篇呈文呢？李宗侗在所寫《查禁清史稿與修清代通鑑長編》一文中講到了當時的背景：
這是我在四十餘年前所作的請查禁《清史稿》一文，原稿久已不存，最近由台大歷史系研究生何烈為批評《清史稿》及《清史》，得見民國十八年舊報，特抄錄一份，舊稿重見，我之喜可知也……後來，故宮博物院同人名義上擔任審查《清史稿》，而實際上無人負責，到了民國十八年，國民政府又數次電責催辦，院中無法，只好由我這秘書長擔任，費了半月之力翻閱《清史稿》全書，找出十九條證據作成呈文如上，其實若多費些時間，必能找出更多證據也。