這一集中，柯南又從阿笠博士那裡喜提了能夠增強腳力的鞋子以及帶有竊聽器的眼鏡，嗯，技能再次加分。
毛利小五郎帶著小蘭，柯南還有三個小鬼頭一行去東京都參加婚禮。在新幹線上，柯南因為將兩個黑衣人錯認成將他餵下變小藥的黑衣人，而聽到了一起可能發生的案件。
原來，兩個黑衣人與車上的一名乘客交易的有關黃金信息的黑色皮箱，但是皮箱中被黑衣人放入了能夠炸毀整個新幹線的炸藥，並且確定在固定的時間那名乘客一定會打開炸彈的按鈕。
根據兩名黑衣人所說的話，少年偵探團確定了那名乘客是坐在二樓禁菸車廂的。幾個小鬼頭來到那個車廂，發現車廂里有四個人，一位老爺爺，一名戴著金色勞力士在工作的乘客，一名大金鍊子大金表的社會大哥，還有一名小姐姐。到底炸彈在誰的手裡呢？
離炸彈爆炸的時間越來越近了，柯南為了讓新幹線上的乘客能夠安全轉移，想要向小蘭坦白身份的時候因為聽到三個小鬼頭關於窗外風景的討論，讓他確定了帶有炸彈的黑色手提箱在那個小姐姐的手裡。
就在小姐姐撥通電話，引發了炸彈的緊急關頭，柯南將那個帶有炸彈的手提箱踢出了新幹線。保住了車上乘客的安全。
原來，那兩名黑衣人與小姐姐交易的關於黃金的信息，在拿到錢的同時，他們也沒想讓小姐姐活著，在裝有黃金交易信息的黑色手提箱裡放入了炸彈，並且皮箱打開的方式要小姐姐在3點時候給他們打電話中告知，這樣就能確保炸彈一定會引爆。
幸好被柯南識破，小姐姐和兩名黑衣人也被警方順利抓獲。