文丨BioArt編輯部
2022年的第一天已然來臨，此刻回望過去的一年，我們每個人心裡都有不同的感受。不知不覺，BioArt伴隨讀者朋友們已經是第七個年頭了，共同見證了中國生命科學發展進入快車道蓬勃發展的歲月。
或許微信群的祝賀和朋友圈的傳播似乎造成了一種假象，有人會說中國生命科學領域發表的高質量論文已經太多了，CNS好像隨處可見，然而事情情況正是如此嗎？高質量論文到底是變得更容易發表還是更難了？靠感覺得出的結論經常是不靠譜的，用真實客觀的數據說話才是最有說服力的。
過去4年，我們為了圖方便只顧著統計CNS作為指針了，為表誠意，這次就增加一些乾貨，讓讀者朋友更清楚的一覽中國生命科學高水平論文的呈現趨勢。
還是要從CNS開始說起。2021年度，以國內科學家為主（國內學者為通訊作者或共同通訊作者或第一單位是國內研究單位）在CNS上發表的生命科學相關領域的研究論文116篇（個別論文統計口徑可能存在一點誤差，幅度±2），其中Science發表28篇（含新冠論文1篇），Nature發表53篇（含新冠論文2篇），Cell發表35篇（含新冠論文8篇），綜述論文4篇（3篇Cell和1篇Nature）。
我們再來回顧一下2016-2020的統計數據（見下圖，數字全部重新校正，幅度±3），分別是：2016年55篇（2016年度總結），2017年68篇（2017論文總結與清單），2018年100篇（2018中國生命科學CNS全景圖），2019年110篇（2019中國生命科學CNS全景圖），2020年150篇（2020中國生命科學CNS全景圖）。
如果扣除2020年和2021年新冠論文的數量，那麼實際上2018到2021年的4年間的CNS總數在100和110之間浮動，這意味著什麼？意味著，如果不考慮新冠相關論文的因素，國內生命科學CNS論文發表在經歷了一波快速增長後進入了一個相對緩慢的平台期。如果考慮到國內每年PI數量的增長速度（特別是在高校和部分知名大醫院中，生物醫學相關研究院的成立，猶如雨後春筍。還要考慮國家實驗室體系，地方省級實驗室體系，新成立的研究型大學的生命科學相關機構，譬如西湖大學生科院，短短三四年裡已經入職至少64人。剛剛放榜的HWYQ雖說不如預期的名額多，但數量也是可觀的，生命科學相關的占比大約在三分之一左右），仔細想想頂尖論文都是更不容易發表了。
再談談，結構生物學論文的占比情況。過去總有很多朋友非常關心結構生物學論文的占比情況，實際情況是近5年，結構生物學論文的占比總趨勢是下降的（2016年結構論文占比38%，2020年是24.6%，2021年是25.8%），另一個非常值得重視的是，中國植物學領域的表現可以稱得上是耀眼了（下圖），科研實力世界第一應該不會有什麼問題，其實2021年國內古生物的表現也是非常搶眼的，那麼綜合計算下來，真正留給生物醫學的文章數量就可想而知了。
再來說說同行公認的CNS大子刊層次的論文。CNS看上有點進入平台期，子刊看上去還是在快速增長的，從17本公認的CNS大子刊的數據來看，2017-2021的五年間，總發表數從130左右上升到270左右，基本上是翻了一番，可喜可賀 。但是，像Nat Med、Nat Genetics、Nat Immuno、NSMB、Cancer Cell、CSC、Mol Cell、Dev Cell、Neuron、Nat Neuro這些雜誌基本上沒什麼增長，有的還在下降，例如Nat Med 2017年還發了10篇，到2021年反而下降到6篇了。高速增長的是技術方法類、代謝、轉化醫學雜誌，NBT和Nat Methods合起來2017年一共發表6篇，到2021年度增長到34篇，Cell Metab從2017年的7篇上升到2021年的36篇，Sci Trans Med從2017年的8篇上升到2021年的31篇，也就是說過去5年130到270的增幅中，大量增長的論文是技術方法、代謝和轉化醫學，而基礎生物醫學研究腫瘤、免疫、神經、幹細胞、分子細胞等維持在增幅不大的一個區間。很難想像，國內學者2014年在Cancer Cell就發表過14篇研究論文，2021年論文發表數反而降到8篇。
傳統研究領域的論文不好發，大家從上面的數字也能感受到了。特別是，最近筆者注意到，無論是CNS還是其子刊，論文發表的臨床化傾向非常顯著，CNS發表純臨床論文已經比較常見了，子刊中特別是Nat Med基本上目前瀏覽下來就是臨床雜誌，幾乎大部分都是很直接的臨床試驗數據（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期臨床），Cancer Cell、Cell Stem Cell、Cell Metabolism也專門有臨床的版塊，比重還有可能在增加，比較好玩的是看上去偏重於臨床和醫學的雜誌反而在一直堅持主要發基礎研究，比如JCI。臨床研究的重要性毋庸置疑，但是基礎雜誌臨床化的傾向確實是值得關注和思考的問題。
