在古籍對沉香的描述中，最令人印象深刻的就是「中心及節堅黑者，置水中則沉」，所以導致現代人一度認為沉香是黑色的。隨著深入了解，其實黑色的沉香反而並不多見，不僅如此，還有黃色、綠色、棕紅等顏色，那麼這些不同顏色的沉香有什麼區別呢？
黑色沉香：拋開假沉香不說，表面黑亮堅硬的沉香一定是油脂豐富，且經過長時間的醇化。雖然黑色香脂的沉香分布最普遍，但能形成這種如書中所述有著堅黑沉水品質的沉香卻極為罕見，在馬來被稱為「香寶」。
棕紅色沉香：棕褐色中帶點暗紅的油光，這種顏色的沉香雖不常見，但也並不罕見，有關電腦認為這是由黑色結香的沉香醇化轉變而來的。這種顏色在巴布亞、伊利安等新產區的沉香里能夠看到。傳統產區中，除了紫奇楠和紅土會外，幾乎不見油脂中帶點暗紅的沉香。
黃色沉香：有些沉香的顏色非常淺，呈土黃色，如泛著琥珀那般溫潤的光澤，定是不錯的品質，這樣的上乘沉香在古代被稱作「黃蠟沉」。黃蠟沉是蜜香結香的典型，香氣幽甜純美，氣息綿緩舒長。
暗綠色沉香：泛著暗綠光澤的沉香也被認為是上等沉香的標識之一，在古代，最上等的奇楠就被形容為「鶯歌綠」。此外，汶萊沉香中不少都是帶有這種特徵的，但看不十分明顯，放在一起對比，就辨識出幽幽的綠色光澤。其實，這也是蜜香結香所呈現出的一種顏色效果。
關於各種土沉的顏色：土沉沉香中有一種被稱為「紅土」，因採集自紅色土壤而得名，同理，還有來自黑色山石土壤的「黑土」和黃色砂石土壤的「黃土」，這些沉香的表面顏色也都帶有些許各自土壤顏色的特徵，但是並不十分明顯，不能單以顏色來區分。
總之，沉香的顏色其實也是其中油脂的顏色，受樹種、環境、土壤等多種因素影響，雖在一定程度上能反應出香型的不同，但在品質是並不是判斷優劣的主要因素。