咸豐帝死後，慈禧母憑子貴成功當上了太后，與慈安平起平坐，慈安被尊為「東太后」慈禧則被尊為「西太后」。之後，兩宮太后聯合恭親王和其他大臣成功發動「辛酉政變」，誅殺了顧命八大臣，開啟了「垂簾聽政」的時代。慈禧為了將權利牢牢地把握在手裡，不惜推遲自己的兒子大婚的時間。慈禧對待自己的親生兒子尚且如此，那麼對待自己的父母如何呢？
慈禧的父親名叫葉赫那拉·惠征，監生出身，因此所擔任的職務並不高，是個沒品級的吏部小官。惠征的工作主要就是將漢語寫的奏章翻譯成滿語或者將滿語寫成的奏章翻譯成漢語，因此惠征在這個職位熬了八年才混成個八品小官，之後又熬了九年才成功當上了個從五品的員外郎。當上員外郎後，惠征終於迎來了他人生中的巔峰時刻，由於道光帝的青睞，他在短短一個月內，由一個從五品的員外郎，連升三級，一躍成為正四品的道台大人。
咸豐二年，惠征的女兒，也就是後來的慈禧被成功選中為秀女，操辦完女兒進宮事宜後，惠征前往安徽上任。咸豐二年末，太平軍攻克武漢三鎮，順流而下，準備攻打安徽，惠征見狀立馬將自己的家眷送往別處。咸豐三年初，太平軍開始進攻安徽，惠征擅離職守逃往江蘇鎮江避難被咸豐帝下旨革職，不久便病死於鎮江。慈禧掌權後，追封自己的父親為三等承恩公，諡「端恪」，並且將自己娘家家族抬入了上三旗的鑲黃旗。
關於惠征死後，野史還記載著一則「三百兩恩情」的虛構故事。說的是惠征死後，慈禧和妹妹一同前往鎮江為自己的父親扶柩回京，由於年少不諳世事，帶去的錢財很快就用光了，只能將喪船停在清江浦上。而湊巧的是，清江浦還停著另一艘喪船，喪船上的人是當地清江浦縣令吳棠的好友，於是吳棠派人送入三百兩白銀做為奠儀，結果那送錢的人卻誤把三百兩送到了慈禧的船上。吳棠得知消息後，當即把送錢的人臭罵了一頓，但這奠儀送出去可不好要回來啊，於是吳棠只好做個順水人情，去到慈禧父親的柩前拜祭片刻。之後，慈禧對妹妹說，他日我們如能得志，絕不可以忘此大恩。慈禧掌權後，一直沒忘記吳棠的恩情，將他提拔為四川總督。
慈禧的母親富察氏有關的史料記載很少。在她六十歲大壽時，慈禧沒能及時趕回去，於是作了一首詩，派人送給母親，表達對母親的思念與感恩之情，這首詩就是《祝父母詩》，內容為:世間爹媽情最真，淚血溶入兒女身。殫竭心力終為子，可憐天下父母心！其中最後一句「可憐天下父母心」，更是為後世所傳唱。
富察氏死時，出殯場面極其宏大，沿途建造了上千座祭棚，每座都價值千金，軍機大臣李鴻藻因為沒能前去祭拜，引起了慈禧的不滿。
慈禧還有一個妹妹和三個弟弟。慈禧的妹妹後來嫁給醇親王，生下四兒一女，其中一個正是後來的光緒帝。而慈禧的三個弟弟史料記載過少，只知道大弟在光緒七年時逝世，二弟活到了民國時期，三弟則下落不明。