1572年5月的議會會議上，出現了不少關於瑪麗知情參與這場陰謀的聲音。在接下來的幾個月中，人們向伊莉莎白直白地建議，如何處理這個「預謀毀滅女王陛下」的傢伙。「我們並不這麼想，」請願者們說，「但是女王堅稱如果瑪麗不是因最不可饒恕的罪行而獲罪，她將無法直面上帝。」「現在已經沒有偏袒或寬恕的餘地了，因為瑪麗已經和大衛王放蕩的兒子一樣犯下累累罪行：通姦、謀殺、反叛、叛國、瀆神。她已經將上帝和所有的良善全部忘記，心中充滿了陰謀算計，只為讓陛下身敗名裂，甚至想要謀害您的性命。」
人們就伊莉莎白為何拒絕殺害瑪麗做出了一些猜測。瑪麗非英國臣民的身份與這個決定關係不大，而她的皇室地位也不能抵消她一再犯下的罪行，更何況殺害罪名在身的前代君王的先例也不在少數。就連可敬的約書亞都曾同時處死5位國王……最後士兵用腳踩著他們的脖子，將頭顱砍下。然而伊莉莎白仍不願犧牲瑪麗，而是選擇處死諾福克公爵來安撫自己的臣民。作為瑪麗的表親和同代君王，女王似乎已經將保護瑪麗視為自己的公共義務。那麼兩人私下的關係究竟如何呢？兩人通信保存了下來。儘管通篇有不少外交辭令和客套之語，但不難看出瑪麗旅居英格蘭期間，兩人的關係逐漸惡化。
最開始，瑪麗表現得很是感激，「感謝我到達英國以來受到了禮遇和接待」，但即使是當時，她也表現出了些許抱怨。沒過多久，她就開始抱怨自己的僕人在英國邊境受到搜查，又因為相信伊莉莎白支持自己在蘇格蘭的敵人的流言，宣稱「我如今的遭遇讓我不敢將一切向你坦白」。在被監禁的第10年左右，瑪麗曾指責道：「我曾經選擇了相信你……我遵從了你的建議，像女兒對待母親一樣順從你的想法，我無法理解自己受到的冷漠對待。」批評和含沙射影的威脅無法打動了伊莉莎白，但是瑪麗沒有退縮：「我懇求你，不要逼我改變對你的態度，現在我們還是血脈相連的親人。」她接著寫道：「我要尋求你的幫助，否則我將不得不根據上帝的指引尋找它。」
伊莉莎白不是默默忍讓或允許他人談條件的君王，進入16世紀70年代，她對沉不住氣的瑪麗越發不耐煩。這位英格蘭女王提醒瑪麗她已經「忘記了一位心懷善意的親人應該做的事情」，並且明確表現出對瑪麗信中的「混亂糊塗」的言辭的不滿。伊莉莎白建議道：「你身處困局，何必相信愚笨粗人傳播的謠言或挑事者們的惡意中傷，對我充分信任才是明智之舉。」1572年2月，伊莉莎白收到瑪麗滿是尖刻惡毒話語的長信，伊莉莎白提醒她的表親「通過惡毒的話語換取他人的善意是粗鄙無禮的」。隨著來自伊莉莎白的回信逐漸減少，瑪麗大發脾氣，她在1574年1月的信中寫道，她已經很久沒有給伊莉莎白寫信，「因為害怕被認為有意糾纏你，因為我最近的信件似乎不值得你回復」。
兩人間憎恨的情緒不斷醞釀，瑪麗自身重新奪回蘇格蘭王位的可能性日漸消退，而兒子對自己的日益疏遠更讓她心碎。瑪麗的心境因此進一步惡化，於是針對伊莉莎白的陰謀報復又一次爆發。1583年，特羅克莫頓爆發了叛亂，他們幻想吉斯公爵率領的外國入侵勢力將伊莉莎白趕下王位。至於瑪麗是否知情或是參與多少則很難判斷，但她的主要支持者們顯然參與其中。這次叛亂讓伊莉莎白的子民受到震動，1584年，數千人發起《結盟書》聯署，他們立下誓言，決心嚴懲任何試圖暗殺伊莉莎白的陰謀推手，並讓這個人付出生命的代價。
1585年3月，瑪麗自稱「你謙卑且滿懷深情卻孤立無援的妹妹兼表親」，給伊莉莎白寫了一封信。顯然此時瑪麗已經絕望到了極點。她在信中控訴自己那「昏了頭的孩子」以及那些長年試圖讓孩子與自己疏遠的人。她寫道，她非常樂意放棄成為伊莉莎白繼承者的想法，並提出希望離開英格蘭島前往僻靜之處隱居。
瑪麗的敵人絕不會允許這樣的想法實現。1586年的巴賓頓陰謀讓他們有了擊倒伊莉莎白的武器。這又是一場以殺害伊莉莎白並由瑪麗取而代之為目標的密謀，絕非說說而已。但是，當政府對計劃風聲有所耳聞之時，他們並未立即採取行動，而是滲透進反叛者之列，確保幾條和瑪麗聯繫的線路保持通暢。與瑪麗來往的書信被藏在啤酒桶里運往查特里宅邸，這些信件被抄錄下來，必要時人們會將解碼後的信息送給伊莉莎白情報機構的頭目弗朗西斯· 沃爾辛厄姆。7月6日，安東尼·巴賓頓在信中告知瑪麗自己的計劃時，沃爾辛厄姆已經知曉一切。7月17日瑪麗的回信讓沃爾辛厄姆心中竊喜。瑪麗表明自己清楚現在「已然萬事俱備」，不反對他們「發動這場行動」。