有人說我們又在製造論文發表焦慮了。其實不然，三本比較受認可的OA期刊Nature Commnications、Science Advances、Cell Reports發表的國內生命科學相關的研究論文，從2017的210餘篇猛增到2021年的近800篇，這些增量未來是否轉移到本土期刊上呢，畢竟一篇將近5000美金的版面費還是太貴了一些，這也是一個非常值得深思的問題。如果本土雜誌逐步得到同行更多的認可（例如在人才項目和基金項目的評審中客觀對待），相信以後論文發表的焦慮是可以緩解一二的。另外，大子刊以上論文不容易發和科研人員快速增長的趨勢下，國產期刊正迎來屬於自己最好的時代（Cell Research和Protein & Cell這樣的本土雜誌還是太少了，儘管私底下同行還是各種詬病國產期刊），有人說國內期刊現在太多了，眼花繚亂，其實根本原因是過去太少了。廣大的朝氣蓬勃的中國生命科學屆，有足夠的空間未來能夠支持更多本土高水平期刊的發展。
其實這兩年生命科學領域最熱鬧的恐怕不是發文章，而且遍地開花的Biotech創投，微信圈的論文分享逐漸變少，XX教授融資千萬級別上億的新聞漸漸多了起來。越來越多的研究人員意識到發文章寫基金不是工作的全部了，開始充分運用課題組發現的疾病診療新技術、新靶點投身創新創業的大軍中，，即便過去堅決不開公司的PI在新形勢下也已經在創投圈頗有影響力了。教授創業趕上國內的大氣候，恰逢其時，值得鼓勵，在「實現高水平科技自立自強」的道路上充分施展了拳腳，這將有力的推動國內國內生物醫藥行業的轉型升級。生物專業研究生也有了更多的選擇，華山不止一條路，很多研究生或許也不像以前一心只為發表好文章，然後做博後，然後當PI了，因為博士畢業到BioTech就有不低的收入（一般30+起步），而且每年增長的幅度也是可觀的，何必再去苦苦花費5+N年憋大文章，畢業順利拿到學位想必是很大一部分研究生的想法。以上或許能解釋為什麼也來越多的導師在抱怨學生不如以前好帶了。另外，資本也在內卷，「me-too」到「first-in-class」再到「best-in-class」，引領還是跟隨，都是難題。每當國外投資圈放出一個新興領域重磅融資消息後，國內相關研究領域的課題組馬上就會門庭若市（比如2021年5月，美國一家環狀RNA初創公司融資1億美金後，圈內的反應）。可能在消息出來之前，大家聊天的時候還在說這個不靠譜，不願意投，消息一旦出來後就面臨的是想投而不得。投資圈或許也要想想怎麼開一代之風氣。
有些話題聊著聊著就扯遠了，回到當下，讓我們共同沐浴在新年的第一縷陽光中，滿懷信心的走向中國生命科學的春天。
最後，BioArt編輯部衷心祝願廣大科研工作者和各位關心支持我們的朋友元旦快樂！讓我們攜手共創全球華人生命科學美好學術家園！
附2021年度中國生命科學CNS列表
2021年Science
研究性文章28篇（含新冠1篇）
- Science背靠背 | 高福/施一等揭示靶向NS1的黃病毒廣譜保護性抗體作用機制
- Science | 顏寧/閆創業合作解析固醇感受器分子機制
- Science | 植物如何響應土壤硬度？上海交大張大兵課題組與合作者闡明植物根系響應外界土壤硬度的機制
- Science | 王四寶研究組揭示瘧疾媒介按蚊婚飛和求偶的奧秘——為研發蚊蟲綠色防控技術提供新思路和新方法
- Science | 施一公團隊首次報導激活狀態人源次要剪接體結構
- Qiao Jingxin., Li Yue-Shan., Zeng Rui., Liu Feng-Liang., Luo Rong-Hua., Huang Chong., Wang Yi-Fei., Zhang Jie., Quan Baoxue., Shen Chenjian., Mao Xin., Liu Xinlei., Sun Weining., Yang Wei., Ni Xincheng., Wang Kai., Xu Ling., Duan Zi-Lei., Zou Qing-Cui., Zhang Hai-Lin., Qu Wang., Long Yang-Hao-Peng., Li Ming-Hua., Yang Rui-Cheng., Liu Xiaolong., You Jing., Zhou Yangli., Yao Rui., Li Wen-Pei., Liu Jing-Ming., Chen Pei., Liu Yang., Lin Gui-Feng., Yang Xin., Zou Jun., Li Linli., Hu Yiguo., Lu Guang-Wen., Li Wei-Min., Wei Yu-Quan., Zheng Yong-Tang., Lei Jian., Yang Shengyong.