黑龍江將軍是清政府在東北最晚設置的將軍。順治十年（1653年）以前，整個東北地區全部由盛京昂邦章京（將軍）管轄。清廷因東北地域太大，難以治理，故又設置了寧古塔昂邦章京，駐守寧古塔，管轄著外興安嶺以南、鄂霍次克海以北（含庫頁島）、額爾古納河以西。
寧古塔昂邦章京，管轄著東北的西部、北部、東部的大片國土和幾十個民族部族，承擔抗擊沙皇俄國頻繁武裝入侵，禦敵於國門。清初，沙俄趁清政府兵戈南下，侵占了黑龍江流域大片領土，康熙即位之後總覺得北疆的沙俄乃心腹大患。於是，康熙二十二年（1683年）設立了黑龍江將軍，這就有了後來的雅庫克之戰，清軍取得了勝利。康熙二十八年（1689年），中俄簽訂了《中俄尼布楚條約》，劃定兩國東段邊境，俄軍撤出雅克薩城並遷移了額爾古納河南岸的全部據點。這是中國近代史上的重大事件，以滿洲八旗為主的中國各族軍民，取得了一次反擊沙皇俄國武裝侵略的徹底勝利。
於是，在順治年間，清朝軍隊建設了寧古塔城，康熙年間又建設了璦琿城、墨爾根城和齊齊哈爾城。在上述四城之外，清朝又陸續在廣闊的黑龍江地區建設了四座城池。首先，在位於齊齊哈爾城北 160 里處，築布特哈城（今內蒙古自治區布特哈旗），於清雍正六年（1728年）設總管駐守防禦。之後，於齊齊哈爾城西北 760 里，築呼倫貝爾城（今內蒙古自治區呼倫貝爾市），於雍正十年（1732年）設統領等官員駐守。在齊齊哈爾城東北 270 余里，築博爾多城（今黑龍江省訥河市），於雍正十年（1732年）設副總管等官員駐守。在齊齊哈爾東南 817 里處，築呼蘭城（今黑龍江省呼蘭市），於雍正十二年（1734年）設城守尉駐防。
璦琿、墨爾根、齊齊哈爾、呼蘭、呼倫貝爾、布特哈、通肯、興安被稱為清朝黑龍江八城，也是「八旗」八城，都是黑龍江將軍下轄副都統駐地，是清朝黑龍江的軍事重鎮。而寧古塔所在的現在的黑龍江牡丹江市海林市，清朝時屬於吉林將軍轄區。
寧古塔是中國清代統治東北邊疆地區的重鎮，是清代寧古塔將軍治所和駐地，是清政府設在盛京以北統轄黑龍江，吉林廣大地區的軍事、政治和經濟中心。
璦琿也叫黑龍江城，是中俄《璦琿條約》簽訂的地方。璦琿建於明朝永樂年間，在黑龍江左岸，即今天的俄羅斯境內維笑勒伊村一帶。清朝，璦琿是第一任黑龍江將軍的駐地，康熙二十四年（1685年）由江左岸遷往江右岸，即今天的璦琿城的位置。
齊齊哈爾，也叫卜奎，康熙三十一年（1692年），在嫩江東岸之卜奎屯建城，命名齊齊哈爾，康熙三十七年（1698年）移墨爾根副都統駐此。次年，黑龍江將軍也移駐此城。
墨爾根曾為黑龍江將軍和墨爾根副都統駐地。清康熙二十五年（1686年）第一次雅克薩反擊戰勝利後，開始築墨爾根城，康熙二十九年（1690年），黑龍江將軍由璦琿城移至墨爾根城，在墨爾根城建立了將軍衙門，康熙三十三年（1694年），黑龍江副都統也移至墨爾根城，與黑龍江將軍同駐，稱墨爾根副都統。後來，墨爾根副都統與黑龍江將軍相繼移至今齊齊哈爾。康熙四十九年（1710年），再度設墨爾根副都統，一直到光緒34年（1908年），裁撤墨爾根副都統。
呼倫貝爾在清代又稱為呼倫布雨兒，雍正五年（1727年），《布連斯奇條約》的簽訂，確定了中俄中段的邊界，這裡成為與俄國相鄰的邊境要地。雍正十年（1732年），清政府設呼倫貝爾總管，調派八旗駐防。雍正十二年（1734年）在伊敏河左岸建立呼倫貝爾城（今內蒙古自治區呼倫貝爾市海拉爾區），將呼倫貝爾總管衙門駐地設在這裡。
康熙二十八年(1689年)置布特哈衙門總管，布特哈譯言虞獵，故有打牲之稱。光緒二十年(1894年)改為布特哈副都統，衙門移於博爾多站 (今黑龍江省訥河市訥河鎮西南約一公里處)，光緒三十一年 (1905年) 裁撤。
呼蘭，亦作「呼蘭河城」，光緒五年改設副都統，該城未建城牆，但沿城西、北、東三面挖掘環壕，土方堆積於環壕內側形成2米多高的土堤，至今仍有殘跡。
通肯副都統，建置光緒二十五年（1899年）至光緒三十一年（1905年）。光緒二十一年（1895年）朝廷准許通肯河、克音河、湯旺河、觀音山開禁放荒。光緒二十三年（1897年）擬於今城以南的南興鄉育村村建城，後經重新勘察，光緒二十四年（1898年）定城址於海倫河北岸的棒棰營，次年築城，同時置通肯副都統，光緒三十一年（1905年）裁撤。現仍有較長的土牆和城壕遺存，城內路網依稀可辨，通肯，來源於滿語，意為鼓。
後設置的四處城，並無土石城郭，只是置木柵欄圍制而成，但確是黑龍江地區的駐防重地。
這四處城寨，為駐守邊疆、抵禦沙俄入侵，鞏固祖國北疆的安全穩定發揮了十分重要的作用。
此外，還有一個興安城。清初，鄂倫春族臣屬清王朝，隸布特哈總管衙門。在納貂過程中長期受布特哈官員掠奪和欺壓，清末，首領烈欽泰領導群眾對抗。時值沙俄入侵，需鄂倫春人助固邊防，經黑龍江將軍文緒奏請，於光緒八年(1882年)，將鄂倫春族五路八佐從布特哈衙門劃出，置興安城總管衙門專理其事。設副都統銜總管1員，治喀勒塔爾奇站，位於今蘿北縣太平溝鄉興東村以西十八里處，光緒十年（1884年）於太平灣建興安城，同年冬遷治。因地勢卑隰，逾歲即坍，遂將治所回遷至喀勒塔爾奇站。光緒二十年(1894年)，黑龍江將軍依克唐阿以「建城專治，事無實效」為由，奏請清廷裁撤。此後，其所領分歸黑龍江、墨爾根、布特哈、呼倫貝爾4城管轄。光緒三十二年（1906年）又置興東兵備道，光緒三十四年（1908年）後轄領二縣。宣統元年（1909年）道署建成，有防護圍牆和護壕。當時的主政者對城區做了細緻的規劃，自江邊以西兩公里的方形區域內，將建設9條東西向、10條南北向街道形成的棋盤狀路網，然實施不久大清便亡了，故興東至今仍為一座小型村落。