章學誠曾言「六經皆史」，而崔述亦有相類似的觀念，他在《洙泗考信錄·自序》中稱：「三代以上，經史不分，經即其史，史即今所謂經也。」然而在學術歸類方面，崔述幾乎不屬於所有的派別，趙文紅、王清泉在《試論清代學者崔述的學術命運》一文中稱：「崔述生於乾嘉時期，但他除治學精神和方法——實證，與時學術主流乾嘉學派相同外，就很難將他歸於某一類。因為崔述不溺於文字音韻、名物訓詁、地理金石、天算樂歷和校勘輯佚等，並不以這些為學術的出發點。這就同當時其他學人拉開了距離。」
清代學術以乾嘉學派最具名氣，這個派別也被稱為樸學，而樸學又被稱為漢學，乃是認為研究經學者大多把眼光追溯到兩漢，而其指斥宋學的空疏，然經學又分今文經學與古文經學兩個派別，相互間的觀念差異也很大。細看崔述的學術觀念，似乎這幾者都有涉獵，但與各派學者的治學方法又不盡相同。故趙文紅、王清泉在文中有如下表述：「非漢非宋非經非史，四面碰壁，無所依靠。儘管在《書目答問》中，張之洞稱崔述是『漢學宋學兼經學家』是不合邏輯的，但也點出了崔述學術的尷尬。崔述對尚『博』的漢學家很是看不慣；對宋學，他也指責。表面看來，崔述不是漢學家或宋學家。但如果我們深入到崔述的學術深層，就會發現，實質上，他二者兼采，不專一家，才是事實。」
崔述撰《崔東壁遺書》清道光六年序金華府學藏版本
為什麼崔述如此的難以歸類呢？其本人在《考信錄提要》說過這樣一段話：「大抵文人學士多好議論古人得失，而不考其事之虛實。余獨謂虛實明而後得失或可不爽。故今為《考信錄》專以辨其虛實為先務，而論得失者次之，亦正本清源之意也。」
崔述認為大多數學人都是在討論古人在觀念上的得失，而他本人則專門辨別歷史記載的真偽，他認為自己的工作屬於正本清源。這正是崔述以特立獨行的方式出現在了清代樸學最興盛的時期，而也正是他的獨特價值所在。
崔述為什麼要重點考證上古時期文獻的真偽問題呢？羅炳良在《崔述的史考與史識》一文中首先稱：「我國傳統史學中的獵奇述遠之風也由來已久，特別是魏、晉以後，史家補作上古史書形成風氣。」而後該文講到了劉勰在《文心雕龍·史傳篇》中所發的感慨：「俗皆愛奇，莫顧理實，傳聞而欲偉其事，錄遠而欲詳其跡，於是棄同即異，穿鑿旁說，舊史所無，我書則博。此訛濫之本源，而述遠之巨蠹也。」對於這段話，羅炳良評價道：「這種獵奇述遠之風，到宋、明兩代發展到頂峰，導致了歷史記載的訛濫和歷史事實的失真。例如西晉皇甫謐撰《帝王世紀》、唐代司馬貞撰《補三皇本紀》、宋代胡宏撰《皇王大紀》、羅泌撰《路史》、元代金履祥撰《通鑑前編》、明代南軒撰《通鑑綱目前編》、朱謀諲撰《邃古記》等等，無不上溯神農、伏羲，甚至女媧、盤古，對我國遠古傳說中的人物姓名、傳衍世系、先後承繼，一一確鑿指實，然而其內容或采先秦諸子依託寓言，或錄兩漢經生讖語緯書，爭奇炫博，敷衍成篇，不僅事實茫昧，難以徵信，而且相互歧異，矛盾百出，根本不成其為信史。」
崔述撰《考信錄》 清道光六年序金華府學藏版本，卷首
正是有這樣的原因，所以崔述：「針對這種矜奇飾偽的治史學風，清代著名的疑古辨偽史家崔述作了一次徹底清算，強烈批評這類史家缺乏求真意識，為炫耀治史博古，強不知以為知的做法。」