(2021). SARS-CoV-2 M inhibitors with antiviral activity in a transgenic mouse model. Science, 371(6536), 1374-1378.（20210218，四川大學，楊勝勇、雷劍；中科院昆明動物所，鄭永唐）該研究工作報導了一系列高活性的全新結構新冠病毒Mpro小分子抑制劑，並從分子、細胞和動物三個層面詳細闡述了這些抑制劑的作用機理和抗病毒效果，從藥代動力學性質和安全性等方面證實該系列化合物具有開發成抗SARS-CoV-2病毒藥物的潛力。這也是首次公開報導的新冠Mpro抑制劑在SARS-CoV-2感染小鼠模型的實驗數據
- Science 突破！| 周斌團隊開發示蹤新技術發現成體肝細胞的真正來源
- Liu Ming., Zhang Jinyi., Pinder Benjamin D., Liu Qingquan., Wang Dingyan., Yao Hao., Gao Yubo., Toker Aras., Gao Jimin., Peterson Alan., Qu Jia., Siminovitch Katherine A.(2021). WAVE2 suppresses mTOR activation to maintain T cell homeostasis and prevent Autoimmunity. Science, 371(6536).（20210326，加拿大西奈山醫院，Siminovitch Katherine A；溫州醫科大學，Qu Jia）這項發現確定了WAVE2在抑制T細胞活化和效應子分化中的關鍵作用。WAVE2對T細胞活化的抑制作用不是由T細胞受體介導的，而是由其對mTOR與RAPTOR和RICTOR結合的抑制作用介導的。因此，可以通過mTOR信號傳導的藥理抑制劑改善小鼠模型中的自身免疫表型。
- Science丨田志剛團隊等發現天然淋巴細胞的骨髓外發育新路徑
- 專家點評Science丨新突破！徐彥輝團隊全面揭示轉錄起始複合物的工作機制
- Science突破！丨李超團隊破解花粉和柱頭相互識別的分子機理
- Science | 趙素文/張雁/趙惠民合作團隊揭示Z-基因組生物合成通路
- 專家點評Science丨徐彥輝團隊揭示完整轉錄起始超級複合物結構與功能
- Science亮點丨向華/李明團隊揭示護衛CRISPR-Cas的全新毒素-抗毒素RNA系統
- Liu Yunzhe., Mattar Marcelo G., Behrens Timothy E J., Daw Nathaniel D., Dolan Raymond J.(2021). Experience replay is associated with efficient nonlocal learning. Science, 372(6544).（20210521，北京師範大學/倫敦大學學院，柳昀哲）經驗回放與有效的非局部學習相關。
- Science | 「神奇動物在哪裡」——施鵬/蔣學龍/劉振聯合團隊報導新的具有回聲定位能力的哺乳動物豬尾鼠
- Science丨劉星團隊等揭示耶爾森菌誘導細胞焦亡關鍵機制
- Science丨陳玲玲團隊合作發現長非編碼RNA對細胞核仁結構和RNA聚合酶I轉錄的重要調控機制
- Science丨舒躍龍教授團隊發表H7N9禽流感研究新成果
- Science | 歐光朔課題組揭示RNA編輯影響蛋白激酶活性的普適性機制
- Science | 殷平團隊揭示線粒體外膜TOM轉位酶複合體組裝的分子機制
- Cai Tao., Sun Hongbing., Qiao Jing., Zhu Leilei., Zhang Fan., Zhang Jie., Tang Zijing., Wei Xinlei., Yang Jiangang., Yuan Qianqian., Wang Wangyin., Yang Xue., Chu Huanyu., Wang Qian., You Chun., Ma Hongwu., Sun Yuanxia., Li Yin., Li Can., Jiang Huifeng., Wang Qinhong., Ma Yanhe.(2021). Cell-free chemoenzymatic starch synthesis from carbon dioxide. Science, 373(6562), 1523-1527.（20210923，中國科學院天津工業生物技術研究所，馬延和）採用一種類似「搭積木」的方式，從頭設計、構建了11步反應的非自然固碳與澱粉合成途徑，在實驗室中首次實現從二氧化碳到澱粉分子的全合成。