事情敗露後瑪麗受到審問，幾個月過去了，當年10月的一次委員會議上被判有罪。審判結束後，議會舉行一次會議。一位發言的議員簡潔地闡明了大多數人的觀點：現在是時候名正言順地結束這個邪惡、下流女人的生命了。人們紛紛請願處決瑪麗，甚至正面反駁了伊莉莎白的反對意見。「那位蘇格蘭女王只是你血緣關係淡薄的表親，而我們是你的子民，你既是這片土地的母親，也是獻身於它的妻子。」
如果伊莉莎白拒絕採取行動，將引發可怕的結果：饒恕這個女人，你不僅縱容鼓勵了上帝、女王以及王國的敵人，同時也將惹怒你親愛的子民，在他們的心中籠罩上絕望的陰雲，最終你將遭到相應的沉重報復，並且背負上帝的怒火。伊莉莎白又一次搪塞規避不願給出最終意見。11月24日對請願做出直接回復時，她解釋道：「這次講話前，關於自己應該發表意見還是保持沉默，我經歷了比一生中任何時候都艱難的心理鬥爭。」
現在，對她應該如何處理瑪麗，她只能給出一個「無言的回答」。或許這是伊莉莎白真實的困惑和混亂，也有可能是做出最終決定前表現自己仁慈之心的手段，但是幾乎沒有人懷疑這件事的最終結局會有任何改變。12月4日，瑪麗的死刑授權令已經起草完畢。同月，心灰意冷的瑪麗對伊莉莎白寫道：「你可以按照自己的想法選擇相信或者懷疑我的言論。我決心在且只在上帝面前證明自己的存在，也只有上帝在自己經歷的那麼多誹謗、指控以及譴責中一直支持著我。」她將自己稱為「即將犧牲的殉道者」，終於將結束自己漫長疲憊的生命之旅。
我們只能對伊莉莎白在那些躊躇時光里的真實想法做出猜測。請願者們從法國和蘇格蘭趕來為瑪麗說情。瑪麗在宮裡的敵人越來越沉不住氣，2月1日，伊莉莎白終於簽署了瑪麗的死刑授權令。她聲稱已經告知自己的國務大臣保管好這份文書，但又表現出自己不願意再聽到任何和這件事有關的消息。更令人疑惑的是，有人建議瑪麗的獄卒可以悄無聲息地結束她的生命，但是國務大臣拒絕了這一提議。儘管仍有種種不確定因素，樞密院做出最終決定，並將死刑授權令遞交關押瑪麗的福瑟陵格城堡負責人。2月8日，瑪麗被處死。那天中午喪鐘長鳴，慶祝的篝火在倫敦燃起。但此時的伊莉莎白已陷入潮水般的悲傷，她對那些下決定將死刑授權令送往城堡的大臣們大發雷霆。或許這是她發自內心的悲傷，或許只是一時的作秀，又或許是對這一與自己多少有些關係的行動感到內疚。
從那一天至今，人們對瑪麗的態度評說顯得有些兩極分化。理察·克朗普頓在瑪麗受刑後不久寫道：「她是對現實不滿的臣民唯一的希望，她是所有惡行的行動基礎，她是一切叛亂和謀反的根源。」耶穌會會士羅伯特·索斯維爾則不這麼看，他在自己的一首詩里為瑪麗發聲：「生是女王，死為聖徒；曾名瑪麗，今往殉道；塵世江山，何其隔阻；榮歸天國，福音逍遙。」
可以想見，喬布·特羅克莫頓聲明：毫無疑問，在福瑟陵格發生的是一件正確的事情。但是他沒有就此收斂自己的脾氣。瑪麗死後僅幾個星期，他就將自己的目光瞄準外交政策，並且開始對全歐洲的政治發表憤憤不平的譴責。當時西班牙在歐洲到處樹敵，因此我們可以推測，沒有人介意這位議員將西班牙的統治者們稱為「亂倫婚姻生下的雜種」，但是他語言攻擊友好鄰國的行為則顯得不太明智。他對蘇格蘭被如此年輕且反覆無常的人統治深表憂慮，他對法國的攻擊則讓其他幾位議員幾近窒息。他斷言法國國王輕率魯莽得令人害怕，他簡直就像是一個神志恍惚、無法自控的瘋子，不過人們對凱薩琳·德·美第奇的後人又能期望些什麼呢？
這段時期，人們認為特羅克莫頓的毒舌不合時宜。人們斥責他的犀利言辭為「下流且褻瀆神明」，建議他最好不要對女王說三道四，發表自由言論的同時也要充分考慮到女王。這些警告特羅克莫頓的人早就想到了這些禮數問題，但又有誰為蘇格蘭女王瑪麗如此考慮過呢？
（內容來源《伊莉莎白一世》）