公元1206年，蒙古乞顏部首領鐵木真統一草原，建立了大蒙古國，並自封為成吉思汗。蒙古國建立後，成吉思汗和其手下將士開始東征西討，相繼攻占西夏、金朝、花剌子模等國家。成吉思汗死後，其繼承人窩闊台、貴由、蒙哥等也繼續延續征服之路，先後滅掉40多個國家，最終建立了面積達3300多萬平方公里、橫跨亞歐大陸的超級帝國。
然好景不長，蒙哥死後，其弟忽必烈和阿里不哥為爭奪汗位大打出手。雖然這場內戰以阿里不哥戰敗投降結束，但統一的蒙古帝國也逐漸分裂為元朝和四大汗國（欽察汗國、察合台汗國、窩闊台汗國、伊利汗國）。
其中，察合台汗國是由成吉思汗次子察合台建立，疆域大約包括今新疆及中亞地區。察合台死後，因為各方勢力的鬥爭，在繼承人問題上也是紛爭不斷。14世紀，分裂為東察合台汗國和西察合台汗國。公元1362年，突厥化的蒙古貴族帖木兒起兵反叛，相繼降伏東、西察合台汗國後建立了帖木兒帝國。帖木兒本人雄心勃勃，頗有恢復成吉思汗時期蒙古榮耀的志向，建立帝國後不斷擴張領土，先後與波斯、金帳汗國、奧斯曼帝國等交戰，最終形成東起北印度，西達小亞細亞，南瀕阿拉伯海和波斯灣，北抵裏海、鹹海的大帝國。
公元1404年，帖木兒率領20萬大軍來到哈薩克斯坦，準備從這裡進軍新疆，繼而進攻中國明朝。不巧的是，就在次年，帖木兒突發瘧疾而死，東征計劃被迫流產。帖木兒的死，讓帝國又陷入了內亂之中，他的兒子們為了爭奪汗位又繼續開打。最後第四子沙哈魯奪取蘇丹之位。沙哈魯死後，帖木兒帝國逐漸衰落。直到1500年，被中亞的烏茲別克遊牧民族滅掉。
帝國雖然滅亡，帖木兒家族依然存息。帖木兒的六世孫巴布爾，經過多年在中亞的失敗流亡之後，轉而南下印度，劍指南亞次大陸。多年的流亡生涯，鍛鍊了巴布爾的戰爭才能，經過長達八年的征戰，在1526年打敗了統治印度320年的德里蘇丹王朝，建立了莫臥兒帝國（「莫臥兒」波斯語是蒙古）。就這樣，消逝於中亞的蒙古帝國餘暉，又重新閃耀在了印度大陸。
1530年，47歲的巴布爾英年早逝，其後代繼續南進，先後平定了南方幾個王國，版圖真正囊括了整個南亞次大陸。巴布爾之孫阿克巴在位時，為了鞏固國家統治、防止地方割據，在中央設立宰相、財務等大臣加強中央集權，地方上劃分了十五個省，並派駐總督、司法、財政等官員管理具體事務，剝奪了原來貴族王公的權力。同時重新丈量國家土地，改革稅賦制度。為了緩和民族矛盾，阿克巴還對本地的統治階級實行懷柔政策。宗教上也比較寬容，尊重宗教信仰自由。從此，莫臥兒帝國逐漸步入了黃金時代。
阿克巴的改革雖然使帝國走向了鼎盛，但並未解決根本問題，內部種姓制度依然存在，高官貴族們在統治區域內大肆兼併土地，橫徵暴斂。普通百姓依然生活在上層的壓迫剝削之中，反抗運動迭起。外部中亞地區遊牧民族虎視眈眈、侵擾不斷。第六位皇帝奧朗則布死後，後續幾任統治者都是昏庸之輩，莫臥兒帝國內部開始屢屢發生宮廷政變，各省的總督也趁機紛紛割據自立。
進入18世紀之後，世界格局發生變化，西方列強興起。早在1600年，英國就成立了東印度公司，開始殖民印度。1764年10月，英屬東印度公司和莫臥兒帝國在布克薩爾（今印度比哈爾省）地區進行了一場戰役。英方7000餘人兵力以少勝多擊敗了莫臥兒和孟加拉數萬聯軍，莫臥兒皇帝沙阿蘭姆親自投降英國人。從此，莫臥兒皇帝正式淪為英國的傀儡。
公元1849年，英國吞併了旁遮普地區，莫臥兒帝國徹底成為英國的殖民地。1857年，印度人民爆發了反英起義，末代皇帝巴哈杜爾·沙二世為擺脫控制，也發文號召起義。同年9月，起義失敗，巴哈杜爾皇帝向英國人投降後，被殖民當局流放至緬甸仰光，莫臥兒王朝正式滅亡。