- 專家點評 | Science突破！河南大學王學路團隊揭示光信號調控根瘤形成的機制
- Science | 杜嘉木/Steven Jacobsen/李思思合作團隊解析小RNA的生物合成機制
- Jiang Suyu., Jardinaud Marie-Françoise., Gao Jinpeng., Pecrix Yann., Wen Jiangqi., Mysore Kirankumar., Xu Ping., Sanchez-Canizares Carmen., Ruan Yiting., Li Qiujiu., Zhu Meijun., Li Fuyu., Wang Ertao., Poole Phillip S., Gamas Pascal., Murray Jeremy D.(2021). NIN-like protein transcription factors regulate leghemoglobin genes in legume nodules. Science, 374(6567), 625-628.（20211028，中國科學院分子植物科學卓越創新中心，Jeremy Dale Murray）該研究首次發現轉錄因子NLP家族調控根瘤中豆血紅蛋白基因表達的分子機制。
- 專家點評Science | 王曉群/吳倩解析人腦中間神經元多樣性的發育機制
- 專家點評Science | 張澤民課題組與合作者發表泛癌症T細胞單細胞圖譜
- Huang Kun., Wu Xiaoxian., Fang Chengli., Xu Zhougeng., Zhang Hongwei., Gao Jian., Zhou Chuanmiao., You Linlin., Gu Zhanxi., Mu Wenhui., Feng Yu., Wang Jiawei., Zhang Yu.(2021). Pol IV and RDR2: A two-RNA-polymerase machine that produces double-stranded RNA. Science, 374(6575).（中國科學院分子植物科學卓越創新中心，張余研、王佳偉；浙江大學馮鈺）該研究首次解析了植物Pol IV的結構，揭示了植物Pol IV-RDR2兩種RNA聚合酶組裝成的獨特複合物構造，並提出了Pol IV-RDR2以底物內部傳遞的機制實現雙鏈DNA為模板合成雙鏈RNA。
2021年Nature
研究性文章53篇（含新冠2篇），綜述1篇
- Nature | 孫金鵬/張岩/徐華強合作揭示黏附類受體GPR97感知糖皮質激素並激活Go的結構基礎
- Nature | 儲成才團隊揭示水稻低氮適應性的遺傳基礎
- Nature | 中外科學家首次重建所有現生哺乳動物共同祖先的基因組圖譜
- Wang Junyou., Wible John R., Guo Bin., Shelley Sarah L., Hu Han., Bi Shundong.(2021). A monotreme-like auditory apparatus in a Middle Jurassic haramiyidan. Nature, 590(7845), 279-283.（20210127，雲南大學/賓州印第安那大學，畢順東；雲南大學/Carnegie Museum of Natural History，John R. Wible）此項研究基於對哺乳動物中耳聽小骨連接關係的新發現，提出疊覆型砧骨-錘骨關節是中耳聽小骨與下頜脫離的關鍵一步，解決了哺乳動物中耳和聽覺演化研究中存在已久的難題。
- Nature | 任兵/嚴健等團隊系統探索基因組非編碼位點與遺傳疾病發生的分子機制
- Nature | 復旦表觀團隊揭示METTL3調控小鼠胚胎幹細胞異染色質形成機制
- Nature亮點 | 祁海課題組報導高親和力抗體篩選的新機制
- Nature | 王傳超等應用古DNA解析東亞人群形成史