羅炳良在文中舉出了宋代邵雍所撰《皇極經世書》的例子，因為該書記載了上古三代的世系與年數，因為邵雍屬於宋代理學中的數學派，他的象數推演被後世認為極其精準，然崔述在《商考信錄》中卻並不贊同世人對邵雍的誇讚：「天下之事有可以思而得者，有必待學而後知者。理，可以思而得者也；事物名數，必待學而後知者也。堯夫安能以數而知三千年以前帝王之名與世哉？」
在這裡，崔述提出了「理」和「事」兩個概念，羅炳良認為這兩個詞的名詞解釋為：「尹崔述所說的『理』，是指人們對歷史發展變化的理解、史學自身演變的法理以及萬物之間的原理等方面的內容；而所說的『事』，是指古代歷史上的名物、譜系、年代、制度、事件等方面的內容。」他同時認為這兩個要領的發明，乃是本自崔述，並且這種觀念有重要作用：「『理』可以思而得，是說人們對『理』的內容及其意義可以作出不斷的診釋，得出新的理論認識和超越前人的學術見解。『事』必待學而知，是說人們對於『事』的認識必須信而有徵，通過歷史考證得到確鑿的依據。他在歷史考證學中這樣明確區分『理』與『事』兩種範疇，清代以前的史家中還無與倫比。」
崔述撰《唐虞考信錄》清光緒五年定州王氏謙德堂刻畿輔從書本
從總體上看，崔述的疑古傾向只是針對上古三代，尤其是中國人常說的三皇五帝，崔述在《考信錄提要》中稱：
《周官》：「外史掌三皇、五帝之書。」《偽孔安國尚書序》云：「伏羲、神農、黃帝之書，調之《三墳》，言大道也。少昊、顓頊、高辛、唐、虞之書，謂之《五典》，言常道也。孔子睹史籍之煩文，懼覽者之不一，討論《墳》《典》，斷自唐、虞以下。」後之儒者皆尊其說；余獨以為不然。夫古帝王之書果傳於後，孔子得之，當何如而表章之，其肯無故而刪之乎！
崔述認為上古三代之書孔子未曾提及，這顯然有問題，因為伏羲、神農、黃帝等重要人物的典籍，如果孔子看到後肯定會對其作系統的整理而使之流傳下來，孔子決不可能完全刪掉那段歷史。以此推之，說明上古三代的那些《三墳》《五典》不可能是真的。崔述認為：「人之言不可信乎？天下之大，吾非能事事而親見也，況千古以上，吾安從而知之！人之言可盡信乎？馬援之薏苡以為明珠矣；然猶有所因也。無兄者謂之盜嫂，三娶孤女者謂之撾婦翁，此又何說焉！舌生於人之口，莫之捫也；筆操於人之手，莫之掣也；惟其意所欲言而已，亦何所不至者！」
崔述撰《五服異同匯考》三卷 清光緒五年定州王氏謙德堂刻畿輔叢書本
按照崔述的觀念，很多事非親眼所見，就難說真偽，而千古之上的事情就更難說了，所以前人記錄下來的文獻不一定是真實的，這種不實一是出於有意的仿造，二是可能記憶的失誤：「傳記之文，有傳聞異詞而致誤者，有記憶失真而致誤者。一人之事，兩人分言之，有不能悉符者矣。一人之言，數人遞傳之，有失其本意者矣。是以三傳皆傳《春秋》，而其事或異，此傳聞異詞之故也。古者書皆竹簡，人不能盡有也，而亦難於攜帶，篡書之時無從尋覓而翻閱也，是以《史記》錄《左傳》文，往往與本文異，此記憶失真之故也。此其誤本事理之常，不足怪，亦不足為其書累。顧後人阿其所好，不肯謂之誤，必曲為彌縫，使之兩全，遂致大誤而不可挽。」
