上接前文：第二次鴉片戰爭始末，火燒圓明園和最終「皆大歡喜」的戰爭（上）
前文說到，咸豐認可了桂良的先打發走英法聯軍，再否認或者修改條約內容的方案。於是咸豐就令桂良和兩廣總督何桂清借後面「換約」的機會，和英法美三國洽談修約事宜。咸豐要求：
取消公使駐京；取消長江通商；取消內地遊歷；取消賠償付清前聯軍繼續占領廣州的約定；作為交換條件可以免除關稅。註：英法美三國需將條約原文件送回國內由各自政府首腦簽署生效，然後再送回中國交換清朝皇帝簽署用璽的條約文件。
但是三國公使均拒絕了桂良修約的要求，並暗示桂良只有在約定的換約期限內（一年）按照原定條約內容簽署並完成換約，大家才能相安無事。同時出於對清朝大臣的不信任，以及公使駐國禮儀，三國公使也提出了入京覲見皇，面遞國書並完成換約的要求。
桂良推諉到1859年6月份，代表清廷同意了公使入京覲見的要求。但是6月20日公使抵達天津外海後，清廷又開始推諉踢皮球，要求三國公使等候消息。等了幾日後，已經對清廷不信任的英法覺得還是需要武力壓迫。
英法聯軍於25日對大沽口展開了攻擊，但是這一次英法低估了清軍。是役登陸的英軍被僧格林沁部擊退，死傷近五百人。失敗後的英法聯軍直接掉頭南下，他們不是怕了，而是返回廣州去組織更大規模的報復。
美國並未參與這次戰鬥（第二次大沽口之戰），並且《中美天津條約》中也沒有駐使北京、長江通商等條款，後續中美順利完成了換約。咸豐攜大勝提出了新的指示，要求中英、中法條約參照中美條約進行修改。
1859年9月和12月英法兩國政府分別下達了對清開戰的命令。1860年8月英法聯軍3萬餘人、144艘艦艇集結於天津外海。而清廷和咸豐還自欺欺人地沉浸在之前大勝的喜悅中，咸豐命直隸總督恆福通告英法聯軍：
令其照美國之例,少帶從人,由北塘進京換約……若謂先給照會,即示之以弱,不知上年該夷挫敗,其辱已甚,此次現行委員給與英、法、美照會,正見中國寬大,並非畏懼求和……
英法聯軍的答覆是炮轟並派軍登陸。在僧格林沁不斷的捷報聲中，英法聯軍8月14日攻陷塘沽；21日攻陷天津北炮台；26日攻陷天津。清廷只得再次派出桂良前往天津談判。
聯軍要求在承認原《天津條約》的基礎上，還需增加賠償軍費，增加天津為通商口岸，允許公使入京換約等條件。仍陶醉於幻境中的咸豐怒斥轉述英法要求的貴良「雙目已盲」，初次談判就此破裂。
英法聯軍於9月從天津出發，向北京挺進。得此消息的咸豐先是移駕北京城外的圓明園，並為鼓舞士氣在9日、11日兩次發出上諭，表示自己將御駕親征。不過為了和平，咸豐還是決定再「給予」英法聯軍一次談判的機會。
9月15日雙方在通州展開談判，清廷方面做出了眾多讓步，基本滿足了英法的全部要求。但是英方代表巴夏禮的一個條件徹底激怒了咸豐，巴夏禮要求英方使節在向皇帝遞交國書的時候不行跪拜禮。
巴夏禮認為這是無關尊嚴的平等要求（清朝使節向英王遞交國書時也不需行跪拜禮），清廷則認為「關係國體，萬難允許」，談判破裂。
為什麼清廷和咸豐特別在乎這個呢？因為這是皇帝維護自己威權的最後手段了。
聯軍兵臨京畿；聯軍索要賠款；聯軍要求開放口岸等等，雖然讓朝廷異常狼狽和羞恥，但只要他們的使節跪拜於御前，這一切似乎又都可以解釋了。
兵臨京畿，是蠻夷未通教化不識禮數；簽訂條約可以視為蠻夷向天朝臣服；而賠款、通商、開放口岸等，可以看作大皇帝對藩屬的恩賜。戰敗將不再是戰敗，會演化成藩夷不遠萬里前來朝賀……
但英法聯軍的步步緊逼，讓咸豐退無可退；堅持面遞國書並不跪拜，讓咸豐認為自己將成為清朝首個被蠻夷當面羞辱的皇帝，這也讓咸豐異常的憤怒；最後加上他莫名其妙地認為巴夏禮是聯軍「謀主」；咸豐認為沒他，聯軍將失去主帥一片混亂。這也是集權思維下的通病，總認為事情、成敗最終是由某個「大人物」決定或改變的。
