香港和新加坡的學校其實都不差，新加坡的學校在排名上會比香港的學校稍微高一點，但是基本上新加坡兩所（NUS和NTU）能過簡歷關的企業，香港的學校尤其是香港前五所的學校基本上也都能過。
具體的差異我覺得主要還是體現在申請難度以及留學氛圍等方面，以及不同學生有不同的考慮和需求上。所以這篇回答我會從留學成本、申請難度、兩個地區的學校認可度等方面進行對比，並針對現在這個大環境下給出我的建議，什麼樣的學生適合去香港讀研，什麼樣的學生適合去新加坡讀研。
新加坡和香港的區別：
1. 排名上，新加坡主要申請的是新加坡國立大學（NUS）和南洋理工大學（NTU）這兩所學校，這兩所的排名很高，最新的QS排名中，一個是世界第11，一個是世界第19（NUS今年的排名有所下滑，之前一直和NUS分攤亞洲的一二名）。還有一所是新加坡管理大學，這個學校主要是商科的專業，因此雖然很牛但是在綜排上很難見得到這所學校。
香港比較出名的是香港八大，其中香港大學（HKU），香港科技大學（HKUST），香港中文大學（CUHK）被稱為港前三，最新的QS排名中都排在世界前40，但次於新加坡的前兩所。然後是香港城市大學和香港理工大學，排名位於世界第50-70；其次是浸會（280+），和嶺南以及教育大學（未上榜）。
總的來說，新加坡的學校排名高但是少，且申請難度比較大，香港的學校相較於新加坡來說排名比較低，但是比較多，且排名有分層次，適合不同背景的學生去申請。
2. 申請難度上，從排名上可以看出來，新加坡學校的申請難度，肯定是要高於香港的學校的。NUS和NTU這兩所非常偏好本科是985、211學校的學生，所以他們的錄取數據是將近80%以上的中國大陸學生都是985、211學校的學生；10%是海本的學生；剩下的才是雙非（雙非中還有一些比較牛的比如財經強校這種）。
而香港的學校雖然也偏好985、211的學生，但是人家學校多啊，港前三肯定是對本科背景要求高的，但是後面的幾所，雙非學生也有機會，只要你的均分夠高。
同樣一個專業，我整理了一些錄取案例：
由這些案例可以看出，基本上拿到新加坡這兩所學校offer的學生，都是985，211的學生，但是拿到香港學校offer的學生，哪怕是香港中文大學，也有雙非的。
香港城市/香港理工這兩所不僅適合雙非但是其他背景不錯的學生，也適合985、211但是均分比較劣勢的學生，這兩種情況的學生你應該能知道自己該選擇哪個地區了。
3. 認可度/就業上，單說簡歷關的話，只要新二能過的，港前三以及港城港理工肯定也能過，但是口頭上的認可度（閒來無事聊天的那種，或者是心理上的），新二和港三應該差不太多。
然後才是香港的其他學校，但基本上申請香港後面幾所學校的學生，肯定是因為申請不到新加坡的前兩所，所以關於這一點，沒有什麼太需要糾結的。
這幾點綜合起來，其實我的建議很簡單：
- 如果你能夠申請得到NUS/NTU（大概是需要985、211的本科+85以上的分數），那我建議你新加坡肯定要申，港前三跟這兩所一起申，防止自己失學。
- 如果自己的背景夠不著新加坡的兩所，那香港肯定是首選。
除去這一點，如果你又能申請到新加坡又能申請到港前三，但是還在糾結去哪裡，我猜你有這幾點顧慮：
1. 費用上：新加坡和香港的碩士都是一年制，並且學費和生活費也沒有差很多，文社科大概都是25-30萬人民幣（香港可能要便宜一點），商科是40萬人民幣左右。所以這塊兒沒太大區別。
2. 留學氛圍上，香港不用說了，碩士的話基本上80%都是大陸的學生；新加坡的華人也很多，所以這兩個地區在留學氛圍上是基本上沒差的。
3. 就業上，香港的話其實離內地更近（尤其是深圳），如果你是想要在讀期間實習或者是馬上畢業後抓緊時間趕上校招的，香港有一個更優勢的地理位置。當然回大陸就業的話，大形勢上，還是新加坡連兩所以及港前三站在第一梯隊上，大概相當於內地之中上游985、211的認可度（不過留學生有留學生的優勢）。
4. 移民方面，香港的學校畢業之後是會給IANG簽證的，就是你畢業之後可以無條件在香港逗留一年，一年後找到工作後可以續簽，7年可以拿香港身份（包括讀書的一年）；新加坡的話，移民也不難，畢業後找到工作（不過新加坡的HR更傾向於招local），一般3-6個月的時間就能辦下來。
留學移民基本是現在最簡單粗暴的移民方式，如果你是抱著移民的目的，那建議首要選擇是去香港或者新加坡留學（看你是想要去哪裡，但我還是那句話，新加坡學校的申請難度普遍要比香港的學校高）。
以上，希望對你的選擇有所幫助，加油！