一件事由兩個人分別講述，兩人的所言都很難完全相同，而某人說的一句話經過一遍遍地傳下去，就跟原意有了很大區別，這正如《春秋》三傳，雖然三傳解釋的都是《春秋》，但無論所記之事還是解釋的觀點，都有了較大的差異。出現這種情況的原因，崔述認為是古書原本為竹簡的形式，這樣的書能夠看到的人畢竟是少數，由於體量大，出門也不便攜帶，古人在撰寫之時難以找到很多的竹簡書做參考，而往往是靠記憶來撰書，這種方式很容易出現記憶失誤，但既然是名家的古書，而後人研究這些著作時總認為古人不錯。既然同一件事不同的古書有不同的說法，但為了維護名家觀念，後世研究者只能想盡辦法來解釋兩者之間的不同，於是就產生了一些不真實的著作。
路牌上的崔述
對於古書的仿造，崔述在《考信錄》中又講道：「顧自秦火以後，漢初諸儒傳經者，各有師承，傳聞異詞，不歸於一；兼以戰國之世，處士橫議，說客託言，雜然並傳於後；而其時書皆竹簡，得之不易，見亦未必能記憶，以致難於檢核考正，以別其是非真偽……但魏晉之際，俗尚詞章，罕治經術；旋值劉、石之亂，中原陸沉，書多散佚，漢初諸儒所傳《齊詩》《魯詩》《齊論》《魯論》陸續皆亡，惟存《毛詩序傳》及張禹更定之《論語？，而伏生之《書鄒、夾之《春秋》亦皆不傳於世。於時復生妄人，偽造《古文尚書經傳》《孔子家語》，以惑當世。二帝、三王、孔門之事於是大失其實。」
秦朝的焚書坑儒使得很多典籍毀滅了，但西漢初年經學的傳授主要是通過師徒間的口口相傳，這種傳承方式難免說法不一，他又提到了竹簡書不易得之事，然流傳於後世的著述因為口傳不一，所以出現了不同的版本。崔述以《詩經》為例，舉出了《詩經》因為解釋觀念 的不同，產生了不同的派別，而後又出現了偽書。
在地圖上沒有找到崔述公園
另外，崔述還認為因為戰國時期諸子百家盛行天下，而有些人仿造很多言論，但後世的著作中卻把這種言論當成信史來予以引用，還有人把一些傳聞用到了歷史記載中：「周道既衰，異端並起，楊、墨、名、法、縱橫，陰陽諸家莫不造言設事以誣聖賢；漢儒習聞其說而不加察，遂以為其事固然，而載之傳記。若《尚書大傳》《韓詩外傳》《史記》《戴記》《說苑》《新序》之屬，率皆旁采卮言，真偽相淆。繼是復有讖緯之術，其說益陋，而劉歆、鄭康成咸用之以說經。流傳既久，學者習熟見聞，不復考其所本，而但以為漢儒近古，其言必有所傳，非妄撰者。雖以宋儒之精純，而沿其說而不易者，蓋亦不少矣。至《外紀》《皇王大紀》《通鑑綱目前編》等書出，益廣搜雜家小說，以見其博，而聖賢之誣遂萬古不白矣！」
通過以上的引用可知，崔述認為很多古書都靠不住，但是如果要論證這些古書之偽，那必須先要有一個正確的標杆來作為對比，否則的話，無真何以證偽。這種觀念崔述當然明白，他認為的正確標杆是什麼呢？崔述在《考信錄提要 ·自述考辨古書之經歷》中稱：