因此，咸豐做出了一個錯誤決定 -- 抓捕謀主。
9月18日僧格林沁根據咸豐的命令，突然抓捕了英法使團成員共計39人。這三十九人被分別關押於圓明園以及北京刑部大牢，其中部分人後被虐殺（巴夏禮只是被羞辱但未遭虐待）。
當日聯軍與清軍在張家灣再次開戰，僧格林沁近萬人的防線被衝破。21日聯軍與集結了京畿清軍主力的僧格林沁在八里橋再次開戰，是役清軍全線崩潰。22日咸豐忘記了他御駕親征的諾言，從圓明園出逃前往熱河避難。
9月末，留守北京的恭親王奕訢以巴夏禮等人為人質，並以除「面遞國書」外接受英法全部要求為條件，再次和英法兩國談判。但是英法堅持先釋放使節、「面遞國書」也不會放棄，談判再次破裂。
10月13日，英法聯軍攻陷了北京城，並獲知部分被俘使團人員（約二十名）已被虐殺。14日，英方代表額爾金要求清廷對虐殺使團的背信行為負責，並提出焚毀圓明園作為報復。
後兩日英法兩國就是否焚燒圓明園進行了商議，法國方面起初並不同意。一是他們覺得此舉不利於後續談判，二是他們覺得要燒也應該燒紫禁城。最後英國方面以焚燒紫禁城可能顛覆滿清政府，不利於談判並結束戰爭說服了法方。
英法聯軍於10月18日開始大規模焚園，英國代表額爾金對於焚燒圓明園給出的正式理由是：
宇宙之中，任何人物，無論其貴如帝王，既犯虛偽欺詐之行為，即不能逃其所應受之責任與刑罰也。茲為責罰清帝不守前言及違反合約起見，決於十八日焚燒圓明園，所有種種違約舉動，人民既未參與其間，決不加以傷害，惟於清室政府，不能不一懲之也。
報復清廷和咸豐的背信棄義是理由，但不是主要理由。
首先在提出焚園計劃前，英法聯軍就已經大肆劫掠了圓明園（10月7日聯軍占領圓明園，9日聯軍才整體性地撤出圓明園），焚園有遮醜的意思。
其次聯軍攻占北京後，陷入了一個戰略被動 – 如何結束戰爭。
此時已到10月，如果戰爭再拖延一兩個月進入寒冬，北方內河甚至是渤海都有可能封凍。到時候聯軍的補給將變得異常困難，彈盡糧絕後，不說能不能保住現有勝利果實，反勝為敗都未可知。
因此讓清廷接受和約條款，快速結束戰爭，就成了當務之急。
另外英法發動這次戰爭的根本目的並不是占領滿清領土，而是獲取龐大並穩定的市場。要實現這一目的還是需要一個能有效管理國家的政權來配合。
而此時的清朝內部已經有些混亂不堪，北方的捻軍縱橫數省，南方的太平天國更是橫掃大半個中國。如果這時掀翻清廷，這個國家會不會四分五裂，不知道；太平天國能不能有效管理這個國家，不知道；新政權會不會同意開放國門和市場，也不知道。
對於英法而言既然有這麼多不確定，還不如繼續和滿清朝廷合作。因此需要威懾滿清朝廷和皇帝，讓他們儘快答應條件。而焚燒圓明園既震懾皇帝，又不會像燒紫禁城那樣過分刺激朝廷。
最終英法的目的達到了，1860年10月19日奕訢代表清廷和皇帝同意了英法的一切要求。10月24日和25日，清廷和英法兩國正式交換了《天津條約》，並將新條件和要求匯總簽訂了《北京條約》。
未出兵的美國，通過最惠國待遇的條款也獲取了與英法相同的利益；居中調解的俄國不但通過最惠國待遇獲取相同利益，還因「調解」之功和清廷簽訂了《中俄北京條約》，獲取大量領土。
實際上咸豐也實現了自己的主要目的，11月3日英方代表額爾金明確表示放棄面見大皇帝的要求。法方對此事本就不熱心，自然也不會再提了。咸豐和他的皇權的最後一絲顏面得以保全。
某種程度上對於參與各方來說，第二次鴉片戰爭的結局是「皆大歡喜」！只不過苦的是完全沒有發言權的清朝民眾。