- Gu Zhongru., Pan Shengkai., Lin Zhenzhen., Hu Li., Dai Xiaoyang., Chang Jiang., Xue Yuanchao., Su Han., Long Juan., Sun Mengru., Ganusevich Sergey., Sokolov Vasiliy., Sokolov Aleksandr., Pokrovsky Ivan., Ji Fen., Bruford Michael W., Dixon Andrew., Zhan Xiangjiang.(2021). Climate-driven flyway changes and memory-based long-distance migration. Nature, 591(7849), 259-264.（20210303，中國科學院動物研究所，詹祥江）自末次冰期以來，游隼的遷徙路線一直受到環境變化的影響。研究人員還用證據表明，游隼的遷徙距離受到一個遺傳因素的影響。
- Nature | 徐華強/張岩/蔣軼合作揭示神經遞質5-羥色胺受體的藥物作用和磷脂調節分子機制
- 郭紅衛點評 | Nature突破！福建農林大學熊延團隊揭示植物營養信號調控細胞生長的關鍵機制
- 專家點評Nature | 陳捷凱團隊揭示m⁶A閱讀蛋白YTHDC1通過沉默逆轉錄元件調控細胞命運
- Nature | 蘇冰團隊發現新型腸道間質細胞並揭示其在炎症過程中調控腸道幹細胞Niche的損傷修復機制
- Nature背靠背 | 突破！中科院分子植物卓越中心辛秀芳團隊揭示植物兩大類免疫通路協同作用的新機制
- Yuan Shuofeng., Yin Xin., Meng Xiangzhi., Chan Jasper Fuk-Woo., Ye Zi-Wei., Riva Laura., Pache Lars., Chan Chris Chun-Yiu., Lai Pok-Man., Chan Chris Chung-Sing., Poon Vincent Kwok-Man., Lee Andrew Chak-Yiu., Matsunaga Naoko., Pu Yuan., Yuen Chun-Kit., Cao Jianli., Liang Ronghui., Tang Kaiming., Sheng Li., Du Yushen., Xu Wan., Lau Chit-Ying., Sit Ko-Yung., Au Wing-Kuk., Wang Runming., Zhang Yu-Yuan., Tang Yan-Dong., Clausen Thomas Mandel., Pihl Jessica., Oh Juntaek., Sze Kong-Hung., Zhang Anna Jinxia., Chu Hin., Kok Kin-Hang., Wang Dong., Cai Xue-Hui., Esko Jeffrey D., Hung Ivan Fan-Ngai., Li Ronald Adolphus., Chen Honglin., Sun Hongzhe., Jin Dong-Yan., Sun Ren., Chanda Sumit K., Yuen Kwok-Yung.(2021). Clofazimine broadly inhibits coronaviruses including SARS-CoV-2. Nature, 593(7859), 418-423.（20210316，香港大學，袁國勇、Sun Ren；Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute，Sumit K. Chanda）治療麻風病的藥物氨苯吩嗪（clofamizine）在人類細胞和倉鼠模型中可有效對抗新冠病毒感染，且與瑞德西韋具有協同作用。
- Nature背靠背 | 吳皓、柴繼傑揭開炎症小體激活抑制之謎
- Nature | 生物鐘與黎明現象——胰島素敏感性的晝夜節律調節機制
- Nature｜填補領域空白！武漢大學孫蒙祥團隊發現植物受精新機制
- Mao Fangyuan., Zhang Chi., Liu Cunyu., Meng Jin.(2021). Fossoriality and evolutionary development in two Cretaceous mammaliamorphs. Nature, 592(7855), 577-582.（20210407，中國科學院古脊椎動物與古人類研究所，毛方圓；美國自然歷史博物館，孟津）描述了中國東北部早白堊紀熱河生物群發現的兩個哺乳形類物種的化石，雖然這兩個物種的親緣關係較遠，但它們都表現出掘穴的趨同演化特徵，同時也是首次在熱河生物群中發現的掘穴動物。
