1382年，朱元璋平定雲南之後，為了鞏固雲南，明朝開始在雲南部署大量的軍事衛所，從而把雲南徹底納入到版圖中。對於中原王朝來說，雲南屬於邊疆地區，或者蠻荒之地。這裡是山高皇帝遠，很難控制的地方。因此，想要控制這裡，必須要有一個完善的系統，以及大量的財力。而布政司是雲南的最高行政機構，它是政治，經濟，文化，交通，軍事等各方面的中心。
在中國的地理中，以中原地區為中心，向四周輻射，四周被稱為蠻夷之地，這就衍生出朝貢體系。隨著時間發展，中原地區的範圍不斷擴大，最後形成如今的版圖。被山川河流分開的中國地理，每個地區都有一個核心，它是該地區的重要樞紐。而雲南府是明朝在雲南設立的核心區。身處邊疆的雲南，行政劃分和中原地區一樣，同時也存在大量的土司。
在雲南的統治中，明朝採取了：承制建宮，大軍鎮焉的統治政策，並且設立大量的軍屯衛所，還往這裡大規模移民。明朝在雲南的統治區域中，有三個部分，一個是以漢族為主的地區，制度和中原的一樣。這是明朝統治最為牢固的地方。一個是土流混合區域，族群有漢族，也有少數民族。這裡既有府州縣，也有土司，屬於混合區。還有一個是以少數民族為主的地區，也稱羈縻地區。這裡只有土司制度，屬於自治州，權力比較大，也是明朝控制力比較弱的地方。
這些地方，核心區有雲南府，澄江府，曲靖軍民府，尋甸軍民府，武定軍民府。這些都是明朝的核心區，也是漢族的主要地區。拱衛區有大理府，廣南府，永寧府，麗江軍民府，元江軍民府等等，這些地方是混合區。羈縻地區有車裡軍民宣慰使司，木邦軍民宣慰使司，孟養軍民宣慰使司，緬甸軍民宣慰使司，八百大甸軍民宣慰使司，寮國軍民宣慰使司等等，這些都是明朝的羈縻地區，土司制度比較強，明朝的控制力相對弱一些。
朱元璋時期，出兵雲南，經過藍玉，沐英，富友德等將領的努力，最終平定雲南的叛亂。在此之後，明朝開始對雲南進行衛所的建設，統領衛所的是都指揮使司。整個明朝中，不同時代，在雲南建設的衛所數量也不同。比如洪武年間，在滇中五府的核心區域中，設立了19衛13所。在明朝的衛所制度中，一衛等於5600人，一所等於1120人。一般來說，一府會設置一個衛，用來守護該地區，如果重要的地區，還會增加。
縱觀整個雲南，有兩個重要區域，分別是環滇池中心和環洱海中心。從大理遷到昆明，也把中慶府改成雲南府。雲南的衛所，經過洪武，永樂，萬曆三個時間的變化，到萬曆年間，是最多的。以雲南府為例，它的管轄內，共有6衛36所，分為為雲南左衛，中衛，右衛，前衛，後衛，廣南衛。有3衛布防在雲南府的東邊，分別是左衛，後衛和廣南衛。有2衛布防在雲南府西南，分別是右衛和前衛。中衛布防在雲南府東北。
這樣布防，主要是雲南府位於滇池北岸，南北各開一門，東西各開二門。由於地理位置，雲南府城被稱為「龜城」。府城周邊有許多山，它們包圍著雲南府城。而雲南和中原連接的道路，被稱為「湖廣普安路」。在雲南，有不少重要的關卡，它們控制著道路的暢通。比如宜良，在古代，它能控制雲南通往越南的道路，以及抵達廣西的通道。只要守住這裡。就很難進入到雲南府，繞到其他方向，則比較遠。
明朝根據云南的地理環境，在一些重要的地區，部署重兵把守。讓明朝牢牢地掌控著雲南，處於絕對的控制。但明朝時期，雲南更大，很多地方都位於緬甸和寮國，以及泰國北部地區。它們是明朝的土司，是屬於明朝的，可惜控制力不夠強，離心力比較嚴重。到清朝時期，這些地方已經脫離，清朝也無法拿下，最後形成今天的邊界線。