署名「鄂軍都督黎」的布告是貼出去了，但是，這個都督卻變成了「泥（黎）菩薩」，像木偶似的呆坐著，不言不語，甚至不吃不喝。一些革命黨人看到黎元洪這樣頑固，感到自己不能不將領導革命繼續前進的任務挑起來，因此，由蔡濟民提議組織謀略處，作為籌劃和決定軍政大事的機關。大家推選蔡濟民、吳醒漢、張廷輔、鄧玉麟、高尚志、徐達明、王文錦、陳宏誥、謝石欽、李作棟、黃元吉、吳兆麟、蔡大輔等任謀略。當時，胡瑛已被從武昌獄中接了出來，也參加了謀略處。謀略處在10月11日晚於諮議局開始辦公，作出了如下一些重要決議：（一）湖北革命領導機關定名為中華民國軍政府湖北都督府，設於諮議局；（二）稱中國為中華民國；（三）以本年為黃帝紀元四千六百零九年；（四）都督暫用黎元洪名義，布告地方及通電全國；（五）革命軍旗為十八星旗；等等。
建立謀略處表明了革命黨人建立領導核心的企圖，但是，這個領導核心一開始就具有臨時的性質。革命黨人仍在對黎元洪「勸駕」，準備隨時把最高權力移交給他。同時，謀略處和軍政府各部門之間的關係也不明確。很快，它的作用就被不斷成立的其他機構擠掉了。
當晚十時，原三十標一營管帶郜翔宸，嘯聚旗兵多人，進攻諮議局。李作棟、鄧玉麟等帶著黎元洪到蛇山腳下躲避，黎要求回私宅一行。甘績熙、李翊東指揮擔任守衛的陸軍中小學、測繪學堂學生反擊，郜部被擊敗。李翊東又把黎元洪接了回來。第二天，黎元洪的態度仍然如前。有時，革命黨人去看他，黎就自言自語地說：「我的腦袋被你們這些人送掉了！」然後就一言不發，盤膝閉目。但是，由於武漢三鎮全部克復，勝利消息不斷傳來，黎元洪的心眼終於活動起來。特別是有人用「黃袍加身」的故事來啟示他，這就在他面前展現了一個極富於誘惑力的天地。於是，10月13日，沉默不語的「泥菩薩」忽然開口了，他同革命黨人聊起天來。有人責問他為什麼還留著辮子。黎元洪說：「你們說要去辮子，我也有此意。從前我在軍中曾出過『剪髮聽便』的通令。你們明天叫理髮匠來，將我的剪去就是。」第二天，黎元洪果然把辮子剪掉了。天真的革命黨人一個個因此而興高采烈，他們哪裡想到，不開口的都督開口之後，擺在自己面前的矛盾和難題更多。
和黎元洪不同，湯化龍、胡瑞霖等很忙了一陣子。他們胸前掛著標明職銜的白布條子，在軍政府中進進出出，顯出很熱心的樣子。但是，他們卻日益對革命黨人鄙視起來。軍政府的機構和人員不斷增加，忙亂現象也隨著發展，出現了「人人都能作主，人人都不能作主」的現象。這自然是湯化龍等所看不慣的。13日，湯化龍留日時的同學黃中愷訪問湯和胡瑞霖。湯唯唯諾諾地不表態。胡則謂「秩序棼亂，行同草寇，萬非吾輩所能合作」。顯然，胡的態度也就是湯的態度。黃不同意他們的意見，說是：「正賴我輩文人為之治理。」於是，湯、胡、黃、加上前候補知縣舒禮鑒四人一起去見黎元洪。黎聲色瘖暗，拱手低語說：「余以武人素不習民事，革命又起倉卒，其中多非余所素識，公等皆鄉中優秀分子，務望出而相助。」14日，四人再次見黎。兩次見面，湯化龍、黃中愷等發現了一個事實：「黎公之為都督，傀儡耳。一切大權，操之黨人手中。」當夜，湯化龍約黃中愷在家起草《軍政府暫行條例》。條例規定，軍政府設軍令、軍務、參謀、政事四部，各部均受命於都督。條例對軍事方面的三部作了細緻的規定。而政事部，則只籠統地說設內務、外務、財政、交通、司法、文書、編制七局，聲明其細則另訂。顯然，這是一個軍民分治，大權統於都督一人的方案。15日，湯化龍等四人興沖沖地將《條例》獻給黎元洪。黎連呼妙！妙！但是，這個條例卻遭到了看守黎元洪的革命黨人的冷落，被扔到了字紙簍里。湯化龍等正在意興索然之際，碰上了新到武昌的居正。他也正為軍政府的秩序「棼亂」嘆息。經過商談，居正同意出面勸說革命黨人接受《條例》。當即在江漢書院諮議局臨時會址召集革命黨人開會。居正詭稱，條例是孫中山在海外預訂的，於是，一致通過。
條例通過了，迅速確定了各部職員，名單如下：
軍令部部長：杜錫鈞（清軍管帶）
軍務部部長：孫武（共進會員）
參謀部部長：楊開甲（清軍標統）
政事部部長：湯化龍（諮議局議長）
