1、乳酸菌類製劑
乳酸菌是一類厭氧或兼性厭氧菌，是目前最常用於水產養殖業中微生態製劑之一。它可以分解糖類產生乳酸，降低養殖水體中的有機物及氨氮、亞硝酸鹽等含量，淨化水質，同時產生的有機酸可以降低魚蝦腸道內的pH，抑制病原菌在腸道上的定植。此外，乳酸菌可以作為飼料添加劑促進水產動物的增長。
乳酸菌使用注意事項：
（1）外用水稀釋後均勻潑灑，大型水體可以和畜禽糞尿水同時潑灑；
（2）內服時可將菌液噴灑於飼料中拌勻即可，用量視產品的活菌含量而定，一般占投餵飼料量的0.5-1%，現配現用，每天1次，一般每隔10-15天連餵3天，不宜長期單獨飼餵。
（3）最適合在天亮後儘早使用，使用時可用紅糖水活化增殖，提高使用效率；
（4）養殖對象浮頭時禁用；使用前後三天內儘量不要使用消毒劑和殺蟲劑。
2、酵母菌類製劑
酵母菌是常用到的微生態製劑之一。其成分接近一半是蛋白質，還含有維生素以及一些能夠促進水產動物吸收的生理活性物質，可以作為飼料添加劑為水產動物提供豐富的營養物質。同時，酵母菌能夠對水體中的糖類進行有效分解，減少水中生物耗氧量。
酵母菌使用注意事項：
（1）適宜在偏酸有氧水體中生長，應選晴天上午使用，且開動增氧機。
（2）不要長期單獨飼餵酵母菌，應間歇性進行。
（3）在水體中大腸桿菌、弧菌等致病菌占優勢的情況下，大量使用酵母菌產品潑水很可能會導致水體微生態環境嚴重惡化，應配合其他有益菌進行水質改良。
4、芽孢桿菌類製劑
芽孢桿菌是一類可以產生果膠酶、葡聚糖酶、纖維素酶等酶類的革蘭氏陽性菌。這些酶能夠破壞飼料植物細胞的細胞壁，將細胞中的營養物質釋放出來，還可以降解飼料中複雜的碳水化合物、消除飼料中的抗營養因子，減少抗營養因子對動物消化利用的障礙，提高動物對營養物質的吸收。枯草芽孢桿菌主要應用於水產養殖中浮游生物殘體、殘餌和排泄物等水體有機物的降解，防止有機廢物在水體淤積。同時能夠營造適宜水產動物生長的養殖水質，增強其免疫功能，減少病害發生。
芽孢桿菌使用注意事項：
（1）按100克（按含枯草芽孢桿菌100億個/克的產品計算）/畝水體使用，用水稀釋後均勻潑灑；大型水體可以和畜禽糞尿水同時潑灑以提高肥效。
（2）一般在晴天9:00-13:00之間使用比較適宜。使用後開動增氧機，儘量使菌劑儘快在水體中均勻分布。
（3）使用枯草芽孢桿菌前後三天內儘量不要使用消毒劑和殺蟲劑。
（4）產品說明書若提出使用前活化，必須慎重考慮是否具備活化條件，活化枯草芽孢桿菌需保證活化過程中具備持續充足的氧氣供應和菌體萌發後需要的足量的營養物質以及合適的溫度和足夠的空間，一般養殖戶不具備活化條件。
5、EM 菌類製劑
EM 菌群是最早出現的複合型微生態製劑，主要由光合細菌、乳酸菌、酵母菌等80餘種菌群組成。EM菌群可通過一系列分解作用將水中的有機質等轉化為生物生長所需的營養物質，還可以降低水體中亞硝酸鹽、硫化氫等有毒物質的含量。EM 菌群中的有益菌同樣可以在水生動物的腸道上定植，形成優勢種群，促進對營養物質的消化和吸收。
EM菌使用注意事項：
（1）禁止與抗生素、消毒劑等具有殺菌作用的藥物同時使用。
（2）若用抗生素，則要有間隔3天以上時間；若使用消毒藥，養殖水體在使用消毒劑3天後應補加首次EM菌使用的劑量。
（3）儘量選擇在晴天上午去用。
6、複合微生態製劑
複合微生態製劑是指使用兩種或兩種以上益生菌並且按照一定比例混合使用的微生態製劑。有研究表明使用複合微生態製劑效果強於單一的益生菌製劑，但也有研究表明在作為飼料添加劑使用時其效果不及單一益生菌，其本質原因可能在於複合微生態製劑作為添加劑發揮生理性作用，要確保完整進入腸道，且與各菌群比例、相互作用以及動物種類、所處環境均有關係，其作用機制需科研人員進一步的完善。
微生態製劑應用於水產養殖中的注意事項
（1）注意菌株的來源和安全性
不同種類養殖動物的生活環境、生活習性、組織結構以及食物構成等不相同，其消化道內的微生態結構也是不相同的，因此應注意菌株的特異性，所選的菌種應進行針對性的選擇和嚴格的馴化，防止對漁業生產和人的健康造成損害。實際應用時，結合具體的養殖要求和實際需要，合理選擇對應菌株，發揮它的最大效力。
（2）注意菌株的質量和活化
使用微生態製劑時，應注意菌體的數量和活力，保存時間過長的微生態製劑，活菌數量逐漸減少，活力不足，其作用效果明顯降低。因此，建議在妥善儲存後，還應儘早使用，如製劑的顏色和氣味發生明顯變化，則菌體可能已開始死亡腐敗，儘量不要使用。除了注意保持菌體活性外，還可採取適當的活化措施提高菌體的活性，增強使用效果。
（3）注意使用時間和周期的準確性
由於微生態製劑起效具有滯後性，要發揮微生態製劑的治本防治作用，尤其是在幼苗開食，食性轉換，季節變化，魚病高發等關鍵時期，建議提前使用微生態製劑，才能夠收到良好的防病效果。微生態製劑進入水產動物體內或者水體環境中，有益菌的數量具有先增後降的生長周期，其長短與菌群種類、密度、水體肥瘦、有害菌的數量等密切相關，所以在應用中應參考水體的透明度以及水質化學指標，及時調整。
（4）注意使用方法的有效性和規範性
不同的微生態製劑，有著不同的生物學特徵，因此對微生態製劑的使用必須強調個體化原則，採取相應的管理方法。在使用微生態製劑前，各種環境因子都可能對微生態製劑產生一定的影響，應把不良影響降到最小，選擇適宜的水環境，依此選擇相適應的微生態製劑，並通過改進措施，達到最為理想的效果。
禁止與抗生素，殺菌化學藥以及具有抗菌作用的中草藥，殺蟲劑等同時使用，在施微生態製劑後的生長周期內，儘量不使用化學藥物，儘量加水不換水。此外應按照「交叉交替」原則進行使用，即根據不同的養殖期和水質要求，交叉使用不同類型的微生態製劑，通過外用與內服相結合，潑灑與拌餌的交替使用，保證有益菌在養殖環境中和水產養殖動物體內成為優勢菌群，保障水產養殖動物始終處在健康的生長環境中。