1644年，崇禎自縊，北京陷落為明朝滅亡
傳統觀點認為，一個王朝滅亡的標誌是主要都城易主和當朝皇帝喪失皇位或生命終結。按照這一標準，明朝滅亡的時間毫無疑問就是1644年，這一年三月，李自成攻占北京，崇禎皇帝在北京自縊身亡。
之後清朝入關後， 刻意地強化了明朝亡於李自成的觀點，以強化自己奪取的天下不是從明朝，而是從李自成的手中奪取過來的。清軍入關是為了給崇禎皇帝復仇，而奪取天下只不過是對這場復仇的犒賞。
後來清朝主持編修的《明史》，便是以崇禎皇帝自縊為終點。
但這個觀點有很大的問題。1644年李自成攻克北京之時，明朝仍然占據淮河以南的大片領土。而且明朝的留都南京的官員很快就選擇朱由崧作為新的皇帝，大明作為一個政權，仍然存在。所以許多人認為1644年明朝並沒有滅亡。
1645年，弘光帝朱由崧被俘，南京陷落
清軍在南下消滅李自成軍隊後，便調轉槍口，對準了盤踞在南京的弘光政權。
福王朱由崧作為明朝南京留守官員在崇禎帝自縊後，擁立的新天子，毫無疑問在當時仍然在明朝統治的區域擁有無可置疑的合法性。弘光皇帝朱由崧完全可以作為崇禎帝朱由檢的繼承人。而且弘光皇帝治下，明朝仍然有半壁江山，基本做到了與北方的清朝劃江而治。
朱由崧為首的弘光政權覆滅後，雖然明朝殘餘勢力仍然占有福建、兩廣、湖廣等部分地區，但此時這些殘餘勢力事實上已經喪失了一個統一的中央政府。雖然在朱由崧之後，仍然存在有隆武、邵武、魯監國和永曆中央政府。但這所謂的明朝中央，基本都是受制於擁立自己的武將，根本無法像過去的明朝中央那樣，可以指揮調動所轄範圍內的各方勢力。
因此弘光政權作為明朝最後一個仍然在地方有一定影響力的中央政權，其滅亡標誌著明朝的滅亡，是有一定的合理性。
1659年、1661年與1662年，永曆政權崩潰
大部分的明史愛好者以及部分的專家學者，都認為明朝的滅亡應該算在1661年或者1662年。因為這是南明最後一任皇帝永曆皇帝及其政權崩潰的時間。
1659年是永曆皇帝在清朝軍隊的進逼下，率領直屬於自己的所謂永曆中央朝廷官員逃亡緬甸。部分學者認為，永曆君臣逃亡緬甸，意味著明朝徹底退出了中國大陸地區，以此作為明朝滅亡的時間。但此時永曆君臣還在，支持永曆的李定國軍隊仍然還在中緬邊境活動，因此以1659年為明朝滅亡時間的人並不多。
1661年為永曆君臣在緬甸遭遇「咒水之難」，永曆朝臣大部分被當時的緬甸統治者處死,，意味著永曆政權只剩下永曆皇帝及部分親屬，意味著永曆朝廷完全崩潰。因此部分學者以1661年為明朝滅亡的時間。
認為1662年為明朝滅亡的時間則是這一年是永曆皇帝和李定國去世的年份。永曆皇帝朱由榔作為名義上各個反清勢力所承認的最後一位明朝皇帝，他的去世，標誌著整個抗清運動失去了統一的象徵。
之後雖然仍然存在有李來亨以及鄭成功的抗清勢力，但他們並沒有擁立新的朱姓皇帝，因此作為明朝這一王朝，就此已經算是徹底滅亡。整個中華大地，只剩下清朝皇帝這一個皇帝，大清朝廷一個朝廷。
1664年夔東十三家被清軍攻滅
夔東十三家原為李自成起義軍殘部。隆武皇帝即位後，放棄過去的矛盾，採取聯合大順、大西起義軍殘部的政策，聯合抵抗清朝。原李自成大順軍的將領李來亨等人接受隆武政權招安，成為南明的一派勢力。
但南明內部的官僚仍然對農民起義軍出身的李來亨部抱有敵意，最後李來亨率領其部退至夔東地區，獨立抗清。因為其中分為十三部，因此稱為夔東十三家。
雖然已經是獨立的抗清力量，但他們仍然奉明朝為正朔，而且原本就是明朝政府正式承認的一部分。因此《南明史》的作者顧誠認為，1664年清朝攻滅夔東十三家，這應該才是明朝滅亡的時間。
1683年清朝統一台灣
1662年鄭成功從荷蘭人手中收復台灣，之後便以台灣作為抗清的主要基地。在永曆政權和夔東十三家覆滅後，盤踞台灣的鄭氏家族依舊以明朝自居，並依舊採用永曆年號，一直到1683年清朝統一台灣，消滅鄭氏集團。至此中國境內再無以明朝為正朔的反清勢力。
但大部分的專家學者並不把1662至1683年這段時間的鄭氏家族算作明朝。主要原因在於鄭氏家族並沒有在永曆之後擁立新的皇帝。而且在鄭成功去世後，台灣的鄭氏政權的戰略發生了重大改變，將過去的抗清轉變為據島自守，形成割據勢力。
但是鄭氏家族的族長畢竟是明朝官方正式冊封的郡王，而且也賜國姓「朱」，在法理上也可以代表明朝，這也是部分學者將鄭氏家族統治台灣的時間也算入明朝的原因。
一般中國歷史的王朝，要麼亡於外敵入侵，要麼亡於內亂。而明朝末年，是既有外敵，又有內亂。整個天下呈現出明朝殘餘勢力、內部的農民軍和外部的滿清三方爭奪的態勢。內亂的李自成部先下手，攻克了明朝的都城。
但隨後明朝外敵滿清又再次入關，導致了事情更加複雜。原先的農民軍又與明朝殘部聯合，原本的歷史的可以走成北宋南宋更替，南明與清朝劃江而治，再現宋金對峙的狀態。但無奈南明方面的諸多問題，導致其無法像南宋那樣支撐較長的時間，最終滅亡。而這種滅亡又沒完全滅亡的狀態，使得百年之後，人們在研究明末歷史之時，出於種種的立場，有了多種的解讀，也就導致了為何明朝滅亡時間的爭議。