- Liu Yang., Makarova Kira S., Huang Wen-Cong., Wolf Yuri I., Nikolskaya Anastasia N., Zhang Xinxu., Cai Mingwei., Zhang Cui-Jing., Xu Wei., Luo Zhuhua., Cheng Lei., Koonin Eugene V., Li Meng.(2021). Expanded diversity of Asgard archaea and their relationships with eukaryotes. Nature, 593(7860), 553-557.（20210428，深圳大學，李猛；美國國立衛生研究院，Eugene V. Koonin）揭示了阿斯加德古細菌的多樣性及其與真核生物的關係。
- Nature | 張國捷團隊組裝狨猴二倍體基因組
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- Nature | 杜鵬課題組揭示胚層分化過程中的全局miRNA劑量控制機制
- Shi Gongle., Herrera Fabiany., Herendeen Patrick S., Clark Elizabeth G., Crane Peter R.(2021). Mesozoic cupules and the origin of the angiosperm second integument. Nature, 594(7862), 223-226（20210526，中國科學院南京地質古生物研究所，史恭樂）從距今1.25億年的中國泥炭中最新發現的幾百份植物樣本為有花植物（也稱被子植物）的起源提供了新的洞見。
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- 『BICCN專欄』Nature | 彭漢川/曾紅葵等報導分子定義細胞類型中單個神經元的形態多樣性
- Nature | 章新政/向燁合作揭示委內瑞拉馬腦炎病毒結合受體的分子機制
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- Zhang Zhiliang., Zhang Zhifei., Ma Junye., Taylor Paul D., Strotz Luke C., Jacquet Sarah M., Skovsted Christian B., Chen Feiyang., Han Jian., Brock Glenn A.(2021). Fossil evidence unveils an early Cambrian origin for Bryozoa. Nature, 599(7884), 251-255.（20211027，西北大學，Luke C. Strotz、張志飛、張紙亮）該研究宣告在陝南鎮巴縣發現了地球上已知最早的苔蘚動物（苔蘚蟲）化石，將苔蘚動物門的地質歷史從奧陶紀前推到寒武紀大爆發早期，將其起源向前推進了約5千萬年。
- Zhang Fan., Ning Chao., Scott Ashley., Fu Qiaomei., Bjørn Rasmus., Li Wenying., Wei Dong., Wang Wenjun., Fan Linyuan., Abuduresule Idilisi., Hu Xingjun., Ruan Qiurong., Niyazi Alipujiang., Dong Guanghui., Cao Peng., Liu Feng., Dai Qingyan., Feng Xiaotian., Yang Ruowei., Tang Zihua., Ma Pengcheng., Li Chunxiang., Gao Shizhu., Xu Yang., Wu Sihao., Wen Shaoqing., Zhu Hong., Zhou Hui., Robbeets Martine., Kumar Vikas., Krause Johannes., Warinner Christina., Jeong Choongwon., Cui Yinqiu.(2021). The genomic origins of the Bronze Age Tarim Basin mummies. Nature, 599(7884), 256-261.（20211027，吉林大學，崔銀秋；首爾國立大學，Jeong Choongwon；哈佛大學，Warinner Christina；德國馬克斯普朗克研究所，Krause Johannes、Ning Chao）研究團隊對乾屍進行了全基因組分析，證實塔里木盆地發現的這些自然保存的青銅時代乾屍屬於一支遺傳上獨立的本地人群。