余少年讀書，見古帝王聖賢之事往往有可疑者，初未嘗分別觀之也。壯歲以後，抄錄其事，記其所本，則向所疑者皆出於傳記，而經文皆可信，然後知《六經》之精粹也。惟《尚書》中多有可疑者，而《論語》後五篇亦間有之。私怪其故，覆加檢閱，則《尚書》中可疑者皆在二十五篇之內，而三十三篇皆無之，始知齊、粱「古文」之偽；而《論語》終莫解其由。最後考《論語》源流，始知今所傳者乃漢張禹匯合更定之本，而非漢初諸儒所傳之舊本也。至於《禮記》，原非聖人之經，乃唐孔穎達強以經目之，前人固多言之，余幼即飫聞之，更無足異者矣。由是言之，古人之書高下真偽本不難辨，但人先有成見者多耳。
賈建鋼先生與王鳳銀的第一次握手
崔述果真是位奇特的人，他在少年之時就懷疑古書中所記載的上古三代之事，等他長大後他開始抄錄一些歷史文獻，他發現自己當年有疑問者大多出於後人對經的注釋，而六經原文卻都可信，所以他認定六經才是最可信的史料。因此可以說，六經乃是崔述判斷上古之事的標杆。凡與六經不同者，就很可能為偽。
但即使如此，崔述認為六經中的《尚書》也有可疑之處，同時他認為《論語》的後五篇也有問題。後來他經過考證，終於發現了問題所在，而《論語》的問題出自漢代的張禹，經過張禹的梳理，《論語》已經不是原本的面貌。《十三經》中的《禮記》，崔述認為這乃是唐代孔穎達將其列為真經者。可見，崔述除了認定六經之外，即使是列入《十三經》的《禮記》等書他也不認可。但他卻強調自己沒有成見，只是以書論書：「餘生平不好有成見，於書則就書論之，於事則就事論之，於文則就文論之，皆無人之見存。」
崔亭故里碑
對於崔述的懷疑精神，邵東方在其專著《崔述學術考論》中稱：「實際上，崔述之疑『三皇五帝』說並非其獨到之見，乃是與宋儒的懷疑精神一脈相承的。」而後該書中舉出了宋劉恕在《資治通鑑外紀》卷一中的所言：
《六經》…皆不稱三皇五帝三王，《易·下系》曰：「古者包犧氏之王天下也，包犧氏沒，神農氏作；神農氏沒，黃帝、堯、舜氏作。」繼世更王而無三五之數，或以包犧至舜，是為五帝，然孔子未嘗道，學者不可附會臆說也。
兩相對比可見，崔述的疑古觀念受到了宋代疑古風氣的影響，因為當年歐陽修在所撰《新唐書》、魏了翁在所撰《古今考·高帝紀》中都對三皇五帝的傳說表示了懷疑。那麼崔述的疑古思想與宋儒有什麼異同呢？邵東方在其專著中認為：「就疑古思想而言，崔述與宋儒既有其同，也有其異：所同者，崔述疑古多承宋人之餘緒，並無特殊發明；所不同者，宋代學術空氣較為自由，故宋人敢於疑經，而崔述所疑多為傳記所載，並且又是作為古史來疑。當然，無論宋儒還是崔述，他們的疑古都未超出維護聖道的範圍。」
崔公懿行碑
崔述在《考信錄提要》中說過這樣一句話：「故今為《考信錄》，於殷周以前事但以《詩》《書》為據，而不敢以秦漢之書遂為實錄，亦推廣《史通》之意也。」其明確地稱周朝以前的事情他只以《詩經》和《書經》為據，而秦漢之後研究經學的著作，他不敢以此為據，崔述自稱這個觀念他是本自唐代的劉知幾。但邵東方認為崔述和劉知幾的疑古方向還是有區別的，因為：「劉知幾對文獻中的各種異說參會疏通，目的是使學者知古書之妄及古說之虛，故他考辨古史、訓說古經，主要是懷疑古史記載的真實性，而非辨別古籍的真偽。」而後文中引用了劉知幾撰，浦起龍釋《史通通釋》中的所言：「古文載事，其詞簡約，推者難詳，缺漏無補。遂令後來學者莫究其源，蒙然靡察，有如聾瞽。今故訐其疑事，以著於篇。」
