有著近2600年建城史的江蘇省省會南京，自古以來就是人文薈萃之地，歷史上的十個朝代在此建都，讓這座依山傍水的歷史名城獨具魅力。南京境內人文積澱豐厚，歷史古蹟眾多，佛教文化更是舉世聞名，擁有多座在歷史上極具影響力的千年古寺，毗盧寺就是其中一座。
說到南京的寺廟，很多人最先想到的是「中國四大名剎」之一的棲霞寺和「南朝第一寺」雞鳴寺，這兩座香火鼎盛的寺院，也是外地遊客來南京必參觀的景點。而對於本地人來說，尤其是在老南京人心中，坐落在漢府街4號的毗盧寺，地位要高於前面兩座寺院。
據記載，毗盧寺始建於明嘉靖年間（1522-1566年），因寺中供奉毗盧遮那佛，初名毗盧庵。「毗盧遮那」的梵文意思是太陽，譯成漢語稱「大日如來」，是佛教密宗尊奉的最高神明。值得一提的是，有學者在編纂《南京宗教史》時發現，毗盧寺始建於南朝，是「南朝四百八十寺」之一，距今已有1500年的歷史。
清朝乾隆年間，乾隆皇帝效法祖父康熙皇帝六下江南，在首次下江南到達南京的第一晚，就以香客的身份在毗盧庵下榻。當晚，乾隆拜訪了年已百歲的方丈法空長老，並與法空徹夜談禪說法。據說這位法空長老是乾隆童年時的伴駕四品武官護衛，後來成為江南著名高僧。
乾隆皇帝在毗盧寺住了三天，在此期間微服私訪了夫子廟，還親自指揮緝拿了白蓮教首領「一枝花」，之後才辭出寺院，正式接受文武百官的盛大恭迎，揭開了六下江南的序幕。此後的百餘年間，毗盧庵一直香火鼎盛，然而到了太平天國時期，南京棲霞山成為太平軍和清軍的主要交戰地，寺院也毀於戰火。
清朝同治年間，曾國藩的弟弟、晚清名將曾國荃遊覽南嶽衡山時，對海峰法師說：「如我督兩江，為你造庵」。結果戲言成真，曾國荃後來真的升任兩江總督。清光緒十年(1884年），曾國荃在距離兩江總督府不遠的毗盧庵原址擴建了大雄寶殿、萬佛樓和藏經樓等殿宇，改「庵」為「寺」，請海峰法師擔任毗盧寺的第一任方丈。
重建後的毗盧寺東至明故宮、西至總統府、北至珠江路、南至長江路，一躍成為當時的南京第一大寺。寺內的核心建築——萬佛樓，是我國最大的漢傳佛教仿明清單體古建築，樓上收藏的《乾隆大藏經》，為清刻版乾隆大正藏，全套共168本，全世界僅有40套，堪稱珍貴的國寶。
民國二十年(1931年)，中國佛教協會會址從上海遷至南京毗盧寺，在此期間，中華佛學研究會和中國中醫院也在毗盧寺成立。至此，毗盧寺成為中國佛教研究和中國中醫學研究的中心，被譽為中國佛教從傳統走向現代的標誌性道場，這也奠定了南京的「佛都」身份。
毗盧寺還是南京百姓口口相傳的祈福許願聖地，每天都吸引著四面八方的善男信女前來遊覽祈福，尤其是想要求得事業順利的人，都會前來誠心叩拜。此外，每年臘八節都有不少老南京人會到毗盧寺喝一碗臘八粥，這也成為了一種習俗。
現在的毗盧寺，規模雖不可與以往同日而語，寺院內卻別有洞天。百年前曾國荃親手種植的兩棵銀杏樹碩果纍纍，大雄寶殿內從南嶽衡山運來的香木依然幽香襲人，萬佛樓前高8.8米的「觀自在」石佛壯觀肅穆，伴隨著晨鐘暮鼓和裊裊梵音，毗盧寺在一代代遊人香客的祈願中延續著千年前的光輝。