- Nautre背靠背 | 植物生長素領域突破！福建農林大學等揭示生長素「酸性生長假說」的機制
- Nature | 3,366份種質材料測序分析，繪製鷹嘴豆遺傳變異圖譜，助力鷹嘴豆育種
- 專家點評Nature | 孫金鵬/高寧團隊合作揭示了癢覺感知的分子機制
- Nature | 泛素連接酶連續催化過程的結構機制—「化學捕獲」策略成功用於動態酶學過程的Cryo-EM結構解析
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- Nature | 中科院植物所研究團隊首次解析大麥葉綠體PSI-NDH膜蛋白超大分子複合物空間結構
- Nature | 陳婷組揭示成纖維細胞調控自身免疫疾病發生的機制
- Coelho Luis Pedro., Alves Renato., Del Río Álvaro Rodríguez., Myers Pernille Neve., Cantalapiedra Carlos P., Giner-Lamia Joaquín., Schmidt Thomas Sebastian., Mende Daniel R., Orakov Askarbek., Letunic Ivica., Hildebrand Falk., Van Rossum Thea., Forslund Sofia K., Khedkar Supriya., Maistrenko Oleksandr M., Pan Shaojun., Jia Longhao., Ferretti Pamela., Sunagawa Shinichi., Zhao Xing-Ming., Nielsen Henrik Bjørn., Huerta-Cepas Jaime., Bork Peer.(2021). Towards the biogeography of prokaryotic genes. Nature.（20211215，歐洲分子生物學實驗室，Bork Peer、Huerta-Cepas Jaime；復旦大學/歐洲分子生物學實驗室，Coelho Luis Pedro）基於全球微生物組（global microbiome)的概念，將地球上不同棲息地的微生物作為統一系統，運用人工智慧技術對1.3萬個公開宏基因組樣本進行挖掘，構建了迄今為止最全面的全球微生物基因目錄 （GMGC，Global Microbial Gene Catalog），為全球微生物組研究邁出了重要一步。該研究同時發現，大多數基因具有棲息地特異性，跨越多棲息地的基因主要富集在抗生素耐藥性基因和移動遺傳元件。
- 專家點評Nature | 何祖華團隊發現水稻廣譜抗病的免疫代謝新機制
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2021年Cell
研究性文章35篇（含新冠8篇），綜述3篇
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- Li Qianqian., Nie Jianhui., Wu Jiajing., Zhang Li., Ding Ruxia., Wang Haixin., Zhang Yue., Li Tao., Liu Shuo., Zhang Mengyi., Zhao Chenyan., Liu Huan., Nie Lingling., Qin Haiyang., Wang Meng., Lu Qiong., Li Xiaoyu., Liu Junkai., Liang Haoyu., Shi Yi., Shen Yuelei., Xie Liangzhi., Zhang Linqi., Qu Xiaowang., Xu Wenbo., Huang Weijin., Wang Youchun.(2021). SARS-CoV-2 501Y.V2 variants lack higher infectivity but do have immune escape. Cell, 184(9), 2362-2371.e9.（20210223，中國食品藥品檢定研究院，王佑春、黃維金；中國疾病預防控制中心，許文波；南華大學，瞿小旺）利用假病毒技術，對新冠病毒變異株進行系統功能評價與監測。
