《名偵探柯南》作為一部偵探懸疑漫畫，其主旋律在於一個又一個的案件發生和解決，粉絲們也樂於去跟隨主角去探索各種奇異詭秘的事件，所以作為單元劇還算是比較合理的。
但與其他單元劇不同的是，《名偵探柯南》存在一個比較完整的背景舞台，以神秘的黑衣組織為原點引出多方勢力激烈對決，是一個比較龐大的主線架構，所以這也是《名偵探柯南》的一大特色看點。
在近幾年《柯南》的粉絲對於長期連載產生的審美疲勞，製作團隊早已經在案件手法的構建上也面臨瓶頸問題，同時青山剛昌本人的身體狀況出現了問題，所以最近幾年頻繁切入主線劇情，甚至劇情版的劇情也與主線聯動。
在最新的漫畫劇情中，戴著氧氣面罩的黑衣組織BOSS烏丸蓮耶看到了瑪麗變小的蹤影大感興奮，也就是他可以以此作為「A藥」成功的案例。曾經灰原哀說過黑衣組織半個世紀前開始策劃某個大計劃，而這個伏筆已知埋藏了近千集，在這裡從烏丸蓮耶口中說的話，這個陰謀似乎也隨即呼之欲出，結局也不會太遠。
不過官方倒也是沒有直接說過這個老頭就是烏丸蓮耶，只是有各種證據表明，也存在較小的機率反轉。但是，在不考慮反轉的情況，我們還是可以從故事中的一些過往來猜測出這麼一個陰謀所在。
烏丸蓮耶初次登場的時候是在黃昏之館這一集中，他被稱之為半個世紀前的大富豪，在政商兩界都有不俗的地位，但在大約40多年前突然宣布死亡，死因不詳，享壽99歲。所以如果當時是假死，那麼活到現在應該有140歲以上。
同時我們根據2018年在《名偵探柯南BLACK＋PLUS SDB》中的說法，烏丸蓮耶的財力是要強於鈴木財團及大岡紅葉家族的，這點我們從他的黃金別館也可以看出來，居然有人可以土豪到用純金來打造別墅。
有錢人到了快死了總會想「人死了，錢還沒花完」，總是幻想著能長生不老，返老還童。這點在早期不斷地對劇情進行提示，灰原哀說過「人是不能違逆時光的洪流的，如果想勉強改變，人類是會得到懲罰的」，暗示組織的目的是為了逆轉時光。
《人魚失蹤記》事件中，島上流傳著長生的傳說，而在歷史訪客名冊中出現了「宮野志保」、「黑澤陣」（琴酒）、「魚冢三郎」（伏特加）等名字，兩個組織骨幹帶著一個科學家來絕對不是參觀那麼簡單，只能是因為組織對於長生的渴望。
與烏丸蓮耶關係比較親密的是貝爾摩德這個女人，她是BOSS最為中意的人，可以在組織內自由的活動。同時貝爾摩德的年齡未知，曾經以莎朗的身份活躍，後來扮成女兒再次出道。記得她給赤井瑪麗服藥時是嘴對嘴強行塞入，如果是殺人毒藥，那麼把毒藥含在嘴巴這件事是十分危險的，所以我們有理由相信，貝爾摩德是「A藥」的實驗者之一，BOSS一直在觀察她的服藥後的反應。
總的來說，黑衣組織的BOSS烏丸蓮耶在半個世紀前開始籌備研究長生不老的藥丸，但這項計劃只有少數的幾個人相關的人知道，包括琴酒等人也都是完全不知情的，甚至連BOSS是誰也一概不知，只能以「那個先生」來稱呼。
在他的身邊有貝爾摩德作為A藥樣本，但這個藥的成功率太低，一列的實驗名單都是失敗的，所以烏丸蓮耶不敢貿然使用，只能通過醫學勉強續命。如今瑪麗的成功似乎又是另一個樣本的出現，所以後續可能會進入主線終篇「烏丸蓮耶」篇，然後對「A藥」進行展開描述。
從烏丸蓮耶的年齡，以及多方證據表明，組織的目的之一就是為了研究逆轉時間的神秘藥丸。但這似乎並不是這麼簡單，因為組織曾經要挾一個天才電腦遊戲工程師板倉卓開發一款神秘軟體，而板倉卓後面還透露自己「為了全人類」而放棄軟體開發，後不料被殺，所以黑衣組織也會有進行一些企圖操控人類的勾當。
準確地來說，黑衣組織在做兩件事，一件事是為烏丸蓮耶研究長生不老藥，另一件就是通過犯罪手段去囚禁人才，然後脅迫他們使用科學技術建立龐大的關係網，控制更多的人。