在上述四個部長中，革命黨人只有孫武一個。政事部各局局氏名單為：
內務局局長：舒禮鑒（諮議局議員）
外務局局長：黃中愷（湯化龍同學）
財政局局長：胡瑞霖（諮議局議員）
交通局局長：馬中驥（商人，漢口憲政同志會成員）
司法局局長：徐聲金（立憲派，湯化龍友人）
文書局局長：阮毓崧（諮議局議員）
編制局局長：張國溶（諮議局副議長）
在上述七個局長中，革命黨人一個也沒有。條例沒有謀略處，自然被取消。劉公從12日進入武昌之後，一直主持謀略處。這時無法安排，被任命為總監察。
16日，胡瑞霖勸黎元洪登壇誓師，得到同意。17日，在閱馬場的中央搭起一座高聳的帥台，四周軍隊林立。黎元洪全身軍服，腰懸軍刀，到台前下馬，威武地被擁護登台。台上放著黃帝牌位，劍、旗分立兩側。由譚人鳳授旗、授劍，居正宣講革命意義，黎元洪宣誓。由舒禮鑒起草的《祭告天地文》公然說：「元洪投袂而起，以承天庥，以數十年群力呼號，流血所不得者，得於一旦，此豈人力能及哉！」就是說，黎元洪的權力，不是由革命人民流血奮鬥得來的，而是由上天賜給他的。一個清朝的舊軍官，就這樣搖身一變成為民國的「開國元勛」了。閱馬場上，「歡聲雷動」。「兵士對都督之愛戴，亦大有加」。慷慨激昂的誓師變成了對黎元洪個人的鼓吹。
立憲派所代表的是和封建地主階級有密切聯繫的資產階級上層，他們和黎元洪這樣的舊軍官結合乃是必然的。
湯化龍等所擬訂的《軍政府暫行條例》和人事安排，雖然通過了，終因排斥革命黨人的企圖過於明顯，激起了強烈的反對。不少人聲稱：湯化龍是主張君主立憲的，與革命主義不能相容。各種流言也出來了。善於觀察時勢的湯化龍也就遲遲不肯到職。10月25日，在孫武、劉公、張振武、居正等人提議下，軍政府再次開會，改訂了暫行條例。這個條例增加了政治色彩和民主氣氛。第一條規定：「中華民國人民公約推倒滿政府，恢復中華，建立民國，暫組織軍政府，統轄政務。」第三條規定：「軍政府都督代表軍政府人民施行職務；除關於戰事外，所有發布命令關係人民權利、自由者，須由都督召集軍事參議會議決施行。」第五條、第七條和第十條規定，軍政府設立稽查員，任務是稽查各部、各行政機關和各軍隊，稽查員由起義人公推。這顯然是為了加強革命黨人對軍政府的監察。《改訂暫行條例》的最重要之點是取消了包攬大權的政事部，所屬各局都改稱為部，直轄於都督。各部人事安排為：
軍令部長：杜錫鈞（清軍管帶）
軍務部長：孫武（共進會員）
參謀部長：楊開甲（清軍標統）
內務部長：馮開濬（留日學生）
外交部長：胡瑛（同盟會員）
理財部長：胡瑞霖（諮議局議員）
交通部長：熊繼貞（同盟會員）
司法部長：張知本（同盟會員）
編制部長：湯化龍（諮議局議長）
上述安排中，新增加的胡瑛、熊繼貞、張知本等都是革命黨人，編制部長則是一個沒有實權的閒職。革命黨人的力量大大增強了。
在軍政府的人事安排上，革命黨人注意保持對立憲派的優勢，這是必要的。但是，革命黨人並沒有在軍政府中形成堅強的領導核心。《改訂暫行條例》所規定的都督權力仍然很大，「軍事參議會」雖具有限制都督個人專權的作用，但並沒有組織起來。黎元洪是在舊軌道上生活慣了的軍人，革命對他來說終究顯得生疏而可怕，當他的權力膨脹到一定程度的時候，幾個革命黨人部長就很難控制住局面了。
與湖北軍政府同時建立的還有漢口軍政分府。
漢口克復，詹大悲、何海鳴出了獄。他們立即渡江，和湖北軍政府聯絡。軍政府派蔡濟民率兵二隊隨同他們返漢，駐紮四官殿。詹、何等對黎元洪、湯化龍身居高位、掌握大權不滿，但是又覺得當時還不便公開反對，因此決定成立漢口軍政分府。13日自外歸來的蔣翊武也支持他們。軍政府以詹大悲為主任，下設司令、參謀、軍需、軍政、軍械、軍法、交涉、稽查各處，由溫楚珩、吳昆、何海鳴等負責。詹大悲等準備以此為基礎，在局勢穩定時對武昌軍政府進行改組。漢口軍政分府以文學社為主體，完全掌握在革命黨人手裡。在武漢保衛戰中，它作出過貢獻。但是，它有些自行其是的做法也加深了和武昌軍政府之間的矛盾。
在漢陽，也建立了革命政權，由日知會員、系獄多年的李亞東任知府。