影片講述的，其實就是一個關於失落與找回的故事。
開篇：一條梭魚的突然襲擊，讓馬林失落了深愛的妻子和無限憧憬中的若干孩子，卻奇蹟般地遺落了一枚靜靜的魚仔，被馬林欣喜找回，他就是尼莫。
主線：尼莫不滿爸爸的否定與限制，孤身游向了深海，隨即被潛水人帶走。馬林眼睜睜失落了自己心愛的兒子，於是開啟了曲折艱辛的找回之旅。
結局：尼莫幾經周折回到了爸爸身邊，失落了對父親的怨念與恨意，找回了和諧融洽的父子親情。
插曲：馬林尋子途中偶遇後結伴的藍色刺尾魚多莉，是一條常常失落記憶的間歇性遺忘症患者，遇到馬林後，卻能對「謝爾曼，雪梨，沃拉比路42號」念念不忘，她說，遇見你，我似乎找回了靈魂。
其實，失落與找回的，何止這些！
一場災難，一場變故，成了馬林揮之不去的夢魘，當初勇闖大海的豪情蕩然無存，為了「絕不再讓你發生任何事情」的誓言，他變成了兒子尼莫眼中「大驚小怪」「害怕大海」的爸爸，幾乎足不出戶，必須得出趟門時也得反覆觀察試探。生活對他唯一的意義就是守護兒子尼莫的周全，他失落了豪勇之氣，也失落了樂觀之心，更失落了生活之趣。
活著對他，只是無限的擔憂與無窮的恐懼，因為生活處處充滿了無形的危險，他再也經不住一丁點意外。就這樣，他活著，只是為了兒子，兒子是他生命的唯一重心與全部意義。他失落了自己，作為以幽默著稱的小丑魚，他連個笑話也不會講。
兒子出遊被擒，他開始發瘋一樣地要找回兒子。拼命前游，鯊口逃生，大戰海蜇，鯨腹脫險……每一樣對他，都是驚天的挑戰，可他，都逆天地取得了勝利！他漸漸剝落了心底的恐懼，自信與勇氣，悄然回歸。
加在兒子身上的緊箍咒在海龜爸爸的啟發下，已漸漸鬆動，直至看到兒子奮力指揮群魚協力脫網，最後殘存的懷疑碎片終於完全脫落，他變成了熱情的啦啦隊員，「聽我兒子的，大家一起往下游！」「往下游！」「往下——游！」最後，當那句「真是好樣的，兒子！」脫口而出時，他或許自己也沒意識到，那個熱情勇敢的自己，又回來了。「難道爸爸我走遍了五湖四海，還不如你一個山迪叔叔知道的多嗎？」聽，驕傲與自信又也回來了！
一起回來的，還有生活的寬度與溫度，他開始敞開心扉，去關心兒子以外的人，比如多莉。
最後，他終於講出了那個笑話最好的結局：有這麼好的朋友，還要敵人幹什麼。真好，開放包容與自信一起回來了。
所以，縱觀影片，與其說是馬林在尋找兒子，還不如說他在尋找自己，憑著他的堅毅、頑強、專注、熱忱，他找回了失去的兒子，也找回了失落的自己。
其實，尼莫從迷茫苦悶弱小無助到自信堅強智勇雙全，難道不是在一點點找回自己嗎？還有無數次出逃無數次失敗的關刀魚吉哥，在助力尼莫的同時不也找回了自己幾乎快要失落的夢想了嗎？最溫暖的是，影片的最後，他帶領魚伴們，還成功實現了夢想，獲得了自由。
《海底總動員》，與其說是一個故事，還不如說是一個隱喻，啟迪著現代人去思考我們是如何漸漸迷失了自己，又該如何一點點找回。
願你我，都能在人生路上與自己闊別重逢。