- Yeung Man Lung., Teng Jade Lee Lee., Jia Lilong., Zhang Chaoyu., Huang Chengxi., Cai Jian-Piao., Zhou Runhong., Chan Kwok-Hung., Zhao Hanjun., Zhu Lin., Siu Kam-Leung., Fung Sin-Yee., Yung Susan., Chan Tak Mao., To Kelvin Kai-Wang., Chan Jasper Fuk-Woo., Cai Zongwei., Lau Susanna Kar Pui., Chen Zhiwei., Jin Dong-Yan., Woo Patrick Chiu Yat., Yuen Kwok-Yung.(2021). Soluble ACE2-mediated cell entry of SARS-CoV-2 via interaction with proteins related to the renin-angiotensin system. Cell, 184(8), 2212-2228.e12.（20210302，香港大學，Yuen Kwok-Yung、Woo Patrick Chiu Yat、Yeung Man Lung）首次發現可溶性人類受體ACE2介導的新冠病毒進入細胞現象。
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- Liu Kefang., Pan Xiaoqian., Li Linjie., Yu Feng., Zheng Anqi., Du Pei., Han Pengcheng., Meng Yumin., Zhang Yanfang., Wu Lili., Chen Qian., Song Chunli., Jia Yunfei., Niu Sheng., Lu Dan., Qiao Chengpeng., Chen Zhihai., Ma Dongli., Ma Xiaopeng., Tan Shuguang., Zhao Xin., Qi Jianxun., Gao George F., Wang Qihui.(2021). Binding and molecular basis of the bat coronavirus RaTG13 virus to ACE2 in humans and other species. Cell, 184(13), 3438-3451.e10.（20210524，中國科學院微生物研究所，王奇慧、高福、齊建勛）表明RaTG13存在跨越種間屏障，感染其他動物的潛在風險，提示我們要持續對RaTG13等動物源性冠狀病毒進行監測，預防新的冠狀病毒引發疫情。
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- Zhou Hong., Ji Jingkai., Chen Xing., Bi Yuhai., Li Juan., Wang Qihui., Hu Tao., Song Hao., Zhao Runchu., Chen Yanhua., Cui Mingxue., Zhang Yanyan., Hughes Alice C., Holmes Edward C., Shi Weifeng.(2021). Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses. Cell,184(17),4380-4391.（20210609，山東第一醫科大學/山東省醫學科學院，史衛峰；雪梨大學，Edward C. Holmes；中國科學院西雙版納熱帶植物園，Alice Catherine Hughes）該研究描述了 2019 年 5 月至 2020 年 11 月期間從中國雲南省一個小地理區域收集的 411 個蝙蝠樣本的元轉錄組學研究。該研究確定了 24 個全長冠狀病毒基因組，包括四個新型 SARS-CoV-2 相關和三個SARS-CoV 相關病毒。
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- 1. Li Juan., Lai Shengjie., Gao F. George., Shi Weifeng.(2021). The emergence, genomic diversity and global spread of SARS-CoV-2. Natue. （20211208，山東第一醫科大學，史衛峰）總結了新冠病毒的爆發、基因多樣性和傳播。