1962年10月14日，斯蒂夫·海澤（Steve Heyser）少校駕駛U-2偵察機對古巴進行了偵察，並獲得了有關蘇聯SS-N-4中程彈道飛彈（MRBM）和SS-N-5中程彈道飛彈部署在古巴島上的確鑿證據。因此，U-2偵察機飛越行動增加到每天5次的高峰水平。
1962年10月27日星期六，蘭多夫·安德森少校在駕駛U-2偵察機飛越古巴時被一枚SA-2飛彈擊落。該型飛機的易受攻擊性再次以最引人注目的方式呈現出來。在這次擊落事件中安德森不幸喪生，這也促使有關方面對「牛車」項目再次重視起來；A-12飛機在運行狀態方面取得的進步使得它成為國家的最優先選項。
第5架飛機（125號飛機）於12月19日運抵51區，沒有配備發動機——但洛克希德公司至少滿足了該年度的時間進度要求。
在完成超過15000次雷達散射截面試驗後，1962年11月2日，122號飛機終於從雷達目標散射特性試驗場的柱子上被移除了，並且中情局項目辦公室對此進行了審查並通過了試驗評估。在其他方面，普·惠公司和漢密爾頓標準公司仍然存在問題，凱利對此已經感到十分無奈，並在11月14日指出：「由於缺少漢密爾頓標準公司的燃油控制裝置，交付工作實際上已經停止了；發動機的推力下降，油耗顯著上升。第一批發動機無法在75000英尺以上高度運行。他們展示了為重新提升性能而制定的計劃，但是直到1963年4月交付的19號發動機才滿足了性能要求。」
第4架飛機（124號飛機）是唯一的雙座教練機，與其量產型一樣，它原計劃由J58發動機提供動力。但是，鑑於發動機的持續短缺，洛克希德公司決定在其整個使用壽命期間裝備J75發動機。一旦飛行員完成檢查，他們就會在單座機上繼續以大馬赫數飛行。做出這個決定之後，該飛機（綽號「鈦鵝」）於1963年1月完成了首飛。
當中情局的一些飛行員第一次看到A-12飛機時，他們急於給「臭鼬」工廠的全新傑作賦予一個綽號。由於意識到洛克希德喜歡用天體給自己設計的飛機命名，傑克·威克斯想到了「天鵝座」這個名字，「天鵝座」是北半球上空的一個星座，位於銀河系中的「飛馬座」和「天龍座」之間。這個名字特別適合秘密的A-12項目，因為天文學家認為「天鵝座」可能包含著大自然中最神秘且看不見的天體——黑洞。