對於崔述與劉知幾的區別，邵東方作出了如此比較：「崔述在疑古史記載不實的方面比劉知幾更進了一步，因為他直接懷疑古書本身之真偽，這顯然是受了宋人辨偽思潮的影響。可是從另一方面來看，劉知幾在《史通》的《疑古》和《惑經》篇中大膽懷疑古代聖人，對經傳記事荒誕不實處提出質疑，如《疑古》開篇所列十條就是揭露《尚書》對古代聖人的虛美誇張，從而說明經書不可盡信；而崔述的疑古則是為了維護聖賢之道而純化經典，因此在他看來，聖人是不能被懷疑的。在這一點上，崔述的懷疑精神較之劉知幾大為遜色。」
功德碑
可見，崔述以六經作為辨偽的準繩，其目的乃是維護六經的崇高無上的地位，所以他是從尊經的角度來懷疑與之不相符的古書。胡適在《科學的古史家崔述》一文中點到了這個問題：「他著書的最初動機並不是要考證古史，不過是要推翻傳說，回到古經，以存理想中的『聖人之真』。」
顯然這樣的考據方式有其局限性，而邵東方認為他在懷疑古書的程度上不但沒有超過劉知幾，同時也比不上清初的閻若璩。閻若璩的最大功績則是辨識《古文尚書》的真偽問題，當時有人問閻「子於《尚書》之學信漢而疑晉疑唐，猶之可也；乃信史傳而疑經，其可乎哉？」懷疑晉唐時期的解經之作還能夠被人理解，而閻若璩已經懷疑到經本身，這就受到了別人的質疑。閻若璩在《尚書古文疏證》中的回答則是：「何經，何史，何傳，亦唯其真者而已。經真而史傳偽，則據經以正史傳可也。史傳真而經偽，猶不可據史傳以正經乎？」
閻若璩的回答很乾脆，無論是正經還是正史，他只相信真的，如果後世所作的註疏能夠證明經是偽的，他當然要相信後世的著作。所以邵東方認為：「閻若璩不僅疑史傳，還敢於疑經。在這方面，崔述無法與閻若璩比肩，因為他雖敢破傳，卻不敢破經。」而對崔述極其推崇的顧頡剛也同樣認為崔述只信六經是其眼界的局限性：「只有可馬遷和崔述，他們考信於六藝；凡六藝所沒有的，他們都付之不聞不問。這的確是一個簡便的對付方法。但六藝以外的東西，並不曾因他們的不聞不問而失其存在，既經有了這些東西，難道研究歷史的人可以閉了眼睛不看嗎？況且就是六藝里的材料也何嘗都是信史，它哪裡可以做一個審查史料的精密的標準呢？」（顧頡剛《中國上古史研究講義 ·自序一》）
旁邊還有一塊碑
崔述為什麼有這種疑古不破經的觀念呢？從他的經歷看，應當是受其父親的影響。崔述的父親名崔元森，他的學術觀乃屬朱子理學，受父親的感染，崔述對傳統的儒學觀念極其推崇。儒學的根本乃是六經，也許這正是崔述考證歷史的真偽，且以六經為準的的原因所在吧。
對於六經之外古書的懷疑，雖然崔述自稱他年少時就有了這種思想，然而他系統地研究這個問題則是在其30歲時，他在《考信錄提要》中講道：
餘年三十，始知究心《六經》，覺傳記所載與註疏所釋往往與經互異。然猶未敢決其是非，乃取經傳之文類而輯之，比而察之，久之而後曉然，知傳記註疏之失。顧前人罕有言及之者，屢欲茹之而不能茹，不得已乃為此錄以辨明之。
請王鳳銀老先生站在碑前擺拍
