國際科學理事會（International Council for Science，ICSU）發布的《出版慣例、指標及同行評審在研究中的角色》提出，公平、公正、嚴謹的評審是保證科學出版和科學評價質量的重要因素。國際科學編輯委員會（The Council of Science Editors，CSE）提出論文評審中應該遵守的原則包括：
1）對論文內容保密；
2）建設性批評意見；
3）審稿人具備相應的學術能力、公正和誠實、披露利益衝突、審稿時效和回應。
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同行評審不當行為的表現形式如下：
1）以學術權威身份打壓超越自己的創新、打壓潛在對手，試圖控制學術領域；
2）違背評審的保密性；利用保密信息來獲得個人或職業的利益；
3）使用所評文件的觀點；
4）提出帶有個人偏見的批評意見；
5）評審中不如實地敘述事實；
6）不公平地批評競爭者的工作；
7）提出可能支持評議人自己工作或假定的變動；
8）沒有披露可能會被排除評議程序的利益衝突；
9）不合理拖延評審過程。
研究論文提交給期刊評審後，作者、編輯、審稿人、出版商都應該遵守保密規則，不得對外公布、暗示或披露論文內容、作者、編委或評審意見等重要信息。有研究者認為評審中存在「黑匣子」問題，為解決評審不透明狀況，近年來在開放評審策略上有些新的實踐和嘗試。
Springer Nature於2018年10月推出出版前作者服務平台—— In Review，開放展示投稿、評審和編輯流程。In Review使用透明的編輯檢查清單幫助作者展示自己論文的學術誠信承諾；提供詳細的同行評審時間表，讓作者在稿件送出評審後可實時查看該稿件狀態；稿件在評審過程中也能隨時將之與人分享，和其他同行討論；提早分享論文可能帶來新的獲益——提早獲得引用和合作機會。In Review能讓科學共同體深入了解特定稿件的同行評審流程，關注和評論新出現的科學思想。
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什麼是利益衝突
當研究成果因經濟、職業發展等次要利益的介入，而可能產生偏頗，就是所謂的利益衝突。
利益衝突並不總是指向學術不端。挑明稿件背後的種種關係，和尊重讀者的知情權，目的都是讓科研儘可能的透明與公正。
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哪些人需要披露利益衝突
一些例子
1）論文作者及其單位的專利、專利申請可能會因文章發表而獲利；
2）文章發表之後可能會對項目金主的營收產生影響（一切提供設備、差旅費用、勞務報酬等物資的第三方機構都可以被定義為金主）；
3）論文作者及其親友持有的股票等流動資產的價值可能因文章發表而變化；
4）項目成員中有來自可能因文章發表而獲利的機構員工或前員工；
5）文章發表與否會對審稿人在同領域的研究成就產生影響；
6）審稿人掛了名譽顧問、名譽董事等頭銜的企業可能因文章發表而得到收益······
多數主流期刊依照國際醫學期刊編輯委員會（ICMJE）的建議給利益衝突下定義，由於各家期刊有著細數的差別，所以無法在此逐個例舉。
如果實在不能分辨到底有沒有利益衝突，不妨參考Nature給出的建議：「如果你在論文發表後被人揪出沒聲明過的財務關係，並會為此感到難堪，那你可能就涉及了利益衝突。」
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