崔述說他30歲時開始認真地研究六經，他發現後世的註疏往往與經文不合，然他不敢斷定孰是孰非，於是他就將古人為經所作之傳放在一些比勘。經過一番研究，他認為經沒問題，問題出在後人所作的研究。雖然前人對此也有指出，但未作系統梳理，這正是他要系統考證上古之書的緣起。他的弟子陳履和在《敕授文林郎福建羅源縣知縣崔東壁先生行略》中也談到了這一點：
先生覺百家言多可疑，悔從前泛覽之誤，曰：「此非吾父所謂明道經世之學也。」乃反而求之《六經》，以考古帝王聖賢行事之實；先儒箋注，必求其語所本而細核之。欲自著一書以正偽書之附會，辟眾說之謬誣；舉子業置不復為，時先生年三十歲也。
崔述認為他年輕時博覽群書，有悖父親教導他的治學觀念，於是他就專心研究六經，而後系統地考證前人對「經」所作的傳注，凡是與之不符者，他就一一指出問題所在。崔述在《與董公常書》中也講到了只有經可信，秦漢以來傳注不足信的觀念：「往述幼時喜涉覽，山經、地誌、權謀、術數之書常雜陳於幾前。既泛瀾無所歸；又性善忘，過時即都不復省憶。近三十歲始漸自悔，專求之於《六經》，不敢他有所及。日積月累，似若有得，乃知秦漢以來傳注之言往往與經抵悟，不足深信。」
路中心殘存的贔屓
為什麼秦漢的傳注不足信呢？崔述在《與董公常書》中舉出了這樣一個例子：
舊嘗閱一小說，載孔子適陳時，有《採桑女》及《樵夫》詩二首，鄙俚不可入口；且曰：「按，此即今七言絕句；而世儒謂始於《柏梁》，不學之過也。」閱至此不覺失聲大笑。鳴呼！今世所傳戰國、秦、漢之書，託名於聖人者，豈有以異於此乎！特以其傳既久，學者遂不敢議。而今乃欲據《六經》以證其失，求其不掩耳而疾走不可得也。以此閉口，不敢與人談及經史。
崔述認為戰國、秦、漢時期的一些書其實是偽作，他們只是假託聖人之名，崔述對這些經史之書作了系統梳理，他發現了如下一個規律：「世近則所聞詳，學深則所記多，此必然之理而無可疑者也。然吾嘗讀《尚書》，孔子之所序也，乃僅斷自《堯典》以下。其後五百餘年有司馬遷，其學不逮孔子遠甚，而所作《史記》乃始於黃帝。至司馬貞又後於遷者近千年，其學亦益不逮，乃為遷補《本紀》，又始於伏羲氏，前於黃帝者千數百年。下至於明，世益晚，其人如王世貞、鍾惺輩，學亦益陋，而其所作《綱鑑捷錄》等書，乃反始於開闢之初，盤古氏之時。是何世益遠，其所聞宜略而反益詳；學益淺，其所記宜少而反益多哉？」（崔述《曹氏家譜序》）
標語
崔述認為越近的事情應該了解得越詳細，學問越深記住的事情越多，但是他發現孔子為《尚書》所作之序僅寫到《堯典》以下。孔子之後過了五百年出現了司馬遷，司馬遷的學問當然比孔子差得遠，然他所撰的《史記》卻始於黃帝，而黃帝當然比堯要更古老。司馬遷後又過了近千年，到了唐代出現了司馬貞，司馬貞的《史記索隱》中為司馬遷所補《本紀》又始自於更遙遠的伏羲氏。到了明代，王世貞、鍾惺等人的學問比司馬貞更差，但他們作的《綱鑑捷錄》等書反而從盤古開天地寫起。這種狀況讓崔述大感疑惑，為什麼距古越遠而所記反而更詳，學問越淺為什麼所記的歷史更多，他認為這不符合事物的規律，這正是他疑古的原因所在。